Secvențierea exomului (WES)

Pe scurt

Secvențierea exomului (WES) citește porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine, ca să caute cauza genetică a unei boli rare. Se ia în calcul la copiii cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații congenitale și la adulții cu o boală rară fără diagnostic. Alegerea dintre exom și genom o faci cu medicul genetician, la consultație.

Ce analizează

Fiecare genă are porțiuni care conțin instrucțiunile pentru proteină (exonii) și porțiuni dintre ei (intronii). Exomul reunește exonii celor aproape 20.000 de gene care conțin instrucțiuni pentru proteine: doar 1–2% din ADN, dar zona în care se află cele mai multe variante cunoscute care cauzează boli. WES citește exonii prin secvențiere de nouă generație; analiza cuprinde și ADN-ul mitocondrial și mii de variante cunoscute din afara exonilor. Găsește mai ales:

• o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctuale);
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici);
• unele fragmente mai mari lipsă sau în plus (deleții și duplicații), pe care testul le vede doar în parte;
• schimbări ale cromozomilor (anomalii cromozomiale), de exemplu un cromozom în plus (trisomie);
• variante ale ADN-ului mitocondrial.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în mai multe arii ale dezvoltării (întârziere globală în dezvoltare) sau cu dizabilitate intelectuală, ca prim test genetic sau după alte investigații fără rezultat;
• copil cu una sau mai multe malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) care are și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite (trăsături dismorfice);
• copil sau adult cu epilepsie ori altă boală neurologică cu debut timpuriu, fără o cauză găsită;
• adult cu o boală rară care pare genetică, dar nu are încă un diagnostic.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă). Diagnosticul poate schimba controalele recomandate sau tratamentul și arată ce risc au rudele.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, mai ales una cauzată de modificări pe care exomul nu le vede.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS), despre care nu se știe încă dacă cauzează boala. Testarea părinților o poate lămuri uneori.

Dacă alegi asta la consimțământ, raportul cuprinde și statutul de purtător pentru boli recesive (variante care nu îți cauzează boala, dar pot fi transmise copiilor) și, separat, tot la alegere, descoperirile secundare din lista ACMG: variante legate de afecțiuni pentru care există prevenție sau tratament, fără legătură cu motivul testării. La un copil, părinții aleg, după consilierea genetică, ce se raportează, inclusiv afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din adâncul porțiunilor dintre exoni (introni) sau din regiunile care reglează genele;
• multe fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, și fragmentele mutate în alt loc sau întoarse, fără material lipsă sau în plus (rearanjamentele echilibrate), cum sunt translocațiile și inversiile;
• secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții), de exemplu în sindromul X fragil sau în boala Huntington;
• schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificările de metilare), de exemplu în sindroamele Prader-Willi sau Angelman;
• schimburile între o genă și „copia” ei aproape identică (conversiile genice), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială) și modificările prezente în foarte puține celule (mozaicism de nivel scăzut, sub 5% din celule);
• testul nu este potrivit pentru analiza unei tumori sau a unei probe recoltate în sarcină (prenatale) și nici pentru demență, boli psihiatrice și boli neurodegenerative care încep târziu.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), câteva picături de sânge uscate pe un card sau o probă de sânge; ce probă ți se potrivește stabilim împreună, la consultație. Dacă ai făcut un transplant de măduvă sau de celule stem de la un donator, e important să-i spui medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare. În primele 12 luni după rezultat, datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare