Testarea unei variante familiale identificate prin exomul sau genomul Helixomic (secvențiere Sanger)

Pe scurt

Testul verifică o variantă genetică găsită de exomul sau genomul făcut prin Helixomic, citind „literă cu literă” fragmentul de ADN în care se află (secvențiere Sanger). Se folosește ca să confirmăm varianta la pacient sau ca să testăm părinții și alte rude ale acestuia. Pentru o variantă găsită de un alt test sau la alt laborator există testul general pentru o variantă familială.

Ce analizează

Secvențierea Sanger citește „literă cu literă” un fragment scurt de ADN, de câteva sute de litere. Fragmentul ales este cel care conține varianta din raportul exomului sau al genomului, iar citirea se face cu o metodă diferită de cea care a găsit-o.

• La pacient, citirea confirmă varianta raportată.
• La părinți, arată dacă varianta este moștenită de la unul dintre ei sau a apărut pentru prima dată la pacient (de novo).
• La alte rude, arată cine a moștenit varianta.

Varianta este deja descrisă în raportul Helixomic, așa că nu e nevoie de raportul altui laborator.

Pentru cine este

• Pacientul la care exomul sau genomul a găsit o variantă, când medicul genetician recomandă confirmarea ei prin Sanger.
• Părinții pacientului, ca să aflăm dacă varianta este moștenită sau a apărut pentru prima dată la pacient (de novo); uneori chiar raportul exomului sau al genomului recomandă testarea lor.
• Frații, copiii și alte rude ale unui pacient cu un diagnostic genetic confirmat.
• Rudele unui pacient cu o variantă care crește riscul pentru o boală, de exemplu un cancer ereditar.
• Rudele care vor să afle înainte de o sarcină dacă poartă varianta unei boli recesive.
• Familia unui pacient cu o variantă de semnificație incertă (VUS), când testarea rudelor ajută la interpretarea ei.

Ce poate arăta rezultatul

La pacient, varianta este confirmată. Rezultatul exomului sau al genomului se folosește mai departe pentru diagnostic și pentru testarea rudelor. Dacă citirea Sanger nu regăsește varianta, discutăm la consultație ce înseamnă asta pentru rezultat.

La o rudă, varianta este prezentă. În funcție de variantă și de boală, rezultatul poate confirma un diagnostic, poate arăta un risc crescut, nu o certitudine, sau statutul de purtător.

La o rudă, varianta nu este prezentă. Ruda nu a moștenit varianta; rezultatul nu spune însă nimic despre alte variante sau alte boli. Când varianta lipsește la ambii părinți, ea a apărut, cel mai probabil, pentru prima dată la pacient (de novo). Riscul pentru o altă sarcină nu devine totuși zero, pentru că varianta poate exista doar în unele ovule sau spermatozoizi ai unui părinte (mozaicism germinal).

Varianta este o VUS. Rezultatul rudelor nu pune un diagnostic, dar poate ajuta la reclasificarea ei.

Ce nu poate detecta

• Variantele din afara fragmentului citit, din aceeași genă sau din alte gene.
• Porțiunile mari lipsă sau în plus (delețiile și duplicațiile mari), pe care secvențierea Sanger, ca metodă, nu le vede: dacă exomul sau genomul a găsit o variantă de acest tip, metoda de verificare o alegem împreună, la consultație.
• De obicei, o variantă prezentă doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut).

Cum se face

Proba este un frotiu bucal sau câteva picături de sânge uscate pe un card. Kitul pentru frotiu și cardul le primești acasă prin curier; picăturile de sânge se pot recolta și la un centru de recoltare. Fiecare persoană testată dă propria probă, iar prețul acoperă o variantă la o persoană. Rezultatul vine, de obicei, în 10 zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere Sanger
• Probă: frotiu bucal, card cu picături de sânge uscat (DBS) sau sânge
• Durată: 10 zile lucrătoare

Context clinic

• Testul se comandă doar pentru o variantă găsită de exomul sau genomul Helixomic (HT-0325–HT-0330), pentru confirmarea ei la pacient sau pentru testarea părinților și a rudelor. O variantă din raportul altui laborator merge la HT-0318 (o variantă), HT-0319 (două) sau HT-0317 (până la 5, NGS).
• Conform criteriilor ACMG/AMP din 2015, o variantă de novo cu maternitate și paternitate confirmate este un criteriu puternic de patogenitate (PS2); fără confirmarea lor, criteriul este moderat (PM6). Co-segregarea cu boala la mai mulți membri afectați susține patogenitatea (PP1).