Panel genetic pentru limfoproliferare și autoimunitate prin secvențiere de profunzime (mozaicism), 47 de gene

Pe scurt

Panel genetic cu secvențiere de mare profunzime care caută variante somatice în mozaic în cele 47 de gene asociate cu limfoproliferarea și autoimunitatea. Astfel de variante pot fi prezente în sânge cu o frecvență de doar 5% sau chiar mai mică și de aceea scapă adesea panelurilor obișnuite, exomului și mai ales genomului.

Ce analizează

Un panel genetic analizează deodată mai multe gene care pot cauza aceleași semne sau aceeași problemă de sănătate. Secvențierea de nouă generație (NGS) citește în paralel ADN-ul acestor gene, mai ales porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii). Testul caută variantele cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Testul analizează 47 de gene.

Ce raportează:

• variante de secvență somatice în mozaic, prezente în cel puțin 5% din citiri
• variante în mozaic din pozițiile cunoscute ca frecvent afectate (hotspot), prezente în cel puțin 2% din citiri

Pentru cine este

• copil cu ganglioni mari și splină mărită de luni de zile, fără o cauză infecțioasă sau tumorală;
• valori scăzute ale celulelor sângelui, de cauză autoimună (citopenii autoimune: anemie hemolitică, trombocite sau neutrofile scăzute), împreună cu limfoproliferare;
• analize sugestive pentru ALPS, cu test genetic obișnuit negativ;
• autoimunitate multiplă cu debut timpuriu, de exemplu citopenii, enteropatie sau boli endocrine;
• persoană fără alte cazuri în familie, la care se suspectează o variantă dobândită.

Ce poate arăta rezultatul

• Variantă în mozaic. O variantă care cauzează boala (patogenă), prezentă doar într-o parte dintre celule (în mozaic), poate explica boala. În ALPS cu o variantă FAS apărută în timpul vieții (somatică), prezentă mai ales într-un tip de limfocite (limfocitele T dublu negative), boala seamănă cu forma moștenită. O variantă apărută doar în celulele sângelui de regulă nu se transmite copiilor.
• Variantă moștenită. Se interpretează ca la orice test genetic. Forma FAS moștenită se transmite dominant, dar nu toți purtătorii fac boala.
• Tratament. Diagnosticul poate schimba tratamentul: pentru limfoproliferarea din ALPS există un tratament țintit.
• Negativ. În genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude boala: potrivit GeneReviews, până la 20% dintre persoanele cu ALPS clinic nu au o cauză genetică găsită. Dacă suspiciunea rămâne, pașii următori pe care îi discutăm de obicei la consultație sunt testarea celulelor sortate sau a altui țesut și, dacă nu s-a făcut, secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS). O modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Proporția de celule purtătoare și testarea celulelor sortate sau a altor țesuturi pot ajuta.

Ce nu poate detecta

• Variantele în mozaic prezente în mai puțin de 5% din citiri (sub 2% în pozițiile hotspot) sunt sub limita de detecție.
• Pentru genele adăugate pentru diagnostic diferențial se raportează doar variantele patogene și probabil patogene, nu și variantele de semnificație incertă.
• Dacă proba nu are calitatea necesară, analiza poate eșua.
• Lista de gene se actualizează periodic, așa că genele analizate efectiv pot diferi ușor de lista publicată.

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt incluse în panel și cauzele genetice încă necunoscute;
• modificările apărute în timpul vieții doar într-un țesut, de exemplu într-o tumoră (variante somatice);
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă (după un transplant de celule stem se trimite salivă, nu sânge). Rezultatul este gata în aproximativ 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație cu acoperire mare (aproximativ 750–1000 de citiri pe bază) a 337 de gene, îmbogățite prin hibridizare în soluție (regiunile codante și regiunile intronice adiacente); se interpretează genele asociate cu tabloul clinic al pacientului
• Variante raportate: variante de secvență somatice în mozaic, prezente în cel puțin 5% din citiri; variante în mozaic din pozițiile cunoscute ca frecvent afectate (hotspot), prezente în cel puțin 2% din citiri
• Gene (47)

  • ADA2
  • CARD11
  • CARMIL2
  • CASP10
  • CASP8
  • CBLB
  • CCL22
  • CD27
  • CD70
  • CDC42
  • CTLA4
  • CTPS1
  • DEF6
  • FADD
  • FAS
  • FASLG
  • HAVCR2
  • IKZF1
  • IKZF3
  • IL2RA
  • IL2RB
  • ITK
  • JAK2
  • JAK3
  • KRAS
  • LAT
  • LRBA
  • MAGT1
  • NCKAP1L
  • NFKB1
  • NRAS
  • PIK3CD
  • PIK3R1
  • PRKCD
  • PTEN
  • PTPN11
  • RASGRP1
  • SH2D1A
  • SOCS1
  • STAT1
  • STAT3
  • STAT5B
  • STK4
  • TET2
  • TNFRSF9
  • XIAP
  • ZAP70
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă (după un transplant de celule stem se trimite salivă, nu sânge)
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Analizele care preced testul, după criteriile NIH 2009 (Oliveira 2010): limfocite T dublu negative crescute, ligand Fas solubil, IL-10 sau vitamina B12 crescute.
• Conform sintezei Aluri 2021, o variantă FAS somatică poate apărea în sânge la doar 1–35% din citiri.
• Tratament în ALPS, conform GeneReviews: sirolimusul este agentul preferat pentru limfoproliferare, după experiența de până acum; splenectomia rămâne o ultimă opțiune.