Secvențierea întregului genom (WGS) cu analiză ARN (transcriptomică), duo (2 persoane)

Pe scurt

Genomul duo cu analiză ARN înseamnă secvențierea întregului genom pentru pacient și pentru o rudă de gradul I, de exemplu un părinte sau un frate, plus analiza ARN din sânge pentru pacient. Comparația cu ruda ajută la interpretarea variantelor găsite la pacient. Medicul genetician stabilește la consultație dacă ți se potrivește.

Ce analizează

La pacient se citește întregul genom: genele, regiunile de ADN dintre ele și ADN-ul mitocondrial. Analiza caută o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctiforme), fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), variante ale ADN-ului mitocondrial și secvențe repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții) în 64 de gene. Tot la pacient se analizează ARN-ul din sânge, copia de lucru a genelor: pentru genele țintă active în sânge, analiza arată dacă o genă e folosită mai mult sau mai puțin decât de obicei (expresie aberantă), dacă e folosită doar una dintre copiile ei (expresie monoalelică) și dacă porțiunile ei se îmbină greșit (splicing aberant).

La rudă se analizează doar ADN-ul, pentru variantele punctiforme și pentru CNV. Avem câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. Dacă părintele testat are aceeași variantă ca pacientul, varianta e moștenită de la el; dacă nu o are, poate veni de la celălalt părinte sau poate fi apărută pentru prima dată la pacient (de novo). Datele se interpretează împreună, într-un singur raport.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații congenitale, cu sau fără autism (tulburare din spectrul autist), testat împreună cu un părinte;
• doi frați sau o altă rudă de gradul I cu aceleași simptome, când compararea lor poate arăta ce variantă au în comun;
• adult cu o boală rară fără diagnostic, testat împreună cu un părinte, un frate sau o soră.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la pacient s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă), iar comparația cu ruda arată, de cele mai multe ori, dacă e moștenită de la ea.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică: unele modificări cer teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil, pe care le discutăm la consultație.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă cu semnificație incertă (VUS). Comparația cu ruda ajută la clasificare, dar o variantă care lipsește la părintele testat nu poate fi numită „apărută nou” fără ADN-ul celuilalt părinte. Testul include căutarea ei țintită, dacă e relevantă și laboratorul o aprobă, la cel mult două rude de gradul I.

Raportul privește pacientul. Dacă le alege la consimțământ, după consilierea genetică, cuprinde și descoperirile incidentale (lista ACMG), adică variante fără legătură cu motivul testării, pentru afecțiuni care au prevenție sau tratament, și un raport farmacogenetic. La un copil, părinții aleg după consiliere, inclusiv pentru afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• nu poate confirma că o variantă a apărut nou (de novo), pentru că lipsește ADN-ul celuilalt părinte;
• la rudă, ADN-ul mitocondrial, expansiunile de repetiții și ARN-ul, analizate doar la pacient;
• modificările de metilare și expansiunile de repetiții din afara celor 64 de gene;
• modificările prezente în puține celule (mozaicism de nivel scăzut) sau doar în alt țesut decât sângele;
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice (pseudogene);
• la ARN, genele care nu sunt active în sânge.

Toate testele genetice de diagnostic se interpretează în context clinic.

Cum se face

De la pacient se recoltează sânge (o eprubetă cu EDTA de 4 ml), într-un centru partener; de la recoltare până la primirea probei în laborator pot trece cel mult 48 de ore, așa că recoltarea și transportul probei le stabilim la consultație. De la rudă se poate recolta sânge pe EDTA, un frotiu bucal sau salivă, iar ADN-ul deja extras se acceptă, dar e mai puțin recomandat; frotiul bucal și saliva se pot recolta acasă, cu kitul trimis și preluat prin curier. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine în 15–25 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Prețul include recoltarea, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom prin NGS fără PCR, cu acoperire medie de 60x, plus secvențierea ARN din sânge
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV); variante ale numărului de copii (CNV), cu rezoluție de peste 2 exoni, și deleții și duplicații în tot genomul; modificări ale ADN-ului mitocondrial; expansiuni de repetiții, în 64 de gene; regiuni de homozigozitate legate de disomia uniparentală și de bolile de imprinting; la ARN: expresie genică aberantă, expresie monoalelică și splicing aberant
• Probă: pacientul: sânge (o eprubetă EDTA de 4 ml), care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 48 de ore de la recoltare; rudele: sânge pe EDTA, frotiu bucal, salivă sau, mai puțin recomandat, ADN extras
• Durată: 15–25 de zile lucrătoare