Secvențierea întregului genom (WGS), duo (2 persoane)

Pe scurt

Genomul duo (WGS duo) înseamnă secvențierea întregului genom pentru pacient și pentru o rudă, de obicei un părinte. Genomul rudei ajută la interpretarea variantelor găsite la pacient. Varianta duo se alege mai ales când doar unul dintre părinți poate fi testat, iar medicul genetician stabilește la consultație dacă ți se potrivește.

Ce analizează

Pentru fiecare dintre cele două persoane se citește întregul genom: cele aproape 20.000 de gene care conțin instrucțiunile pentru proteine, regiunile de ADN dintre ele și ADN-ul mitocondrial. Analiza caută schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctuale), mici fragmente în plus sau lipsă (inserții și deleții mici), fragmente mai mari lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), fragmente mutate în alt loc sau întoarse (rearanjamente structurale) și variante ale ADN-ului mitocondrial.

Interpretarea pornește de la pacient. Avem câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. Dacă părintele testat are aceeași variantă ca pacientul, varianta e moștenită de la el; dacă nu o are, ea poate veni de la celălalt părinte sau poate fi apărută pentru prima dată la pacient (de novo).

Pentru cine este

• copil cu întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau malformații congenitale, când doar unul dintre părinți poate da o probă;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) care are și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite, în aceeași situație;
• adult cu o boală rară fără diagnostic, al cărui părinte poate fi testat;
• pacient cu o rudă care are aceleași simptome, când compararea celor doi poate arăta ce variantă au în comun.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la pacient s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă), iar comparația cu ruda arată, de cele mai multe ori, dacă e moștenită de la ea.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, de exemplu una cauzată de modificări pe care genomul nu le vede bine. Pentru acestea există teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil; la consultație discutăm dacă vreunul are sens în cazul tău.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS). Comparația cu ruda ajută la clasificare, dar o variantă care lipsește la părintele testat nu poate fi numită „apărută nou” fără ADN-ul celuilalt părinte.

Raportul principal privește pacientul și cuprinde și statutul de purtător pentru boli recesive și un raport farmacogenomic. Dacă pacientul alege asta la consimțământ, cuprinde și descoperiri secundare din genele listei ACMG, legate de afecțiuni pentru care există prevenție sau tratament. Când pacientul este un copil, părinții aleg, după consilierea genetică, ce se raportează, inclusiv afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

• nu poate confirma că o variantă a apărut nou (de novo), pentru că lipsește genomul celuilalt părinte;
• schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificările de metilare), de exemplu în sindroamele Prader-Willi sau Beckwith-Wiedemann;
• unele secvențe scurte repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții), de exemplu în genele FMR1 (sindromul X fragil) sau HTT, care pot să nu fie detectate sigur;
• modificările prezente în puține celule (mozaicism de nivel scăzut, sub 10% din celule) și variantele prezente doar într-un anumit țesut;
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice.

Cum se face

Se recoltează câte o probă de la fiecare dintre cele două persoane: un frotiu bucal, sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card sau salivă. De obicei recomandăm sângele, recoltat într-un centru partener. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem de la un donator, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare. În primele 12 luni după rezultat, datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom prin secvențiere de nouă generație (NGS), cu acoperire mediană de 30× pentru genomul nuclear și de cel puțin 1000× pentru ADN-ul mitocondrial; variantele se clasifică după ghidurile ACMG și recomandările ClinGen
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV); inserții, deleții sau duplicații mici, sub 500 de perechi de baze; deleții sau duplicații de cel puțin 500 de perechi de baze (CNV); variante structurale: inserții de cel puțin 500 de perechi de baze, inversiuni și translocații; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; expansiuni de repetiții, în majoritatea genelor (se recomandă confirmarea prin altă metodă); variante ale ADN-ului mitocondrial, de la un nivel de heteroplasmie de 5%; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de 10%
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare