Secvențierea exomului (WES), trio (3 persoane)

Pe scurt

Exomul trio (WES trio) înseamnă secvențierea exomului pentru copil și pentru ambii părinți. Comparând cele trei exomuri, se vede ce variante a moștenit copilul și care au apărut pentru prima dată la el. În practica noastră, medicul genetician recomandă de obicei genomul în trio (WGS trio); alegerea o faceți împreună cu el, la consultație.

Ce analizează

Exomul reunește porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine, aproximativ 1–2% din ADN, unde se află cele mai multe variante cunoscute care cauzează boli. Pentru fiecare dintre cei trei se citesc prin secvențiere de nouă generație aceste porțiuni, mii de variante cunoscute care cauzează boli (patogene) din afara lor și ADN-ul mitocondrial.

Copilul are câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. Comparația cu părinții scoate în evidență:

• variantele apărute pentru prima dată la copil (de novo), absente la ambii părinți;
• două variante diferite în aceeași genă, câte una de la fiecare părinte, care contează în bolile recesive;
• variantele de pe cromozomul X moștenite de la mamă.

Analiza găsește schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctuale) și fragmente mici în plus sau lipsă (inserții, deleții sau duplicații mai mici de 500 de „litere”, adică perechi de baze) în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine, variante ale ADN-ului mitocondrial și schimbări ale cromozomilor (anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie).

Pentru cine este

• copil cu întârziere în mai multe arii ale dezvoltării (întârziere globală în dezvoltare) sau cu dizabilitate intelectuală, ca prim test genetic sau după alte investigații fără rezultat;
• copil cu una sau mai multe malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) care are și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite (trăsături dismorfice);
• copil cu epilepsie sau altă boală neurologică cu debut timpuriu, fără o cauză găsită;
• copil rămas fără diagnostic după testarea unei singure gene sau a unui panel;
• familie în care ambii părinți biologici pot da o probă.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la copil s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă) și se știe dacă e moștenită sau apărută pentru prima dată la el. Când e apărută nou, riscul ca o altă sarcină să fie afectată este de obicei mic, dar nu zero.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică cauzată de modificări pe care exomul nu le vede.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS). Datele părinților ajută adesea la clasificare, dar uneori incertitudinea rămâne până apar informații noi.

Dacă alegeți asta la consimțământ, raportul copilului cuprinde și statutul de purtător pentru boli recesive și, separat, tot cu acordul vostru, descoperiri secundare din genele listei ACMG, legate de afecțiuni pentru care există prevenție sau tratament. Ce se raportează alegeți voi, părinții, după consilierea genetică, inclusiv afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

Trio îmbunătățește interpretarea, dar păstrează limitele exomului:

• variantele din afara exonilor (din adâncul porțiunilor dintre exoni, numite introni, sau din regiunile care reglează genele), cu excepția celor cunoscute ca patogene;
• o parte dintre fragmentele lipsă sau în plus de peste 500 de perechi de baze (deleții și duplicații) și dintre fragmentele care și-au schimbat locul sau orientarea (rearanjamente structurale: inversiuni, translocații);
• secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții), de exemplu în sindromul X fragil.

Cum se face

Se recoltează câte o probă de la copil și de la fiecare părinte: frotiu bucal, salivă, câteva picături de sânge uscate pe un card sau sânge. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem de la un donator, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare. În primele 12 luni după rezultat, datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) a exomului, cu o acoperire medie de cel puțin 100x și 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; secvențierea se face într-un laborator partener acreditat ISO 15189, iar interpretarea și raportul de către furnizorul testului
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV), în toate genele care codifică proteine; inserții, deleții sau duplicații mai mici de 500 de perechi de baze (indel), în toate genele care codifică proteine; variații ale numărului de copii (CNV) de cel puțin 500 de perechi de baze, cu detecție limitată; variante structurale (inserții mari, inversiuni, translocații), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomie, trisomie, disomie uniparentală, triploidie; variante mitocondriale
• Probă: frotiu bucal, sânge, card cu picături de sânge uscat, salivă sau ADN izolat (acceptat doar dacă extracția s-a făcut într-un laborator calificat)
• Durată: 20 de zile lucrătoare