Panel genetic pentru osteopetroză și displazii cu densitate osoasă crescută

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile moștenite în care oasele sunt prea dense, dar fragile (osteopetroză), și pentru alte boli cu densitate osoasă crescută. Cuprinde toate cele 31 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru sugarii, copiii și adulții cu oase anormal de dense la radiografie, cu sau fără alte semne; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 31 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• sugar cu oase foarte dense la radiografie, cu anemie, trombocite scăzute, ficat și splină mărite sau probleme de vedere ori de auz;
• copil sau adult cu fracturi la traumatisme minore și oase anormal de dense;
• persoană la care oasele dense s-au observat întâmplător pe o radiografie, mai ales dacă rude au aceeași modificare;
• copil cu statură mică, fontanela care nu se închide și oase dense, dar fragile.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: confirmă tipul bolii. Pentru forma recesivă a sugarului, conform GeneReviews, există un tratament care poate vindeca boala osoasă, așa că e important ca un copil cu această formă să ajungă cât mai repede la un centru cu experiență. Tipul genetic arată și formele în care acest tratament nu ajută. Formele recesive au un risc de 25% la fiecare sarcină; în cele dominante, semnele pot lipsi la unele rude care au varianta. Rudele pot face apoi testul țintit pentru varianta găsită.
• Negativ: un rezultat negativ nu exclude o boală genetică. Conform MedlinePlus, la aproximativ 30% dintre persoanele cu osteopetroză cauza nu este încă cunoscută. Dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește singură pentru decizii; testarea părinților o poate lămuri.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (31)

  • AMER1
  • ANKH
  • CA2
  • CLCN7
  • CSF1R
  • CTSK
  • DLX3
  • FAM20C
  • FERMT3
  • GJA1
  • HPGD
  • LEMD3
  • LRP4
  • LRP5
  • LRRK1
  • OSTM1
  • PLEKHM1
  • PTDSS1
  • SFRP4
  • SLC29A3
  • SLCO2A1
  • SNX10
  • SOST
  • SQSTM1
  • TBXAS1
  • TCIRG1
  • TGFB1
  • TNFRSF11A
  • TNFRSF11B
  • TNFSF11
  • ZNF687
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Osteopetroza recesivă a sugarului, conform GeneReviews: transplantul de celule stem hematopoietice poate vindeca boala osoasă. Nu corectează forma produsă de TNFSF11, în care defectul nu ține de celulele sângelui, și nici afectarea neurologică a formei neuronopatice.
• Lista de gene a testului include și gene ale bolii Paget osoase (SQSTM1, ZNF687) și ale formei juvenile (TNFRSF11B). Testul nu este propus adulților cu boală Paget obișnuită.