Biopsie lichidă pan-cancer, 222 de gene

Pe scurt

Testul caută, într-o probă de sânge (biopsie lichidă), în 222 de gene, modificările genetice ale unei tumori solide de orice tip (test pan-cancer) care pot orienta tratamentul. Pe lângă variantele genelor, estimează și numărul de mutații ale tumorii, măsurat din sânge (bTMB). Se alege împreună cu medicul oncolog și cu medicul genetician și nu arată riscul moștenit de cancer: analizează ADN-ul eliberat de tumoră.

Ce analizează

Tumora eliberează în sânge fragmente de ADN, numite ADN tumoral circulant (ctDNA). Testul îl extrage din sânge și citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) toate porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii) ale celor 222 de gene, cu excepția unor regiuni greu de citit: secvențe repetitive, foarte asemănătoare cu alte zone ale genomului sau cu o proporție foarte mare sau foarte mică de „litere” G și C (conținut GC extrem). Caută:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții);
• amplificări (copii în plus) ale unor gene selectate;
• gene rupte și unite cu alte gene (rearanjamente);
• instabilitatea microsateliților (MSI), raportată când este crescută, și încărcătura mutațională din sânge (bTMB), adică numărul de mutații ale tumorii pe megabază, două semne folosite în discuția despre imunoterapie.

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată sau metastatică, când medicul oncolog vrea un profil genetic larg;
• cancer rar sau cu punct de plecare necunoscut, pentru care nu există un panel dedicat;
• țesut tumoral prea puțin pentru analiză sau o biopsie care ar fi riscantă;
• boală care progresează sub un tratament țintit, când se caută cauza rezistenței.

Ce poate arăta rezultatul

• Variantă cu semnificație clinică. O modificare care poate conta pentru tratament: raportul o descrie și arată tratamentele aprobate și studiile clinice potrivite.
• MSI-H sau bTMB. Statusul MSI ridicat (MSI-H) poate deschide discuția despre imunoterapie. bTMB este încă un biomarker în curs de validare, fără un prag acceptat de toți, așa că valoarea lui se interpretează împreună cu celelalte rezultate.
• Nicio variantă cu semnificație clinică. Șansa unei ținte scade, dar nu dispare: unele tumori eliberează prea puțin ADN în sânge. Conform ESMO, după un rezultat neinformativ ar trebui luată în considerare analiza țesutului tumoral.
• Variantă cu semnificație incertă (VUS). Rolul ei nu se cunoaște încă; singură, nu schimbă tratamentul. Un panel mare găsește, firesc, mai multe astfel de variante.

La consultație îți explicăm raportul; decizia de tratament rămâne la medicul oncolog.

Ce nu poate detecta

• Riscul moștenit de cancer și originea unei variante: din tumoră, moștenită sau apărută odată cu vârsta în celulele sângelui (hematopoieza clonală). Panelul conține multe gene în care apar astfel de variante, de exemplu DNMT3A, TET2 sau JAK2.
• Pierderile de copii ale genelor, de exemplu deleția CDKN2A.
• Unele fuziuni și amplificări, care se văd mai greu în sânge decât în țesut, și modificările sub pragul de detecție.
• Expresia PD-L1, care se măsoară pe țesut.
• Nu este gândit pentru leucemii sau limfoame și nu este un test de depistare sau de boală minimă reziduală.

Cum se face

Se recoltează circa 20 ml de sânge din venă, într-un centru partener, în tuburi speciale care păstrează ADN-ul liber. Înainte de test, medicul genetician te roagă să-i trimiți rezultatul analizei la microscop a tumorii (raportul histopatologic), rezultatele testelor anterioare și lista tratamentelor primite. Rezultatul vine, de regulă, în 6–9 zile lucrătoare de la primirea probei. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) a ADN-ului liber circulant extras din sânge, după îmbogățirea regiunilor de interes prin hibridizare în soluție (captură țintită); panelul vizează toți exonii genelor testate, cu excepția regiunilor cu repetiții, cu omologie mare (pseudogene, duplicații segmentare) sau cu conținut GC extrem, și acoperă peste 1 Mb din genom pentru calculul bTMB
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV) și mici inserții sau deleții (până la 50 de perechi de baze); amplificări ale numărului de copii (CNA) în gene selectate; rearanjamente ale genelor; instabilitatea microsateliților (MSI), raportată doar când este crescută (MSI-H); încărcătura mutațională tumorală din sânge (bTMB), adică numărul de mutații somatice din ADN-ul tumoral circulant, exprimat ca mutații pe megabază
• Gene (222): caută în lista genelor
• Probă: sânge periferic, 20 ml (două tuburi speciale pentru ADN liber circulant, de câte 10 ml, trimise la temperatura camerei, fără congelare, care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 8 zile)
• Durată: 6–9 zile lucrătoare