Panel genetic pentru boli autoinflamatorii, 38 de gene

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile autoinflamatorii, în care sistemul imunitar produce episoade repetate de febră și inflamație fără o infecție. Cuprinde toate cele 38 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții cu inflamație fără o cauză găsită, însoțită de erupții, artrită, vasculită sau modificări ale sângelui; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 38 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• copil cu episoade repetate de febră și inflamație fără infecție, cu erupții, artrită sau inflamație a oaselor;
• copil sau adult tânăr cu inflamația vaselor de sânge (vasculită), pete vineții în rețea pe piele (livedo) sau accidente vasculare cerebrale la vârstă mică;
• copil mic cu erupție persistentă, artrită și inflamație a ochiului (uveită);
• erupții pustuloase extinse ale pielii, mai ales cu debut timpuriu;
• adult, mai ales bărbat peste 50 de ani, cu inflamație greu de explicat, anemie cu globule roșii mari și alte modificări ale sângelui;
• mai multe cazuri în familie sau părinți înrudiți.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: confirmă boala și forma ei. Pentru unele forme există tratament țintit: conform GeneReviews, în deficitul de adenozin-deaminază 2 (DADA2) medicamentele care blochează factorul de necroză tumorală (TNF) reduc riscul de accidente vasculare cerebrale ischemice, inclusiv la persoanele încă fără simptome. DADA2 se moștenește recesiv (risc de 25% la fiecare sarcină pentru părinții purtători), iar sindromul Blau dominant (o șansă de 50% pentru fiecare copil).
• Sindromul VEXAS: varianta apare în timpul vieții, doar în celulele sângelui (este dobândită), și nu se moștenește.
• Negativ: nu s-a găsit o variantă care să explice semnele, ceea ce nu exclude o boală autoinflamatorie. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS). Când medicul suspectează o variantă prezentă doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut), întâi se face un test țintit, care citește genele de foarte multe ori, și abia apoi WGS.
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește singură pentru decizii; testarea părinților ajută la interpretarea ei.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (38)

  • ADA2
  • ADAM17
  • AP1S3
  • ARPC1B
  • CARD11
  • CARD14
  • COPA
  • DPP9
  • ELF4
  • HAVCR2
  • HCK
  • IL1RN
  • IL36RN
  • LACC1
  • LPIN2
  • LYN
  • NCKAP1L
  • NFKB1
  • NLRC4
  • NLRP1
  • NOD2
  • OTULIN
  • PLCG2
  • POMP
  • PSMA3
  • PSMB10
  • PSMB4
  • PSMB8
  • PSMB9
  • PSMG2
  • PSTPIP1
  • RELA
  • RIPK1
  • SLC29A3
  • STING1
  • SYK
  • TNFAIP3
  • UBA1
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Panelul include STING1 (SAVI), COPA și genele proteazomului (PRAAS/CANDLE), descrise de Crow și Stetson (2022) și ca interferonopatii de tip I; pentru interferonopatii există un panel dedicat (HT-0392).
• DADA2: conform GeneReviews, anti-TNF (etanercept, adalimumab, golimumab, infliximab, certolizumab) sunt tratamentul de elecție; se evită antiagregantele, inclusiv aspirina, și anticoagulantele în afara fibrilației atriale. Diagnosticul se susține și prin activitatea ADA2 plasmatică foarte scăzută (sub 5% din normal).
• VEXAS: variantele UBA1 sunt somatice, limitate la unele celule imune și hematopoietice (MedlinePlus Genetics); detectarea depinde de fracția alelică din sânge. Testul raportează variantele în mozaic de la o fracție alelică de peste 5%; panelul de profunzime HT-0311 (60 de gene autoinflamatorii, inclusiv UBA1, citite de aproximativ 750–1000 de ori) găsește variantele din pozițiile cunoscute ca frecvent afectate de la 2% din citiri.
• Diferențial: sindroamele de febră periodică (MEFV, MVK, TNFRSF1A, NLRP3, NLRP12) sunt în panelul HT-0385.