Panel genetic pentru malformații cardiace congenitale izolate și sindromice

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru malformațiile inimii prezente de la naștere (malformații cardiace congenitale), fie singure (izolate), fie împreună cu alte semne, în cadrul unui sindrom (sindromice). Cuprinde toate cele 126 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este mai ales pentru sugarii și copiii cu o malformație complexă, cu alte semne asociate sau cu rude afectate; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 126 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• sugar sau copil cu o malformație cardiacă complexă, la care analiza cromozomilor prin microarray (microarray-ul cromozomial) a fost normală;
• o malformație cardiacă împreună cu alte semne (trăsături ale feței, anomalii ale membrelor, ale rinichilor sau ale creșterii), când medicul genetician suspectează un sindrom ale cărui gene sunt printre cele 126 interpretate;
• doi sau mai mulți membri ai familiei cu malformații cardiace;
• un tip de malformație care sugerează o genă anume, de exemplu o comunicare anormală între atrii (defect septal atrial) cu tulburări de conducere sau o îngustare a aortei chiar deasupra valvei (stenoză aortică supravalvulară);
• organe așezate anormal în torace și abdomen (heterotaxie), mai ales când situația se repetă în familie.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv. O variantă care cauzează boala (patogenă) explică malformația și poate schimba urmărirea. Conform consensului internațional din 2022, la unele gene, de exemplu NKX2-5 sau TBX5, este nevoie de supravegherea ritmului inimii, iar un sindrom confirmat arată ce alte organe merită verificate. Testarea țintită a părinților arată dacă varianta a apărut pentru prima dată la copil (de novo) sau e moștenită, ceea ce schimbă riscul pentru o sarcină viitoare.
• Negativ. Nu s-a găsit o variantă care să explice malformația. Rezultatul e frecvent, mai ales la malformațiile izolate, și nu exclude o cauză genetică. Dacă microarray-ul nu s-a făcut, el poate fi pasul următor; altfel, dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS), de preferat în trio (copil și părinți).
• Variantă de semnificație incertă (VUS). O modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Apare relativ des când se interpretează multe gene. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii; testarea părinților o poate lămuri uneori.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (126): caută în lista genelor
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare