Testarea unei variante familiale cunoscute (secvențiere Sanger)

Pe scurt

Testul verifică dacă o persoană are o variantă genetică găsită deja la o rudă. Citește, prin secvențiere Sanger, doar porțiunea de ADN în care se află varianta. Se folosește când varianta a fost găsită de un test făcut în altă parte, iar raportul rudei o descrie exact; pentru o variantă găsită de exomul sau genomul făcut prin Helixomic există un test separat.

Ce analizează

Majoritatea genelor există în două copii, una de la mamă și una de la tată. O variantă găsită la un membru al familiei poate fi moștenită de rudele lui, iar testul arată dacă ai moștenit-o și tu.

Secvențierea Sanger citește „literă cu literă” un fragment scurt de ADN. Se alege fragmentul care conține varianta din raportul rudei și verifică dacă aceeași schimbare apare și la persoana testată. Ca metodă, secvențierea Sanger verifică bine schimbările unei singure „litere” (variantele punctuale) și micile fragmente lipsă sau în plus (deleții sau inserții).

Testul caută o singură variantă; pentru două variante, de exemplu într-o boală recesivă, există un test separat.

Pentru cine este

• Rudele unei persoane la care un test genetic a găsit varianta care explică boala.
• Părinții unui copil la care un panel, un exom sau un genom făcut în altă parte a găsit o variantă, ca să aflăm dacă este moștenită sau a apărut pentru prima dată la copil (de novo).
• Rudele unei persoane cu o variantă care crește riscul pentru o boală, de exemplu un cancer ereditar.
• Rudele unei persoane cu o boală recesivă, care vor să afle înainte de o sarcină dacă sunt purtătoare.
• Familia unei persoane cu o variantă de semnificație incertă (VUS), când testarea rudelor ajută la interpretarea ei.

Ce poate arăta rezultatul

Varianta este prezentă. Persoana testată are aceeași variantă ca ruda. În funcție de variantă și de boală, rezultatul poate confirma un diagnostic, poate arăta un risc crescut, nu o certitudine, sau statutul de purtător.

Varianta nu este prezentă. Persoana nu a moștenit varianta din familie; rezultatul nu spune însă nimic despre alte variante sau alte boli. Când varianta unui copil lipsește la ambii părinți, ea a apărut, cel mai probabil, pentru prima dată la copil (de novo). Riscul pentru o altă sarcină nu devine totuși zero, pentru că varianta poate exista doar în unele ovule sau spermatozoizi ai unui părinte (mozaicism germinal).

Rezultat neconcludent. Uneori testul nu poate spune sigur dacă varianta este prezentă; la consultație discutăm o probă nouă sau altă metodă.

Varianta din familie este o VUS. Rezultatul rudelor nu pune un diagnostic, dar poate ajuta la reclasificarea variantei.

Ce nu poate detecta

• Alte variante din aceeași genă sau din alte gene, în afara fragmentului citit.
• Porțiunile lipsă sau în plus (delețiile și duplicațiile) de exoni sau de gene întregi, pe care secvențierea Sanger, ca metodă, nu le vede: dacă varianta din familie e de acest tip, la consultație alegem altă metodă.
• Secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții), care au teste dedicate.
• De obicei, o variantă prezentă doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut).

Cum se face

Proba este de sânge, recoltat într-un centru partener; se acceptă și sânge din cordonul ombilical, ADN extras, frotiu bucal sau salivă. Avem nevoie și de o copie a raportului genetic al rudei, cu gena și varianta descrise exact. Rezultatul vine, de obicei, în 32 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere Sanger, țintită pe varianta cunoscută în familie
• Variante raportate: o variantă sau un fragment deja cunoscut în familie, indicat prin genă și variantă
• Probă: sânge periferic pe EDTA (cel puțin 3 ml, cel puțin 1 ml la copii), sânge din cordonul ombilical pe EDTA (cel puțin 3 ml), ADN (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (conform instrucțiunilor kitului)
• Durată: 32 de zile lucrătoare

Context clinic

• La comandă: gena, transcriptul de referință (RefSeq) și nomenclatura c. și p. a variantei, plus copia raportului pozitiv al membrului afectat din familie.
• Conform criteriilor ACMG/AMP din 2015, o variantă de novo cu maternitate și paternitate confirmate este un criteriu puternic de patogenitate (PS2); fără confirmarea lor, criteriul este moderat (PM6). Co-segregarea cu boala la mai mulți membri afectați susține patogenitatea (PP1).
• Pentru o variantă găsită de exomul sau genomul Helixomic se folosește HT-0312; pentru două variante, HT-0319; pentru până la 5 variante, HT-0317 (NGS).