Secvențierea întregului genom (WGS) cu analiză ARN (transcriptomică), trio (3 persoane)

Pe scurt

Genomul trio cu analiză ARN înseamnă secvențierea întregului genom pentru copil și pentru două rude de gradul I, de obicei ambii părinți, plus analiza ARN din sânge pentru copil. Trio crește șansa de diagnostic prin comparația cu părinții și identificarea variantelor apărute pentru prima dată la copil (de novo). Medicul genetician stabilește la consultație dacă testul vi se potrivește.

Ce analizează

La copil se citește întregul genom: genele, regiunile de ADN dintre ele și ADN-ul mitocondrial. Analiza caută o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctiforme), fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), variante ale ADN-ului mitocondrial și secvențe repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții) în 64 de gene. Tot la copil se analizează ARN-ul din sânge, copia de lucru a genelor: pentru genele țintă active în sânge, analiza arată dacă o genă e folosită mai mult sau mai puțin decât de obicei (expresie aberantă), dacă e folosită doar una dintre copiile ei (expresie monoalelică) și dacă porțiunile ei se îmbină greșit (splicing aberant).

La părinți se analizează doar ADN-ul, pentru variantele punctiforme și pentru CNV. Copilul are câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată, iar comparația, într-un singur raport, scoate în evidență:

• variantele apărute pentru prima dată la copil (de novo), absente la ambii părinți;
• două variante diferite în aceeași genă, câte una de la fiecare părinte, care contează în bolile recesive;
• variantele de pe cromozomul X moștenite de la mamă.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații prezente de la naștere, ca prim test genetic sau după alte investigații;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite;
• copil cu epilepsie sau altă boală neurologică cu debut timpuriu, fără o cauză găsită;
• copil cu un exom sau un panel de gene fără diagnostic, la care suspiciunea unei cauze genetice rămâne.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la copil s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă) și se știe dacă e moștenită sau apărută pentru prima dată la el. Când e apărută nou, riscul de repetare la o viitoare sarcină este de obicei mic, dar nu zero.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică: unele modificări cer teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil, pe care le discutăm la consultație.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă cu semnificație incertă (VUS). Datele părinților ajută adesea la clasificarea ei, dar uneori incertitudinea rămâne până apar informații noi. Testul include și căutarea ei țintită, dacă e relevantă și laboratorul o aprobă, la cel mult două rude de gradul I.

Raportul privește copilul. Dacă le alegeți la consimțământ, cuprinde și descoperirile incidentale (lista ACMG), adică variante fără legătură cu motivul testării, pentru afecțiuni care au prevenție sau tratament, și un raport farmacogenetic. Ce se raportează alegeți voi, părinții, după consilierea genetică, inclusiv pentru afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

Trio îmbunătățește interpretarea, dar nu schimbă limitele tehnice ale genomului:

• la părinți, ADN-ul mitocondrial, expansiunile de repetiții și ARN-ul, analizate doar la copil;
• modificările de metilare și expansiunile de repetiții din afara celor 64 de gene;
• modificările prezente în puține celule (mozaicism de nivel scăzut) sau doar în alt țesut decât sângele;
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice (pseudogene);
• la ARN, genele care nu sunt active în sânge.

Toate testele genetice de diagnostic se interpretează în context clinic.

Cum se face

De la copil se recoltează sânge (o eprubetă cu EDTA de 4 ml), într-un centru partener; de la recoltare până la primirea probei în laborator pot trece cel mult 48 de ore, așa că recoltarea și transportul probei le stabilim la consultație. De la părinți se poate recolta sânge pe EDTA, un frotiu bucal sau salivă, iar ADN-ul deja extras se acceptă, dar e mai puțin recomandat; frotiul bucal și saliva se pot recolta acasă, cu kitul trimis și preluat prin curier. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine în 15–25 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Prețul include recoltarea, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom prin NGS fără PCR, cu acoperire medie de 60x, plus secvențierea ARN din sânge
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV); variante ale numărului de copii (CNV), cu rezoluție de peste 2 exoni, și deleții și duplicații în tot genomul; modificări ale ADN-ului mitocondrial; expansiuni de repetiții, în 64 de gene; regiuni de homozigozitate legate de disomia uniparentală și de bolile de imprinting; la ARN: expresie genică aberantă, expresie monoalelică și splicing aberant
• Probă: pacientul: sânge (o eprubetă EDTA de 4 ml), care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 48 de ore de la recoltare; rudele: sânge pe EDTA, frotiu bucal, salivă sau, mai puțin recomandat, ADN extras
• Durată: 15–25 de zile lucrătoare