Secvențierea exomului (WES) cu analiză ARN (transcriptomică), trio (3 persoane)

Pe scurt

Exomul trio cu analiză ARN înseamnă secvențierea exomului pentru copil și pentru două rude de gradul I, de obicei ambii părinți, plus analiza ARN din sânge pentru copil. Comparația arată ce variante a moștenit copilul și care au apărut nou la el. În practica noastră, medicul genetician recomandă de obicei genomul în trio (WGS trio); alegerea o faceți împreună cu el, la consultație.

Ce analizează

Exomul reunește porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii), aproximativ 1–2% din ADN. Pentru fiecare dintre cei trei se citesc prin secvențiere de nouă generație exonii a peste 20.000 de gene și granițele lor cu porțiunile dintre ei (joncțiunile de splicing). Analiza găsește mai ales o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctiforme) și, doar în parte, fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații). La copil cuprinde și ADN-ul mitocondrial și ARN-ul din sânge, copia de lucru a genelor, care arată cum influențează variantele felul în care sunt folosite genele (expresia genelor).

Copilul are câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. Comparația cu părinții, într-un singur raport, scoate în evidență:

• variantele apărute pentru prima dată la copil (de novo), absente la ambii părinți;
• două variante diferite în aceeași genă, câte una de la fiecare părinte, care contează în bolile recesive;
• variantele de pe cromozomul X moștenite de la mamă.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite;
• copil cu epilepsie sau altă boală neurologică cu debut timpuriu, fără o cauză găsită;
• copil cu un test genetic țintit (o genă sau un panel) fără diagnostic, la care suspiciunea unei cauze genetice rămâne.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la copil s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă) și se știe dacă e moștenită sau apărută pentru prima dată la el. Când e apărută nou, riscul ca o altă sarcină să fie afectată este de obicei mic, dar nu zero.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică cauzată de modificări pe care exomul nu le vede.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă cu semnificație incertă (VUS). Datele părinților ajută adesea la clasificare, dar uneori incertitudinea rămâne până apar informații noi. Testul include și căutarea ei țintită, dacă e relevantă și laboratorul o aprobă, la cel mult două rude de gradul I, de exemplu la un frate.

Raportul privește copilul. Dacă le alegeți la consimțământ, cuprinde și descoperirile incidentale (lista ACMG): variante fără legătură cu motivul testării, pentru afecțiuni care au prevenție sau tratament. Ce se raportează alegeți voi, părinții, după consilierea genetică, inclusiv pentru afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

Trio îmbunătățește interpretarea, dar păstrează limitele exomului:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din adâncul intronilor sau din regiunile care reglează genele;
• multe deleții și duplicații și fragmentele mutate în alt loc (rearanjamente echilibrate);
• expansiunile de repetiții, de exemplu în sindromul X fragil, și modificările de metilare;
• genele cu „copii” aproape identice (pseudogene) și mozaicismul de nivel scăzut (modificări prezente în puține celule);
• la ARN, analizat doar la copil, genele care nu sunt active în sânge.

Genomul (WGS) citește și regiunile din afara exonilor și vede mai bine delețiile și duplicațiile. Toate testele genetice de diagnostic se interpretează în context clinic.

Cum se face

De la copil se recoltează sânge (o eprubetă cu EDTA de 4 ml), într-un centru partener; de la recoltare până la primirea probei în laborator pot trece cel mult 48 de ore, așa că recoltarea și transportul probei le stabilim la consultație. De la părinți se recoltează sânge pe EDTA sau, mai puțin recomandat, un frotiu bucal sau salivă, care se pot recolta acasă, cu kitul trimis și preluat prin curier. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine în 30–45 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Prețul include recoltarea, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin NGS, pe regiunile codante și joncțiunile de splicing, cu acoperire de aproximativ 99% la 20x și analiză de deleții și duplicații, plus secvențierea ARN pentru pacient
• Variante raportate: variante din regiunile codante și de la joncțiunile de splicing; deleții și duplicații; la ARN: efectul variantelor codante și necodante asupra expresiei genelor
• Probă: pacientul: sânge (o eprubetă EDTA de 4 ml), care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 48 de ore de la recoltare; rudele: sânge pe EDTA sau, mai puțin recomandat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 30–45 de zile lucrătoare