Secvențierea întregului genom (WGS)

Pe scurt

Secvențierea întregului genom (WGS) citește întregul ADN dintr-o probă, într-o singură analiză, ca să caute cauza genetică a unei boli rare. Se ia în calcul mai ales la copiii cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații congenitale și la adulții cu o boală rară fără diagnostic. Medicul genetician stabilește la consultație dacă testul ți se potrivește.

Ce analizează

Genomul este întreaga informație genetică a unei persoane: cele aproape 20.000 de gene care conțin instrucțiunile pentru proteine, regiunile de ADN dintre ele și ADN-ul mitocondrial, pe care îl moștenim de la mamă. WGS le citește pe toate prin secvențiere de nouă generație și poate găsi:

• o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctuale);
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici);
• fragmente mai mari lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV);
• fragmente care și-au schimbat locul sau orientarea (rearanjamente structurale), de exemplu translocații și inversii;
• cromozomi lipsă sau în plus și alte schimbări ale cromozomilor (anomalii cromozomiale), ca trisomiile;
• majoritatea secvențelor scurte repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții), care se confirmă prin altă metodă;
• variante ale ADN-ului mitocondrial.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în mai multe arii ale dezvoltării (întârziere globală în dezvoltare) sau cu dizabilitate intelectuală, ca prim test genetic sau după alte investigații fără rezultat;
• copil cu una sau mai multe malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) care are și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite (trăsături dismorfice);
• adult cu o boală neurologică, musculară sau cardiacă ce pare să aibă o cauză genetică, încă nediagnosticată;
• familie în care un panel de gene, un microarray sau un exom nu au găsit cauza.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă). Diagnosticul poate schimba controalele recomandate sau tratamentul și arată ce risc au rudele.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, de exemplu una cauzată de modificări pe care genomul nu le vede bine. Pentru acestea există teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil; la consultație discutăm dacă vreunul are sens în cazul tău.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS), despre care nu se știe încă dacă cauzează boala. Testarea părinților sau reevaluarea în timp o pot lămuri.

Raportul mai cuprinde statutul de purtător pentru boli recesive și un raport farmacogenomic, despre răspunsul la unele medicamente. Dacă alegi asta la consimțământ, cuprinde și descoperirile secundare din lista ACMG: variante legate de afecțiuni pentru care există prevenție sau tratament, fără legătură cu motivul testării. La un copil, părinții aleg, după consilierea genetică, ce se raportează, inclusiv afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificările de metilare), care cauzează, de exemplu, sindroamele Prader-Willi, Silver-Russell sau Beckwith-Wiedemann;
• secvențele repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții) din genele aflate în afara listei laboratorului, care pot scăpa;
• modificările prezente în puține celule (mozaicism de nivel scăzut), când varianta e prezentă doar în sub 10% din celule;
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice, de exemplu CYP21A2 sau GBA;
• variantele prezente doar într-un anumit țesut, de exemplu în mușchi, care pot lipsi din proba de sânge.

Testul nu se folosește pe țesut tumoral și nici pentru diagnosticul prenatal.

Cum se face

Proba poate fi sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card, un frotiu bucal sau salivă. De obicei recomandăm sângele, recoltat într-un centru partener. Dacă ai făcut un transplant de măduvă sau de celule stem de la un donator, e important să-i spui medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare. În primele 12 luni după rezultat, datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom prin secvențiere de nouă generație (NGS), cu acoperire mediană de 30× pentru genomul nuclear și de cel puțin 1000× pentru ADN-ul mitocondrial; variantele se clasifică după ghidurile ACMG și recomandările ClinGen
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV); inserții, deleții sau duplicații mici, sub 500 de perechi de baze; deleții sau duplicații de cel puțin 500 de perechi de baze (CNV); variante structurale: inserții de cel puțin 500 de perechi de baze, inversiuni și translocații; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; expansiuni de repetiții, în majoritatea genelor (se recomandă confirmarea prin altă metodă); variante ale ADN-ului mitocondrial, de la un nivel de heteroplasmie de 5%; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de 10%
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Rata de diagnostic într-un singur studiu: în proiectul britanic 100.000 Genomes (Smedley 2021), 25% dintre pacienții testați și 35% dintre cei cu o boală probabil monogenică.