Panel genetic pentru neurofibromatoza de tip 1 și afecțiuni înrudite

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru neurofibromatoza de tip 1 (NF1), o boală moștenită cu pete cafenii pe piele (pete café-au-lait) și tumori benigne ale nervilor, și pentru afecțiunile înrudite. Cuprinde toate cele 5 gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții cu astfel de semne sau cu un părinte afectat; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 5 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• copil cu multe pete café-au-lait, cu sau fără pistrui în axile ori în zona inghinală;
• adolescent sau adult cu noduli moi în piele sau sub piele (neurofibroame) ori cu un neurofibrom plexiform;
• persoană cu mai multe tumori benigne ale învelișului nervilor (schwannoame), cu scăderea auzului la ambele urechi sau cu tumori pe nervii coloanei;
• un părinte cu NF1, NF2 sau schwannomatoză, când se dorește confirmarea genetică, înainte de testul țintit al copiilor;
• copil mic la care medicul nu poate deosebi încă, doar după examen, NF1 de sindromul Legius.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv în NF1: confirmă neurofibromatoza de tip 1. Conform criteriilor internaționale revizuite în 2021, o variantă patogenă în NF1 găsită în sânge, împreună cu un singur semn caracteristic, ajunge pentru diagnostic. Asta ajută mai ales la copiii mici, la care semnele apar treptat.
• Pozitiv în SPRED1: poate confirma sindromul Legius, cu pete café-au-lait, dar fără complicațiile descrise în NF1.
• Pozitiv în NF2, LZTR1 sau SMARCB1: orientează spre schwannomatoză și spre programul de imagistică potrivit.
• Toate aceste boli se transmit dominant: fiecare copil al unei persoane afectate are o șansă de 50% să moștenească varianta. Conform GeneReviews, aproximativ jumătate dintre persoanele cu NF1 au o variantă apărută pentru prima dată la ele.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude boala, mai ales formele în care modificarea există doar într-o parte dintre celule (forme în mozaic). Diagnosticul clinic rămâne valabil dacă sunt îndeplinite criteriile. Pasul următor îl alegem împreună, la consultație: la suspiciunea unui mozaic, testarea unei probe din pată sau din tumoră; altfel, de regulă, secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește singură pentru decizii, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (5)

  • LZTR1
  • NF1
  • NF2
  • SMARCB1
  • SPRED1
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Diagnostic diferențial, cu gene din afara celor 5 interpretate: deficitul constituțional de reparare a nepotrivirilor ADN (CMMRD); consensul Suerink 2019 descrie când se testează un copil fără tumoră.