Analiza expansiunilor de repetiții pentru ataxii ereditare

Pe scurt

Testul caută expansiunile de repetiții din genele asociate cu ataxiile ereditare: ataxiile spinocerebeloase (SCA), inclusiv SCA27B, atrofia dentatorubro-palidoluysiană (DRPLA) și ataxia Friedreich. Se adresează persoanelor cu semne de ataxie, adică lipsă de coordonare a mersului, a mâinilor sau a mișcărilor ochilor, mai ales când există rude afectate sau o suspiciune de boală în familie. Testul se alege la consultația de genetică medicală, împreună cu neurologul.

Ce analizează

Ataxia înseamnă pierderea coordonării mișcărilor, de obicei din cauza unei suferințe a cerebelului, partea creierului care reglează echilibrul și precizia mișcărilor. În multe ataxii ereditare, câteva „litere” ale ADN-ului se repetă una după alta într-o anumită genă, ca un cuvânt scris de mai multe ori. Numărul de repetiții variază în mod normal de la un om la altul; peste un anumit prag, diferit de la o genă la alta, repetiția extinsă (expansiunea) poate cauza boala.

Testul caută întâi semnele unei expansiuni în datele obținute prin secvențierea întregului genom, doar în zonele cu repetiții ale genelor analizate. Fiecare genă la care apare o expansiune se verifică apoi printr-un test PCR dedicat ei (PCR cu primer în repetiție, RP-PCR), iar gena FGF14 se analizează prin RP-PCR în toate cazurile.

Testul analizează 18 gene: cele ale ataxiilor spinocerebeloase SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7, SCA8, SCA10, SCA12 și SCA17 și ale DRPLA, plus FXN (ataxia Friedreich), FGF14 (SCA27B), FMR1 și genele unor ataxii spinocerebeloase mai rare.

Pentru cine este

• adult cu dezechilibru, mers nesigur sau vorbire neclară care se agravează lent, cu un părinte sau alte rude afectate;
• familie cu ataxie în generații succesive, uneori cu debut mai timpuriu la copii decât la părinți;
• copil sau adolescent cu mers nesigur care se agravează treptat, la care medicul suspectează ataxia Friedreich;
• adult cu ataxie care a început cu episoade de amețeală sau dezechilibru, uneori cu mișcări involuntare ale ochilor (nistagmus);
• persoană cu ataxie progresivă fără rude afectate, când medicul suspectează o formă ereditară.

Ce poate arăta rezultatul

• Expansiune patogenă: la o persoană cu simptome, confirmă diagnosticul și forma de ataxie. În ataxiile spinocerebeloase și în DRPLA, fiecare copil al unei persoane cu expansiunea are o șansă de 50% s-o moștenească, iar repetiția se poate mări la transmitere. Ataxia Friedreich apare, de obicei, când expansiunea este prezentă pe ambele copii ale genei FXN, una de la fiecare părinte; copiii unei persoane afectate sunt, de obicei, purtători sănătoși.
• Zonă intermediară sau premutație: numărul de repetiții este între normal și patologic. De regulă, persoana nu are boala, dar repetiția se poate mări când e transmisă copiilor. La unele gene, aceste variante (alele) au alte efecte sau cauzează boala doar la o parte dintre purtători: de exemplu, premutația din gena FMR1 poate cauza la adulți tremor și ataxie și are urmări și pentru familie, pe care le discutăm la consultație.
• Negativ: nu s-a găsit o expansiune în genele analizate. Rămân posibile alte cauze genetice sau dobândite ale ataxiei. La un copil, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS); la un adult, pasul următor îl stabilim împreună, la consultație.

Ce nu poate detecta

• expansiunile din alte gene decât cele analizate, de exemplu RFC1 (sindromul CANVAS), care se poate cere separat;
• schimbările unei singure „litere” din ADN (variantele punctiforme), porțiunile lipsă sau în plus (delețiile și duplicațiile) din aceleași gene și metilarea, semnalul chimic care pornește sau oprește o genă: testul nu le analizează;
• modificările atipice sau neașteptate din zonele analizate, care pot să nu dea un semnal pozitiv;
• uneori, mărimea exactă a unei expansiuni foarte mari sau repetițiile de lungimi diferite în celule diferite (mozaicism);
• cauzele dobândite ale ataxiei, de exemplu alcoolul, deficitele de vitamine sau bolile autoimune.

Cum se face

Proba poate fi sânge, ADN extras, un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului) sau salivă. Frotiul bucal și saliva se pot recolta acasă, cu kitul trimis și preluat prin curier, după instrucțiunile primite, sau la un centru de recoltare; sângele se recoltează la un centru partener. Rezultatul este gata în aproximativ 10–15 zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultația de genetică medicală dinainte de test costă 420 de lei, se plătește după consultație și se scade din prețul testului; recoltarea, consultația de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: screening al expansiunilor de repetiții din date de secvențiere a întregului genom, confirmat prin PCR cu primer în repetiție (RP-PCR) pentru fiecare genă pozitivă; gena FGF14 se testează prin RP-PCR în toate cazurile
• Variante raportate: expansiuni de repetiții: anomalii ale lungimii repetițiilor scurte în tandem din genele analizate
• Gene (18)

  • ATN1
  • ATXN1
  • ATXN10
  • ATXN2
  • ATXN3
  • ATXN7
  • ATXN8OS
  • BEAN1
  • CACNA1A
  • DAB1
  • FGF14
  • FMR1
  • FXN
  • NOP56
  • PPP2R2B
  • TBP
  • THAP11
  • ZFHX3
• Probă: sânge, ADN extras, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 10–15 zile lucrătoare

Context clinic

• Față de HT-0543 (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7, SCA8, SCA10, SCA12, SCA17 și DRPLA), lista cuprinde și FXN (ataxia Friedreich), FGF14 (SCA27B), FMR1, BEAN1 (SCA31), NOP56 (SCA36), DAB1 (SCA37), ZFHX3 (SCA4) și THAP11 (SCA51). RFC1 (CANVAS) nu este inclusă (HT-0525).
• Ataxia Friedreich (GeneReviews): la cei mai mulți pacienți, expansiunea GAA intronică este prezentă pe ambele alele FXN; o parte mică au o expansiune pe o alelă și o variantă punctiformă sau o deleție pe cealaltă, pe care acest test nu le vede.
• FMR1 (GeneReviews): premutația (55–200 de repetiții CGG) se asociază cu sindromul tremor-ataxie asociat X fragil (FXTAS), de obicei după 50 de ani, și, la femei, cu insuficiența ovariană prematură; o premutație transmisă de mamă se poate extinde la o mutație completă la copii.