Panel genetic pentru boli autoinflamatorii prin secvențiere de profunzime (mozaicism), 60 de gene

Pe scurt

Panel de secvențiere profundă care analizează 60 de gene ale bolilor autoinflamatorii și caută și variantele somatice în mozaic, prezente doar într-o parte dintre celulele sângelui.

Ce analizează

Un panel genetic analizează deodată mai multe gene care pot cauza aceleași semne sau aceeași problemă de sănătate. Secvențierea de nouă generație (NGS) citește în paralel ADN-ul acestor gene, mai ales porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii). Testul caută variantele cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Testul analizează 60 de gene.

Ce raportează:

• variante de secvență în genele setului, inclusiv variante somatice în mozaic prezente în cel puțin 5% din citiri
• variante în mozaic din hotspot-uri cunoscute, de la 2% din citiri

Pentru cine este

• inflamație repetată sau continuă (febre, erupții, inflamația articulațiilor, ochilor sau pielii), cu analize de inflamație crescute (markeri inflamatori), după ce au fost excluse infecțiile, bolile autoimune și tumorile;
• un tablou tipic pentru o boală autoinflamatorie, de exemplu sindroamele periodice asociate criopirinei (CAPS), cu testare genetică obișnuită negativă;
• bărbat la vârstă înaintată cu febre, valori scăzute ale celulelor sângelui (citopenii), inflamația cartilajelor urechii sau nasului, erupții ori inflamația vaselor de sânge (vasculită), nou apărute;
• boală autoinflamatorie apărută la adult sau fără alte cazuri în familie;
• exom, genom sau panel imunologic negativ, cu suspiciune clinică puternică.

Ce poate arăta rezultatul

• Variantă în mozaic. O variantă care cauzează boala (patogenă), prezentă doar într-o parte dintre celule (în mozaic), poate explica boala; raportul arată în ce proporție din citiri apare. La unele persoane cu un tablou tipic și teste obișnuite negative, cauza este o astfel de variantă.
• Variantă moștenită. Se interpretează ca la orice test genetic, cu sfat genetic pentru familie.
• Negativ. În genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude o boală autoinflamatorie: mozaicul poate fi sub limita de detecție sau prezent în alte țesuturi decât sângele. Dacă suspiciunea rămâne, pașii următori pe care îi discutăm de obicei la consultație sunt testarea altui țesut și, dacă nu s-a făcut încă, secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS). O modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește singură pentru decizii; proporția de celule purtătoare și testarea altor țesuturi pot ajuta.

Ce nu poate detecta

• Variantele în mozaic prezente în mai puțin de 5% din citiri (2% în hotspot-urile cunoscute) sunt sub limita de detecție.
• Pentru genele adăugate pentru diagnostic diferențial se raportează doar variantele patogene și probabil patogene, nu și variantele de semnificație incertă.
• Dacă proba nu are calitatea necesară, analiza poate eșua.

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt incluse în panel și cauzele genetice încă necunoscute;
• modificările apărute în timpul vieții doar într-un țesut, de exemplu într-o tumoră (variante somatice);
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă; după un transplant de celule stem se trimite salivă în loc de sânge. Rezultatul este gata în aproximativ 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație cu acoperire mare (aproximativ 750–1000 de citiri pe bază) a unei îmbogățiri țintite de 337 de gene, cu regiunile codante și regiunile intronice adiacente; toate genele se secvențiază în paralel și se interpretează cele asociate cu tabloul clinic
• Variante raportate: variante de secvență în genele setului, inclusiv variante somatice în mozaic prezente în cel puțin 5% din citiri; variante în mozaic din hotspot-uri cunoscute, de la 2% din citiri
• Gene (60): caută în lista genelor
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă; după un transplant de celule stem se trimite salivă în loc de sânge
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Într-un studiu din 2011 (Tanaka și colab.), aproximativ 69% dintre persoanele cu forma severă de CAPS (CINCA) fără variantă găsită prin metodele obișnuite aveau o variantă NLRP3 în mozaic.