Secvențierea exomului (WES) cu analiză ARN (transcriptomică)

Pe scurt

Secvențierea exomului (WES) cu analiză ARN (transcriptomică) citește porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine și, din sânge, ARN-ul, ca să caute cauza genetică a unei boli rare la un copil sau la un adult. În practica noastră, medicul genetician recomandă de obicei genomul (WGS), care vede și ce exomul nu vede; testul îl alegeți împreună, la consultație.

Ce analizează

Fiecare genă are porțiuni care conțin instrucțiunile pentru proteină (exonii) și porțiuni dintre ei (intronii). Exomul reunește exonii: aproximativ 1–2% din ADN, unde se află cele mai multe variante cunoscute care cauzează boli. Testul citește prin secvențiere de nouă generație exonii a peste 20.000 de gene, granițele lor cu intronii (joncțiunile de splicing) și ADN-ul mitocondrial. Găsește mai ales o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctiforme) și, doar în parte, fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații).

ARN-ul este copia de lucru a unei gene, din care se elimină intronii, iar exonii se îmbină (splicing). Testul analizează și ARN-ul pacientului, din sânge, care arată cum influențează variantele, din exoni sau din afara lor, felul în care sunt folosite genele (expresia genelor).

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite;
• copil sau adult cu o combinație rară de simptome care nu se potrivește unui sindrom cunoscut;
• pacient cu un test genetic țintit (o genă sau un panel) fără diagnostic, la care suspiciunea unei cauze genetice rămâne.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă). Diagnosticul poate schimba controalele sau tratamentul și arată ce risc au rudele.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, mai ales una cauzată de modificări pe care exomul nu le vede. Dacă suspiciunea se menține, în practica noastră urmează de obicei genomul (WGS), de preferat în trio.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă cu semnificație incertă (VUS), despre care nu se știe încă dacă cauzează boala. Testul include căutarea ei țintită, dacă e relevantă și laboratorul o aprobă, la cel mult două rude de gradul I (părinți, frați sau copii).

Dacă le alegi la consimțământ, după consilierea genetică, raportul cuprinde și descoperirile incidentale (lista ACMG): variante fără legătură cu motivul testării, pentru afecțiuni care au prevenție sau tratament. La un copil, părinții aleg după consiliere, inclusiv pentru afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din adâncul intronilor sau din regiunile care reglează genele;
• multe deleții și duplicații și fragmentele mutate în alt loc (rearanjamente echilibrate);
• expansiunile de repetiții, de exemplu în sindromul X fragil, și modificările de metilare, de exemplu în sindroamele Prader-Willi sau Angelman;
• genele cu „copii” aproape identice (pseudogene) și mozaicismul de nivel scăzut (modificări prezente în puține celule);
• la ARN, genele care nu sunt active în sânge.

Genomul (WGS) citește și regiunile din afara exonilor și vede mai bine delețiile și duplicațiile. Toate testele genetice de diagnostic se interpretează în context clinic.

Cum se face

Proba este sânge (o eprubetă cu EDTA de 4 ml), recoltat într-un centru partener; pentru analiza ARN nu se pot folosi frotiul bucal sau saliva. De la recoltare până la primirea probei în laborator pot trece cel mult 48 de ore, așa că recoltarea și transportul probei le stabilim la consultație. Dacă ai făcut un transplant de măduvă sau de celule stem, e important să-i spui medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine în 30–45 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Prețul include recoltarea, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin NGS, pe regiunile codante și joncțiunile de splicing, cu acoperire de aproximativ 99% la 20x și analiză de deleții și duplicații, plus secvențierea ARN pentru pacient
• Variante raportate: variante din regiunile codante și de la joncțiunile de splicing; deleții și duplicații; la ARN: efectul variantelor codante și necodante asupra expresiei genelor
• Probă: sânge (o eprubetă EDTA de 4 ml), care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 48 de ore de la recoltare
• Durată: 30–45 de zile lucrătoare