Secvențierea Sanger a unei regiuni hotspot dintr-o genă

Pe scurt

Testul citește, prin secvențiere Sanger, doar o porțiune mică dintr-o genă, numită regiune hotspot: locul în care se află cele mai multe dintre variantele care cauzează o anumită boală. Se folosește când medicul genetician suspectează o boală a cărei cauză se găsește, de obicei, în această porțiune. Gena și regiunea se aleg la consultație.

Ce analizează

Unele boli genetice sunt cauzate, la cele mai multe persoane afectate, de aceeași variantă sau de câteva variante dintr-o regiune mică a unei gene. De exemplu, conform GeneReviews, diagnosticul de neuropatie optică ereditară Leber se confirmă de regulă prin una dintre trei variante frecvente ale ADN-ului mitocondrial.

Testul copiază de multe ori regiunea aleasă (prin PCR) și o citește literă cu literă, prin secvențiere Sanger. Regiunile disponibile sunt stabilite dinainte, pentru boli ca:

• acondroplazia (gena FGFR3, în care aproape toate persoanele afectate au una dintre două variante cunoscute);
• neuropatia optică ereditară Leber (trei variante ale ADN-ului mitocondrial);
• sindromul Rett (MECP2);
• febra mediteraneeană familială (MEFV) și bolile autoinflamatorii legate de NLRP3;
• o formă de acromatopsie, o boală a vederii culorilor (CNGB3).

Testul este diferit de căutarea unei variante deja găsite la o rudă: atunci se folosește testul pentru varianta familială (HT-0318), care citește exact locul descris în raportul rudei. Ce anume se raportează din regiunea citită confirmăm cu laboratorul la comandă.

Pentru cine este

• copil cu semnele acondroplaziei, când diagnosticul clinic și radiologic are nevoie de confirmare genetică;
• tânăr cu pierderea vederii centrale, fără durere, la ambii ochi, la care medicul suspectează neuropatia optică ereditară Leber;
• persoană cu semnele unei alte boli din listă, la care cauza se află, de obicei, în regiunea hotspot a genei.

Într-o familie în care o rudă are deja un rezultat genetic, se alege testul pentru varianta familială, nu acest test.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: în regiunea citită s-a găsit o variantă patogenă sau probabil patogenă care explică semnele. Confirmă diagnosticul, arată cum se moștenește boala și permite testarea țintită a rudelor. În acondroplazie, conform GeneReviews, confirmarea genetică poate ajuta la accesul la tratamentul țintit.
• Negativ: în regiunea citită nu s-a găsit o variantă. Nu exclude boala: cauza poate fi în altă parte a genei, într-o altă genă sau poate fi o deleție. Dacă suspiciunea rămâne, recomandarea este, de regulă, secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): nu se știe încă dacă modificarea are vreun efect. Nu se folosește singură pentru decizii și poate fi reclasificată în timp.

Ce nu poate detecta

• variantele din restul genei, din afara regiunii citite: secvențierea tuturor exonilor și analiza delețiilor și duplicațiilor sunt teste separate (HT-0316);
• delețiile și duplicațiile de exoni, pe care secvențierea Sanger nu le vede;
• variantele din alte gene care pot cauza aceeași boală;
• o variantă prezentă doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism) sau, în bolile mitocondriale, într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial, care poate scăpa.

Cum se face

Proba este de sânge venos (1–2 ml, pe EDTA); se acceptă și ADN extras, picături de sânge uscate pe un card, frotiu bucal sau salivă, iar după un transplant de celule stem se trimite salivă. Medicul genetician stabilește la consultație gena și regiunea, după examenul clinic și investigațiile tale. Rezultatul vine, de obicei, în 20 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere Sanger a regiunii hotspot, după amplificarea ei prin PCR, pe un analizor capilar
• Probă: sânge pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată), ADN genomic 1–2 µg sau card cu picături de sânge uscat (cel puțin 5 picături); se pot folosi și frotiu bucal sau salivă; după un transplant de celule stem se trimite salivă, nu sânge
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Regiunile hotspot sunt stabilite de laborator. Lista publică are 21 de gene: APP, CFTR, CNGB3, CSF1R, ELANE, F2, F5, FGA, FGFR3, HFE, LRRK2, MATN3, MECP2, MEFV, MT-ND4, MVK, NLRP3, SAA1, TNFRSF1A, TSEN54, UGT1A1. Formularul de comandă numește separat CNGB3 c.1148delC, ABCA3 c.875A>T, variantele LHON m.3460G>A (MT-ND1), m.11778G>A (MT-ND4) și m.14484T>C (MT-ND6) și HFE p.His63Asp și p.Cys282Tyr. Lista se confirmă la comandă.
• Variantele frecvente, ca factorul V Leiden, varianta G20210A a protrombinei sau C282Y și H63D în HFE, se testează de regulă prin genotipare de rutină; acest test se potrivește mai ales regiunilor hotspot din bolile rare.
• Acondroplazie: conform GeneReviews, aproximativ 99% dintre pacienți au c.1138G>A sau c.1138G>C în FGFR3 (ambele p.Gly380Arg), așa că analiza țintită este primul pas; căutarea delețiilor și duplicațiilor nu este utilă, mecanismul fiind câștigul de funcție.
• Acondroplazie, tratament: vosoritida, un analog de peptid natriuretic de tip C, este aprobată de la naștere până la închiderea cartilajelor de creștere (GeneReviews).
• LHON: idebenona este aprobată de Agenția Europeană a Medicamentului în circumstanțe excepționale, cu beneficiu vizual la o parte dintre pacienți, mai ales când tratamentul începe în primul an de la debut (GeneReviews).