Profil genomic tumoral pe țesut și biopsie lichidă

Pe scurt

Testul face un profil genetic amplu al tumorii, din două probe analizate în paralel, cu câte un raport medical pentru fiecare: țesutul tumoral păstrat în parafină și o probă de sânge (biopsie lichidă). Peste 700 de gene sunt citite în ambele probe și comparate cu ADN-ul tău normal, ca să se vadă ce modificări aparțin tumorii. Se adresează persoanelor cu o tumoră solidă avansată, la care se caută opțiuni de tratament țintit sau de imunoterapie, și se alege împreună cu medicul oncolog și cu medicul genetician.

Ce analizează

Țesutul tumoral arată tumora din momentul biopsiei sau al operației, care poate fi de acum câțiva ani. Tumora eliberează însă în sânge fragmente de ADN (ADN tumoral circulant, ctDNA), iar acestea reflectă boala de acum, inclusiv metastazele greu accesibile. Analizând ambele probe, testul poate surprinde modificări apărute între timp sau prezente doar în unele focare.

Prin secvențiere de nouă generație (NGS), testul citește peste 700 de gene asociate cu cancerul. Pe țesut, caută variante punctiforme și mici inserții sau deleții, modificări ale numărului de copii (amplificări puternice și pierderi complete ale unor gene) și fuziuni în peste 30 de gene. Tot pe țesut calculează și biomarkeri folosiți la alegerea tratamentului: câte mutații are tumora (încărcătura mutațională tumorală, TMB), dacă tumora își mai corectează greșelile de copiere a ADN-ului (instabilitatea microsateliților, MSI) și dacă unul dintre mecanismele de reparare a ADN-ului e slăbit (deficiența recombinării omoloage, HRD).

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată sau răspândită în alte organe (metastatică), pentru care se caută o țintă de tratament;
• țesut tumoral vechi, de la diagnosticul inițial, când boala a progresat între timp;
• metastaze multiple sau greu de biopsiat, când o singură biopsie poate să nu reprezinte toată boala;
• tumoră rară sau cu punct de plecare necunoscut;
• tratamentele standard au fost deja folosite și urmează discuția despre studiile clinice.

Ce poate arăta rezultatul

• Modificări cu relevanță pentru tratament, cu medicamentele aprobate pentru tipul tău de cancer, cele aprobate în alte cancere și studiile clinice. O modificare găsită doar în sânge poate indica o schimbare apărută sub tratament sau, uneori, poate proveni din celulele sângelui (hematopoieză clonală).
• Biomarkeri pentru imunoterapie, ca un TMB ridicat sau MSI.
• Variante moștenite cu importanță medicală, într-o selecție de gene. Se raportează de regulă, în afară de cazul în care alegi să nu le primești. Ele contează și pentru rude, iar la consultație discutăm confirmarea și testarea familiei.
• Variante cu semnificație incertă (VUS), al căror rol nu se cunoaște încă și care, singure, nu schimbă tratamentul.
• Nicio țintă de tratament în genele analizate.

Conform ESMO, testele ctDNA detectează mai greu fuziunile și modificările numărului de copii, de aceea testarea pe țesut rămâne preferată pentru mulți pacienți. Decizia de tratament rămâne la medicul oncolog.

Ce nu poate detecta

• Modificările de sub pragul de detecție: în sânge, dacă ADN-ul tumoral reprezintă sub 20% din ADN-ul liber, analiza poate să nu dea rezultate utile; în țesut, dacă proba are sub 20% celule tumorale.
• Unele fuziuni: pe ADN se caută doar într-o selecție de regiuni, iar analiza fuziunilor din ARN se poate cere suplimentar.
• Unele modificări ale numărului de copii: detecția lor din datele de secvențiere este mai puțin sensibilă decât o metodă dedicată.
• Un diagnostic genetic complet al predispoziției ereditare, care se face printr-un test dedicat, din sânge.

Cum se face

Proba de țesut este blocul de parafină dintr-o biopsie sau operație, cu cel puțin 20% celule tumorale, sau secțiuni din el. În aceeași perioadă se recoltează sânge venos în tuburi speciale pentru ADN liber circulant, plus o probă mică de sânge pentru ADN-ul normal, într-un centru partener. Medicul genetician îți cere înainte buletinul histopatologic și lista tratamentelor primite. Durata ți-o comunicăm la consultație. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) țintită, de profunzime mare (acoperire medie de 500–1.000x), a peste 700 de gene, cu comparație între tumoră și țesutul normal (de obicei sânge); regiunile implicate în translocații și fuziuni sunt îmbogățite suplimentar
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV), mici inserții și deleții, translocații și modificări ale numărului de copii (CNV); pe țesut, variantele cu frecvență alelică de cel puțin 5% în regiunile codante și în regiunile intronice adiacente (±8 perechi de baze); variantele hotspot cunoscute, de la 2%; amplificări puternice (cel puțin 5 copii) și deleții homozigote; fuziuni în peste 30 de gene; încărcătura mutațională tumorală (TMB), instabilitatea microsateliților (MSI, prezisă din datele de secvențiere) și deficitul de recombinare omoloagă (scor HRD); infecții cu HPV, EBV, MCV, CMV, H. pylori și HBV; variante germinale relevante clinic (cu relevanță terapeutică sau patogene și probabil patogene) în gene selectate, raportate de regulă, dacă nu se refuză explicit; variante germinale farmacogenetice selectate, pentru ajustarea dozelor; variante mozaic de hematopoieză clonală (CHIP); lista medicamentelor aprobate EMA sau FDA pentru biomarkerii găsiți în tumoră
• Gene (781): lista completă la cerere
• Probă: țesut tumoral cu cel puțin 20% celule tumorale (bloc FFPE de minimum 5 x 5 x 5 mm, recomandat, sau cel puțin 10 secțiuni FFPE necolorate de 10 µm) și sânge în tuburi speciale pentru ADN liber circulant (3 tuburi de 10 ml), plus 1–2 ml sânge pe EDTA (recomandat) pentru ADN-ul normal
• Durată: se comunică la consultație