Secvențierea întregului genom (WGS), trio (3 persoane)

Pe scurt

Genomul trio (WGS trio) înseamnă secvențierea întregului genom pentru copil și pentru ambii părinți. Comparând cele trei genomuri, se vede ce variante a moștenit copilul și ce variante au apărut pentru prima dată la el. În practica noastră, trio este de obicei varianta preferată când părinții pot da o probă, iar medicul genetician stabilește la consultație dacă testul vi se potrivește.

Ce analizează

Fiecare copil are câte două copii ale majorității genelor, una de la mamă și una de la tată. În trio se citește întregul genom al fiecăruia dintre cei trei, apoi variantele copilului se compară cu ale părinților. Așa ies în evidență:

• variantele apărute pentru prima dată la copil (de novo), absente la ambii părinți;
• două variante diferite în aceeași genă, câte una de la fiecare părinte, care contează în bolile recesive;
• variantele de pe cromozomul X moștenite de la mamă.

Analiza vede schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctuale), mici fragmente în plus sau lipsă (inserții și deleții mici), fragmente mai mari lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), fragmente mutate în alt loc sau întoarse (rearanjamente structurale) și variante ale ADN-ului mitocondrial.

Pentru cine este

• copil cu întârziere în mai multe arii ale dezvoltării (întârziere globală în dezvoltare) sau cu dizabilitate intelectuală, ca prim test genetic sau după alte investigații fără rezultat;
• copil cu una sau mai multe malformații prezente de la naștere;
• copil cu autism (tulburare din spectrul autist) care are și întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală sau trăsături fizice neobișnuite (trăsături dismorfice);
• copil cu epilepsie sau altă boală neurologică cu debut timpuriu, fără o cauză găsită;
• copil la care un exom sau un panel de gene nu au găsit cauza, iar suspiciunea de cauză genetică se menține.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: la copil s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă) și se știe dacă e moștenită sau apărută pentru prima dată la el. Asta contează pentru riscul la o viitoare sarcină: când varianta e apărută nou, riscul de repetare este de obicei mic, dar nu zero.
• Negativ: cu metoda folosită nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, de exemplu una cauzată de modificări pe care genomul nu le vede bine. Pentru acestea există teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil; la consultație discutăm dacă vreunul are sens în cazul tău.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS). Datele părinților ajută adesea la clasificarea ei, dar uneori incertitudinea rămâne până apar informații noi.

Raportul copilului cuprinde și statutul de purtător pentru boli recesive și un raport farmacogenomic. Cu acordul vostru, cuprinde și descoperiri secundare din genele listei ACMG, legate de afecțiuni pentru care există prevenție sau tratament. Ce se raportează alegeți voi, părinții, după consilierea genetică, inclusiv afecțiunile cu debut la vârsta adultă.

Ce nu poate detecta

Trio îmbunătățește interpretarea, dar nu schimbă limitele tehnice ale genomului:

• schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificările de metilare), de exemplu în sindroamele Prader-Willi sau Beckwith-Wiedemann;
• unele secvențe scurte repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții), de exemplu în genele FMR1 (sindromul X fragil) sau HTT, care pot să nu fie detectate sigur;
• modificările prezente în puține celule (mozaicism de nivel scăzut, sub 10% din celule) și variantele prezente doar într-un anumit țesut;
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice.

Cum se face

Se recoltează câte o probă de la copil și de la fiecare părinte: un frotiu bucal, sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card sau salivă. De obicei recomandăm sângele, recoltat într-un centru partener. Dacă unul dintre voi a făcut un transplant de măduvă sau de celule stem de la un donator, e important să-i spuneți medicului înainte de recoltare.

Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare. În primele 12 luni după rezultat, datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom prin secvențiere de nouă generație (NGS), cu acoperire mediană de 30× pentru genomul nuclear și de cel puțin 1000× pentru ADN-ul mitocondrial; variantele se clasifică după ghidurile ACMG și recomandările ClinGen
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV); inserții, deleții sau duplicații mici, sub 500 de perechi de baze; deleții sau duplicații de cel puțin 500 de perechi de baze (CNV); variante structurale: inserții de cel puțin 500 de perechi de baze, inversiuni și translocații; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; expansiuni de repetiții, în majoritatea genelor (se recomandă confirmarea prin altă metodă); variante ale ADN-ului mitocondrial, de la un nivel de heteroplasmie de 5%; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de 10%
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Rata de diagnostic într-un singur studiu: în proiectul britanic 100.000 Genomes (Smedley 2021), 25% dintre pacienții testați, mai mult la cei cu dizabilitate intelectuală.