Secvențierea exomului (WES) cu analiză ARN (transcriptomică), duo (2 persoane)

Pe scurt

Exomul duo cu analiză ARN înseamnă secvențierea exomului pentru pacient și pentru o rudă de gradul I, de exemplu un părinte sau un frate, plus analiza ARN din sânge pentru pacient. Exomul rudei ajută la interpretarea variantelor găsite la pacient. În practica noastră, medicul genetician recomandă de obicei genomul (WGS duo sau trio); varianta potrivită o stabiliți împreună, la consultație.

Ce analizează

Exomul reunește porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii), aproximativ 1–2% din ADN. Pentru fiecare persoană se citesc prin secvențiere de nouă generație exonii a peste 20.000 de gene și granițele lor cu porțiunile dintre ei (joncțiunile de splicing). Analiza găsește mai ales o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctiforme) și, doar în parte, fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații). La pacient cuprinde și ADN-ul mitocondrial și ARN-ul din sânge, copia de lucru a genelor, care arată cum influențează variantele felul în care sunt folosite genele (expresia genelor).

Avem câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. Dacă părintele testat are aceeași variantă ca pacientul, varianta e moștenită de la el; dacă nu o are, poate veni de la celălalt părinte sau poate fi apărută pentru prima dată la pacient (de novo). Datele se interpretează împreună, într-un singur raport.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații congenitale, testat împreună cu un părinte;
• doi frați sau o altă rudă de gradul I cu aceleași simptome, când compararea lor poate arăta ce variantă au în comun;
• adult cu o boală rară fără diagnostic, testat împreună cu un părinte, un frate sau o soră.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la pacient s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă), iar comparația cu ruda arată, de cele mai multe ori, dacă e moștenită de la ea.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, mai ales una cauzată de modificări pe care exomul nu le vede.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă cu semnificație incertă (VUS). Comparația cu ruda ajută la clasificare, dar o variantă care lipsește la părintele testat nu poate fi numită „apărută nou” fără ADN-ul celuilalt părinte. Testul include căutarea ei țintită, dacă e relevantă și laboratorul o aprobă, la cel mult două rude de gradul I, de exemplu la celălalt părinte.

Raportul privește pacientul. Dacă le alege la consimțământ, după consilierea genetică, cuprinde și descoperirile incidentale (lista ACMG): variante fără legătură cu motivul testării, pentru afecțiuni care au prevenție sau tratament. La un copil, părinții aleg după consiliere, inclusiv pentru afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• nu poate confirma că o variantă a apărut nou (de novo), pentru că lipsește exomul celuilalt părinte;
• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din adâncul intronilor sau din regiunile care reglează genele;
• multe deleții și duplicații și fragmentele mutate în alt loc (rearanjamente echilibrate);
• expansiunile de repetiții, de exemplu în sindromul X fragil, și modificările de metilare;
• genele cu „copii” aproape identice (pseudogene) și mozaicismul de nivel scăzut (modificări prezente în puține celule);
• la ARN, analizat doar la pacient, genele care nu sunt active în sânge.

Genomul (WGS) citește și regiunile din afara exonilor și vede mai bine delețiile și duplicațiile. Toate testele genetice de diagnostic se interpretează în context clinic.

Cum se face

De la pacient se recoltează sânge (o eprubetă cu EDTA de 4 ml), într-un centru partener; de la recoltare până la primirea probei în laborator pot trece cel mult 48 de ore, așa că recoltarea și transportul probei le stabilim la consultație. De la rudă se recoltează sânge pe EDTA sau, mai puțin recomandat, un frotiu bucal sau salivă, care se pot recolta acasă, cu kitul trimis și preluat prin curier. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine în 30–45 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Prețul include recoltarea, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin NGS, pe regiunile codante și joncțiunile de splicing, cu acoperire de aproximativ 99% la 20x și analiză de deleții și duplicații, plus secvențierea ARN pentru pacient
• Variante raportate: variante din regiunile codante și de la joncțiunile de splicing; deleții și duplicații; la ARN: efectul variantelor codante și necodante asupra expresiei genelor
• Probă: pacientul: sânge (o eprubetă EDTA de 4 ml), care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 48 de ore de la recoltare; rudele: sânge pe EDTA sau, mai puțin recomandat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 30–45 de zile lucrătoare