Testarea variantelor familiale cunoscute (până la 5 variante, NGS)

Pe scurt

Testul caută, la o rudă, până la cinci variante genetice găsite deja în familie, toate într-o singură analiză. Se face prin secvențiere de nouă generație (NGS), țintită pe variantele din raportul rudei. Se potrivește când în familie s-au găsit mai multe variante care trebuie verificate împreună.

Ce analizează

Testul verifică prin secvențiere de nouă generație (NGS) variantele familiei, numite prin genă și variantă în raportul rudei. Pentru fiecare variantă, rezultatul arată dacă persoana testată o are sau nu.

Ca metodă, secvențierea țintită verifică bine schimbările unei singure „litere” (variantele punctuale) și micile fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții). Analiza include și căutarea fragmentelor mai mari lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), așa că pot fi verificate și cele găsite la rudă. Testul nu caută alte variante în genă.

Pentru cine este

• Părinții unui copil la care un exom sau un genom a găsit mai multe variante candidate, ca să aflăm care sunt moștenite și care au apărut pentru prima dată la copil.
• Rudele unei persoane cu mai multe variante raportate, de exemplu două variante într-o genă recesivă și încă una în altă genă.
• Un cuplu care plănuiește o sarcină, când în familiile celor doi se cunosc variante diferite.
• Familia unei persoane cu mai multe variante de semnificație incertă (VUS), pentru a vedea dacă apar la rudele bolnave și lipsesc la cele sănătoase.

Pentru una sau două variante se folosește de obicei secvențierea Sanger țintită.

Ce poate arăta rezultatul

Varianta este prezentă. Persoana are aceeași variantă ca ruda. Ce înseamnă depinde de variantă și de boală: confirmarea unui diagnostic, un risc crescut sau statutul de purtător.

Varianta nu este prezentă. Persoana nu a moștenit acea variantă. Rezultatul nu spune nimic despre alte variante sau alte boli. Când o variantă a copilului lipsește la ambii părinți, cel mai probabil a apărut pentru prima dată la copil (de novo); riscul pentru o altă sarcină rămâne totuși mic, nu zero, pentru că varianta poate exista doar în unele celule reproductive ale unui părinte (mozaicism germinal).

Rezultat care cere interpretare. Pentru o variantă de semnificație incertă (VUS), rezultatul rudelor nu pune un diagnostic, dar ajută la clasificare: o variantă care apare la rudele bolnave și lipsește la cele sănătoase devine mai probabil cauzală.

Ce nu poate detecta

• Alte variante din aceleași gene sau din alte gene decât cele cerute.
• Ca metodă, secvențierea țintită nu este gândită pentru fragmentele de cromozom mutate în alt loc (rearanjamente cromozomiale), de exemplu translocațiile; pentru ele se folosește de obicei altă metodă.
• Secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții), de exemplu în sindromul X fragil sau în boala Huntington.
• Modificările prezente într-o parte foarte mică dintre celule (mozaicism de nivel foarte scăzut) sau doar în celulele reproductive.

Uneori rezultatul nu este concludent, iar limitele actuale ale tehnologiei pot face ca unele modificări să nu fie identificate.

Cum se face

Proba este de sânge, recoltată într-un centru partener; se acceptă și ADN extras, frotiu bucal sau salivă. Avem nevoie de o copie a raportului genetic al rudei, în care fiecare variantă este descrisă exact. Rezultatul vine, de obicei, în 32 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS), țintită pe variantele cunoscute în familie
• Variante raportate: până la 5 variante sau fragmente deja cunoscute în familie, indicate prin genă și variantă; deleții și duplicații (fragmente) cunoscute în familie, prin analiza CNV inclusă
• Probă: sânge periferic pe EDTA (cel puțin 3 ml, cel puțin 1 ml la copii), ADN (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (conform instrucțiunilor kitului)
• Durată: 32 de zile lucrătoare