Secvențierea exomului (WES), duo (2 persoane)

Pe scurt

Exomul duo (WES duo) înseamnă secvențierea exomului pentru pacient și pentru o rudă, de obicei un părinte. Exomul rudei ajută la interpretarea variantelor găsite la pacient. În practica noastră, când se testează mai mulți membri ai familiei, medicul genetician recomandă de obicei genomul (WGS duo sau trio); varianta potrivită o stabiliți împreună cu el, la consultație.

Ce analizează

Exomul reunește porțiunile celor aproape 20.000 de gene care conțin instrucțiunile pentru proteine, doar 1–2% din ADN. Pentru fiecare dintre cele două persoane se citesc aceste porțiuni prin secvențiere de nouă generație, împreună cu ADN-ul mitocondrial. Analiza găsește mai ales schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctuale), mici fragmente în plus sau lipsă (inserții și deleții mici), variante ale ADN-ului mitocondrial, schimbări ale cromozomilor (anomalii cromozomiale) și, cu sensibilitate limitată, unele fragmente mai mari lipsă sau în plus (deleții sau duplicații).

Avem câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. Dacă părintele testat are aceeași variantă ca pacientul, varianta e moștenită de la el; dacă nu o are, ea poate veni de la celălalt părinte sau poate fi apărută pentru prima dată la pacient (de novo).

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații congenitale, când doar unul dintre părinți poate da o probă;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) care are și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite, în aceeași situație;
• adult cu o boală rară fără diagnostic, al cărui părinte poate fi testat;
• pacient cu o rudă care are aceleași simptome, când compararea celor doi poate arăta ce variantă au în comun.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la pacient s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă), iar comparația cu ruda arată, de cele mai multe ori, dacă e moștenită de la ea.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, mai ales una cauzată de modificări pe care exomul nu le vede.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS). Comparația cu ruda ajută la clasificare, dar o variantă care lipsește la părintele testat nu poate fi numită „apărută nou” fără ADN-ul celuilalt părinte.

Raportul principal privește pacientul. Dacă pacientul alege la consimțământ, cuprinde și statutul de purtător pentru boli recesive și, separat, tot la alegere, descoperiri secundare din genele listei ACMG, legate de afecțiuni pentru care există prevenție sau tratament. Când pacientul este un copil, părinții aleg, după consilierea genetică, ce se raportează, inclusiv afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• nu poate confirma că o variantă a apărut nou (de novo), pentru că lipsește exomul celuilalt părinte;
• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din adâncul porțiunilor dintre exoni (introni) sau din regiunile care reglează genele;
• multe fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații) și fragmentele mutate în alt loc fără material lipsă sau în plus (rearanjamentele echilibrate), cum sunt translocațiile;
• secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții, de exemplu în sindromul X fragil) și schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificările de metilare);
• schimburile între o genă și „copia” ei aproape identică (conversiile genice), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială) și modificările prezente în foarte puține celule (mozaicism de nivel scăzut, sub 5% din celule).

Cum se face

Se recoltează câte o probă de la fiecare dintre cele două persoane: frotiu bucal, câteva picături de sânge uscate pe un card sau sânge. Ce probă vi se potrivește stabilim împreună, la consultație. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem de la un donator, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare. În primele 12 luni după rezultat, datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare