Secvențierea întregului genom (WGS) cu analiză ARN (transcriptomică)

Pe scurt

Secvențierea întregului genom (WGS) cu analiză ARN (transcriptomică) citește întregul ADN și, tot din sânge, ARN-ul, ca să caute cauza genetică a unei boli rare la un copil sau la un adult. Medicul genetician stabilește la consultație dacă testul ți se potrivește.

Ce analizează

Genomul este întreaga informație genetică a unei persoane: genele, regiunile de ADN dintre ele și ADN-ul mitocondrial. Testul le citește prin secvențiere de nouă generație și caută:

• o singură „literă” schimbată în ADN (variante punctiforme);
• fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV);
• variante ale ADN-ului mitocondrial;
• secvențe repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții), în 64 de gene;
• porțiuni de ADN în care ambele copii vin de la același părinte (disomie uniparentală), în regiunile legate de bolile de amprentare genomică (imprinting).

ARN-ul este copia de lucru a unei gene, din care se elimină porțiunile dintre instrucțiuni (intronii), iar cele cu instrucțiuni (exonii) se îmbină (splicing). Pentru genele țintă active în sânge, analiza ARN arată dacă o genă e folosită mai mult sau mai puțin decât de obicei (expresie aberantă), dacă e folosită doar una dintre copiile ei (expresie monoalelică) și dacă exonii se îmbină greșit (splicing aberant). ADN-ul și ARN-ul se interpretează împreună, într-un singur raport.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare sau dizabilitate intelectuală, ca prim test genetic sau după alte investigații;
• copil cu malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite;
• nou-născut sau copil mic cu o boală complexă care pare genetică;
• adult cu o boală rară care pare genetică, încă nediagnosticată;
• persoană cu un panel, un microarray sau un exom fără diagnostic, la care suspiciunea unei cauze genetice rămâne.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă). Diagnosticul poate schimba controalele sau tratamentul și arată ce risc au rudele.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică: unele modificări cer teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil, pe care le discutăm la consultație.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă cu semnificație incertă (VUS), despre care nu se știe încă dacă cauzează boala. Testul include căutarea ei țintită, dacă e relevantă și laboratorul o aprobă, la cel mult două rude de gradul I (părinți, frați sau copii).

Dacă le alegi la consimțământ, după consilierea genetică, raportul cuprinde și descoperirile incidentale (lista ACMG), adică variante fără legătură cu motivul testării, pentru afecțiuni care au prevenție sau tratament, și un raport farmacogenetic despre răspunsul la unele medicamente. La un copil, părinții aleg după consiliere, inclusiv pentru afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• modificările de metilare, de exemplu în sindroamele Prader-Willi sau Beckwith-Wiedemann;
• expansiunile de repetiții din afara celor 64 de gene;
• modificările prezente în puține celule (mozaicism de nivel scăzut);
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice (pseudogene);
• variantele prezente doar în alt țesut decât sângele;
• la ARN, genele care nu sunt active în sânge.

Toate testele genetice de diagnostic se interpretează în context clinic.

Cum se face

Proba este sânge (o eprubetă cu EDTA de 4 ml), recoltat într-un centru partener. Pentru analiza ARN, de la recoltare până la primirea probei în laborator pot trece cel mult 48 de ore, așa că recoltarea și transportul probei le stabilim la consultație. Dacă ai făcut un transplant de măduvă sau de celule stem, e important să-i spui medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine în 15–25 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Prețul include recoltarea, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom prin NGS fără PCR, cu acoperire medie de 60x, plus secvențierea ARN din sânge
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV); variante ale numărului de copii (CNV), cu rezoluție de peste 2 exoni, și deleții și duplicații în tot genomul; modificări ale ADN-ului mitocondrial; expansiuni de repetiții, în 64 de gene; regiuni de homozigozitate legate de disomia uniparentală și de bolile de imprinting; la ARN: expresie genică aberantă, expresie monoalelică și splicing aberant
• Probă: sânge (o eprubetă EDTA de 4 ml), care trebuie să ajungă la laborator în cel mult 48 de ore de la recoltare
• Durată: 15–25 de zile lucrătoare