Panel genetic pentru leucodistrofii și leucoencefalopatii

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile care afectează substanța albă a creierului (leucodistrofii și leucoencefalopatii). Cuprinde toate cele 100 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții la care se suspectează o astfel de boală; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 100 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

Substanța albă a creierului e formată din fibrele nervoase și din învelișul lor de mielină, care ajută semnalele să circule repede. Leucodistrofiile sunt boli moștenite care afectează tocmai această substanță albă, iar leucoencefalopatiile genetice sunt un grup înrudit, în care modificările substanței albe pornesc de la neuroni, de la vasele de sânge sau de la o boală a întregului organism. Ambele se văd la RMN-ul creierului, pot începe la orice vârstă, de la nou-născut la adult, iar primele semne țin de obicei de mișcare.

• Copil care rămâne în urmă la mișcări (ținutul capului, statul în șezut, mersul) sau pierde abilități deja câștigate, la care RMN-ul arată modificări ale substanței albe.
• Copil mai mare sau adolescent cu căderi dese, mers nesigur, rezultate școlare în scădere sau schimbări de comportament, la care RMN-ul arată modificări ale substanței albe.
• Tânăr sau adult la care îndemânarea (de exemplu la sport) ori mersul se înrăutățesc treptat și RMN-ul arată modificări ale substanței albe.
• Copil sau adult cu modificări ale substanței albe și semne în afara creierului, de exemplu ale glandelor suprarenale, ale ochilor (cataractă), ale dinților sau ale auzului.
• Persoană cu o boală a substanței albe într-o familie în care mai există cazuri asemănătoare.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit, într-una dintre genele analizate, o variantă care cauzează sau probabil cauzează boala (patogenă sau probabil patogenă). În funcție de genă, rezultatul poate confirma diagnosticul sau poate arăta un risc crescut, nu o certitudine. Poate ajuta și la alegerea controalelor și a tratamentului.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o variantă care să explice semnele. Rezultatul nu exclude o cauză genetică în alte gene sau de un tip pe care testul nu îl vede și nici o cauză negenetică. Conform ACMG, la copiii cu malformații congenitale sau întârziere în dezvoltare, exomul și genomul sunt recomandate ca teste de primă sau de a doua intenție. În practica noastră, dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale. Uneori o lămurește testarea părinților sau a altor rude, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (100): caută în lista genelor
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Conform Parikh et al. (consorțiul GLIA, 2015), orice suspiciune de leucodistrofie sau leucoencefalopatie genetică începe cu o evaluare rapidă a formelor tratabile, printr-o baterie biochimică minimă: acizi grași cu lanț foarte lung, enzime lizozomale (galactocerebrozidază, arilsulfatază A), colestanol și reevaluarea screeningului neonatal. X-ALD, boala Krabbe și leucodistrofia metacromatică pot beneficia de transplant medular în fazele incipiente, iar xantomatoza cerebrotendinoasă răspunde la acid chenodeoxicolic.
• Când RMN-ul e anormal, dar fără un tipar definitoriu, același grup recomandă secvențiere de nouă generație largă (panel, exom sau genom) și consideră că, în multe cazuri, exomul sau genomul sunt opțiunea potrivită în prezent; fără un tipar RMN clar, până la jumătate dintre pacienți rămân fără diagnostic specific.
• Consensul GLIA (Vanderver et al., 2015) clasifică vasculopatiile genetice cu leziuni ale substanței albe (de exemplu CADASIL, legată de NOTCH3, și leucoencefalopatiile legate de COL4A1) drept leucoencefalopatii genetice, nu leucodistrofii; panelul le include.
• În X-ALD, rudele de sex masculin la risc se evaluează din timp (acizi grași cu lanț foarte lung sau varianta familială), pentru screeningul insuficienței suprarenale și urmărirea neurologică (GeneReviews).