Secvențierea și analiza CNV a unei gene

Pe scurt

Testul citește o singură genă, aleasă de medicul genetician, și verifică dacă îi lipsesc sau îi sunt dublate porțiuni. Se potrivește când simptomele sau istoricul familial arată spre o boală cauzată de o genă anume. Medicul genetician stabilește, la consultație, dacă o singură genă poate răspunde întrebării tale.

Ce analizează

Fiecare genă are porțiuni care conțin instrucțiunea pentru proteină, numite exoni. Testul face două lucruri în gena aleasă, cum spune și numele lui: îi citește secvența, unde pot apărea schimbări ale unei singure „litere” (variante punctiforme) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții mici), și caută porțiunile genei care lipsesc sau apar în plus (deleții și duplicații, CNV). Metoda exactă, regiunile citite și cât de mici pot fi delețiile detectate le confirmăm la comandă.

În unele boli, o parte importantă dintre persoanele afectate au o porțiune lipsă de unul sau mai mulți exoni (deleție), pe care citirea literă cu literă nu o vede. De aceea secvențierea și analiza CNV se fac împreună. Interpretarea urmează, de regulă, criteriile internaționale ACMG/AMP pentru variante și standardele ACMG/ClinGen pentru deleții și duplicații.

Pentru cine este

• persoană cu diagnosticul clinic al unei boli cauzate, de regulă, de o singură genă, care are nevoie de confirmarea genetică;
• partener al unei persoane purtătoare a unei boli recesive, care vrea să afle înainte de o sarcină dacă poartă și el o variantă în aceeași genă;
• pacient la care un tratament sau o monitorizare depind de confirmarea unei anumite gene.

Într-o familie fără un test genetic, testarea începe cu persoana afectată sau, dacă a decedat fără test, cu ADN-ul păstrat de la ea. Rudele fără simptome pot face apoi un test țintit, mai simplu, pentru varianta găsită.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care cauzează sau probabil cauzează boala (patogenă sau probabil patogenă), ori o porțiune lipsă sau în plus (deleție sau duplicație), care explică simptomele. În bolile recesive e nevoie de două variante, câte una pe fiecare copie a genei; testarea părinților arată dacă sunt pe copii diferite.
• Purtător: s-a găsit o singură variantă într-o genă recesivă. Persoana nu are boala, dar o poate transmite copiilor.
• Negativ: în gena analizată nu s-a găsit o cauză. Rezultatul nu exclude o variantă în altă genă. Dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, în practica noastră pasul următor este, de regulă, secvențierea întregului genom (WGS).
• Neconcludent: s-a găsit o variantă despre care nu se știe încă dacă are vreun efect (variantă de semnificație incertă, VUS). Nu se folosește singură pentru decizii, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

Limitele exacte ale acestui test le confirmăm la comandă. În general, analiza unei singure gene nu vede:

• variantele din alte gene;
• fragmentele de ADN care și-au schimbat locul sau orientarea, fără să lipsească sau să fie în plus (rearanjamentele echilibrate, cum sunt translocațiile și inversiunile);
• secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții) și schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificările de metilare): pentru unele gene există teste dedicate, de exemplu FMR1 în sindromul X fragil, unde secvențierea nu vede expansiunea.

Porțiunile genei care au „copii” aproape identice în genom (pseudogene) pot fi, de asemenea, greu de citit.

Cum se face

Proba se stabilește la consultație, după ce medicul alege gena. Rezultatul vine de obicei în 21 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului. La consultație te ajută să ai scrisorile medicale și, dacă există, rezultatele genetice ale rudelor.

Pentru medici

• Durată: 21 de zile lucrătoare