Analiza expansiunii de repetiții pentru un locus

Pe scurt

Testul măsoară lungimea unei singure secvențe repetate din ADN, aleasă la consultație. Se folosește pentru a confirma sau a exclude o anumită boală cauzată de o secvență repetată de prea multe ori (expansiune de repetiții), de exemplu o ataxie spinocerebeloasă sau ataxia Friedreich, și pentru testarea rudelor dintr-o familie cu o expansiune cunoscută.

Ce analizează

În unele gene, câteva „litere” ale ADN-ului se repetă una după alta, ca un cuvânt scris de mai multe ori. Peste un anumit prag, repetiția cauzează boala și poate crește când e transmisă copiilor, iar pragul diferă de la o genă la alta.

Testul copiază (amplifică) prin PCR regiunea cu repetiția și îi măsoară lungimea pe fiecare copie a genei, prin electroforeză capilară. Pentru unele locusuri, de exemplu FXN, se adaugă o PCR specială care semnalează și expansiunile foarte mari. Conform GeneReviews, panelurile și exomul nu identifică în mod obișnuit aceste expansiuni, așa că fiecare locus are nevoie de o analiză dedicată.

Exemple de locusuri: genele ataxiilor spinocerebeloase SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7 și SCA17, gena FXN (ataxia Friedreich), gena AR (boala Kennedy) și gena CSTB (o formă de epilepsie mioclonică progresivă). Boala Huntington, scleroza laterală amiotrofică legată de C9ORF72, sindromul CANVAS și sindromul X fragil au teste separate.

Pentru cine este

• adult cu mers nesigur, tulburări de coordonare sau vorbire neclară, cu un părinte sau alte rude afectate, la care medicul suspectează o anumită ataxie spinocerebeloasă;
• copil, adolescent sau adult tânăr cu ataxie progresivă și reflexe absente, la care se suspectează ataxia Friedreich;
• bărbat adult cu slăbiciune musculară lent progresivă, crampe și dificultăți de înghițire sau de vorbire, la care se suspectează boala Kennedy;
• persoană la care un panel sau un exom nu a găsit cauza, iar tabloul clinic sugerează o boală cauzată de o expansiune.

Ce poate arăta rezultatul

• Normal: numărul de repetiții este în limitele obișnuite pe ambele copii ale genei, iar boala legată de acest locus devine foarte puțin probabilă.
• Expansiune patogenă: confirmă diagnosticul la o persoană cu simptome. În bolile dominante, fiecare copil are o șansă de 50% să moștenească expansiunea. În ataxia Friedreich, care e recesivă, boala apare când ambele copii ale genei sunt extinse, iar o singură copie extinsă înseamnă că persoana e purtătoare. Boala Kennedy e legată de cromozomul X: un bărbat afectat transmite expansiunea tuturor fiicelor, care devin purtătoare, și niciunui fiu.
• Alelă intermediară sau cu penetranță redusă: numărul de repetiții e la granița dintre normal și patologic. Persoana poate să nu facă boala, dar repetiția se poate mări când e transmisă copiilor. Conform GeneReviews, în ataxiile dominante cu repetiții, creșterea repetiției de la o generație la alta poate aduce un debut mai timpuriu și o boală mai severă (anticipație).

Ce nu poate detecta

• expansiunile din alte gene decât locusul ales;
• schimbările unei singure „litere” (variantele punctiforme) sau porțiunile lipsă (delețiile) din aceeași genă, care cer secvențiere;
• uneori, o expansiune foarte mare pe care PCR-ul nu o poate copia, când cele două copii ale genei par de aceeași lungime;
• vârsta la care vor apărea simptomele.

Cum se face

Proba este de sânge venos, recoltată într-un centru partener; se acceptă și ADN extras, picături de sânge uscate pe un card, frotiu bucal sau salivă. Durata analizei se confirmă la comandă, în funcție de locus. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: PCR care cuprinde repetiția (repeat-spanning PCR) pentru numărarea repetițiilor, urmată de separarea și măsurarea fragmentelor prin electroforeză capilară; la unele locusuri (de exemplu FXN) se adaugă PCR cu primer în repetiție (TP-PCR), pentru expansiunile foarte mari
• Variante raportate: numărul de repetiții pe fiecare dintre cele două alele, încadrat față de pragurile normal, intermediar și patogen ale locusului; expansiunile foarte mari, prin TP-PCR, la locusurile la care se face această analiză
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: se comunică la consultație

Context clinic

• Exemplele din text (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7, SCA17, FXN, AR, CSTB) sunt printre locusurile disponibile ca analiză pentru un locus; lista exactă se confirmă la comandă.
• Rar, o alelă nu se amplifică din cauza unei variante în locul de legare a primerilor și poate simula două copii de aceeași lungime.