Panel genetic pentru candidoza mucocutanată cronică

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru candidoza mucocutanată cronică, adică infecțiile cu ciuperca Candida ale gurii, pielii sau unghiilor care revin fără o cauză obișnuită. Cuprinde toate cele 8 gene cunoscute pentru această afecțiune. Este pentru copiii și adulții cu candidoză cronică, mai ales împreună cu boli autoimune sau cu alte infecții repetate; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 8 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• copil cu mărgăritărel, infecții ale unghiilor sau ale pielii cu Candida care revin, fără o cauză cunoscută (antibiotice, corticoizi, diabet, infecție HIV);
• candidoză cronică împreună cu boli autoimune, mai ales ale tiroidei, sau cu infecții bacteriene și virale repetate;
• candidoză cronică împreună cu calciu scăzut (hipoparatiroidism) sau insuficiență suprarenală;
• infecție gravă cu ciuperci, extinsă în organe (infecție fungică invazivă), de exemplu a creierului, la o persoană fără alt deficit imunitar cunoscut;
• rudă cu candidoză cronică a unei persoane afectate, când varianta familiei nu este cunoscută.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv. Variantele care cauzează boala (patogene) și se potrivesc cu tabloul clinic confirmă cauza și arată modul de moștenire: dominant în STAT1, recesiv în AIRE și în majoritatea celorlalte gene. Variantele STAT1 care cresc activitatea proteinei (cu câștig de funcție) au un spectru larg: pe lângă candidoză, pot apărea boli autoimune, de exemplu ale tiroidei. Diagnosticul orientează supravegherea, iar pentru formele STAT1 există un tratament țintit. În sindromul autoimun poliendocrin de tip 1 (APECED), conform MedlinePlus, candidoza apare de obicei prima, înaintea problemelor hormonale, așa că un diagnostic timpuriu ajută la urmărirea glandelor.
• Negativ. În genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude o cauză imunitară: candidoza cronică apare și în alte imunodeficiențe, cu alte gene. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS). O modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Testele funcționale și testarea rudelor pot ajuta la clarificare.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (8)

  • AIRE
  • CARD9
  • IL17F
  • IL17RA
  • IL17RC
  • RORC
  • STAT1
  • TRAF3IP2
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• STAT1 cu câștig de funcție: într-un studiu pe 274 de pacienți (Toubiana 2016), 98% aveau candidoză cronică, iar 37% și manifestări autoimune, cel mai des hipotiroidie.
• Tratament: conform sintezei Jing 2024, inhibitorii JAK se folosesc în formele STAT1 cu câștig de funcție.
• Teste funcționale pentru o VUS: testele căii STAT1 și limfocitele producătoare de IL-17.
• Diagnostic diferențial, cu gene în alte paneluri: sindroamele hiper-IgE și imunodeficiențele combinate.