Panel genetic pentru sindroame de febră periodică, cu sau fără urticarie

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru sindroamele de febră periodică, cu sau fără urticarie: boli genetice în care episoadele de febră și inflamație revin fără o infecție, cum este febra mediteraneană familială. Cuprinde toate cele 10 gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții cu episoade de febră care revin după un tipar; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 10 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• episoade de febră de 1–3 zile, cu dureri abdominale, toracice sau articulare, cu perioade fără simptome între ele;
• febră și erupție urticariană declanșate de frig, cu dureri articulare și ochi roșii;
• episoade lungi de febră, de obicei de câteva săptămâni, cu dureri musculare, erupție și umflături în jurul ochilor;
• febre începute în primul an de viață, cu ganglioni mari, dureri abdominale, diaree și afte, uneori după vaccinări;
• febră cu afte care revine cam la trei săptămâni, cu neutrofile scăzute în timpul episoadelor;
• depunerea unei proteine anormale în organe (amiloidoză), fără o cauză găsită.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv. Confirmă tipul sindromului, împreună cu semnele clinice. Diagnosticul contează pentru tratament: în febra mediteraneană familială, conform GeneReviews, tratamentul reduce mult manifestările, iar fără tratament inflamația cronică poate duce la amiloidoză. Rudele fără simptome pot face testul țintit pentru varianta găsită.
• O singură variantă în MEFV. Boala apare de obicei când ambele copii ale genei sunt modificate. Majoritatea purtătorilor unei singure variante nu au simptome, dar unele variante pot cauza manifestări ușoare sau forme dominante. Interpretarea se face la consultație, împreună cu tabloul clinic.
• Negativ. În genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude o boală autoinflamatorie. Sindromul PFAPA (febră periodică cu afte, faringită și ganglioni) nu are o cauză genetică cunoscută. Dacă suspiciunea rămâne, la consultație discutăm pașii următori: la suspiciunea unei variante prezente doar într-o mică parte dintre celule (mozaic), întâi un test care citește gena de foarte multe ori (test de profunzime, de exemplu HT-0311), apoi, de regulă, secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS). O modificare despre care nu se știe încă dacă cauzează boala; nu se folosește singură pentru diagnostic, iar testarea rudelor poate ajuta.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (10)

  • ELANE
  • F12
  • MEFV
  • MVK
  • NLRP12
  • NLRP3
  • NOD2
  • OTULIN
  • PSTPIP1
  • TNFRSF1A
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Clasificare: criteriile Eurofever/PRINTO 2019 (Gattorno) combină genotipul cu semnele clinice pentru fiecare formă.
• Tratament în febra mediteraneană familială, conform GeneReviews: colchicina și inhibitorii de interleukină 1.
• Mozaic: într-un studiu din 2011 (Tanaka), aproximativ 69% dintre persoanele cu forma severă de CAPS fără variantă găsită prin metodele obișnuite aveau o variantă NLRP3 în mozaic; un mozaic sub 5% din citiri, limita acestui test, cere un test de profunzime, de exemplu panelul HT-0311 (60 de gene autoinflamatorii, citite de aproximativ 750–1000 de ori; de la 2% din citiri în pozițiile cunoscute ca frecvent afectate).
• Gene ale unor forme foarte rare: OTULIN (deficitul de OTULIN, recesiv, cu inflamație din primele săptămâni de viață) și F12 (variante cu câștig de funcție, descrise în angioedemul ereditar cu inhibitor de C1 normal și într-un sindrom autoinflamator cu urticarie la frig).