Panel genetic pentru tulburări de migrare neuronală

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru malformațiile creierului care apar când celulele nervoase nu ajung la locul lor în timpul dezvoltării din sarcină (tulburări de migrare neuronală). Cuprinde toate cele 81 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții la care se suspectează o astfel de malformație; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 81 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

În timpul sarcinii, celulele nervoase se formează în adâncul creierului și migrează spre suprafață, unde alcătuiesc scoarța creierului (cortexul). Când migrarea e tulburată, suprafața creierului poate rămâne prea netedă (lisencefalie), poate avea prea multe pliuri mici (polimicrogirie) sau unele grupuri de neuroni rămân în locuri greșite (heterotopie). Aceste malformații se văd la RMN-ul creierului și se manifestă cel mai des prin crize epileptice, întârziere în dezvoltare sau probleme de mișcare. Multe au o cauză genetică, dar unele apar după o infecție în sarcină, de exemplu cu citomegalovirus.

• Copil la care RMN-ul arată o suprafață a creierului prea netedă, fără pliuri sau cu pliuri prea late (lisencefalie, pahigirie), ori o bandă de neuroni rămași sub scoarță (heterotopie în bandă).
• Adolescent sau adult cu crize epileptice, la care RMN-ul a găsit noduli de neuroni rămași pe pereții cavităților din interiorul creierului (heterotopie periventriculară nodulară).
• Copil cu prea multe pliuri mici pe suprafața creierului (polimicrogirie), mai ales când are și un cap mult mai mic sau mai mare decât media, trăsături particulare ale feței sau alte malformații.
• Copil cu o suprafață a creierului neregulată, „ca un pavaj” (malformație de tip cobblestone), mai ales când are și slăbiciune musculară sau malformații ale ochilor.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit, într-una dintre genele analizate, o variantă care cauzează sau probabil cauzează boala (patogenă sau probabil patogenă). În funcție de genă, rezultatul poate confirma diagnosticul sau poate arăta un risc crescut, nu o certitudine. Poate ajuta și la alegerea controalelor și a tratamentului.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o variantă care să explice semnele. Rezultatul nu exclude o cauză genetică în alte gene sau de un tip pe care testul nu îl vede și nici o cauză negenetică. Conform ACMG, la copiii cu malformații congenitale sau întârziere în dezvoltare, exomul și genomul sunt recomandate ca teste de primă sau de a doua intenție. În practica noastră, dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale. Uneori o lămurește testarea părinților sau a altor rude, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (81): caută în lista genelor
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Conform consensului Neuro-MIG (Oegema et al., 2020), variantele în mozaic (calea PI3K–AKT–mTOR, DCX, LIS1, FLNA, TUBB2B) pot scăpa secvențierii exomului cu acoperire standard, mai ales din ADN din sânge; când se suspectează un mozaic, se preferă țesutul cerebral afectat sau, în lipsa lui, saliva sau fibroblastele, cu secvențiere țintită profundă.
• Cauza principală a lisencefaliei cu agirie difuză și cortex de peste 10 mm este microdeleția 17p13.3 (LIS1), pe care exomul o vede doar în parte (CNV); deleția mai mare produce sindromul Miller-Dieker (Neuro-MIG).
• În polimicrogirie, infecția congenitală cu CMV explică 12–30% dintre cazuri, conform Neuro-MIG; la suspiciune, se caută CMV prin PCR în picătura de sânge de la screeningul neonatal (cardul Guthrie).
• În heterotopia periventriculară legată de FLNA, GeneReviews recomandă evaluare cardiologică (ecocardiografie, RMN cardiac) și evaluarea rudelor la risc, inclusiv a celor fără simptome neurologice, pentru boli structurale ale inimii și anevrisme ale aortei toracice. Majoritatea persoanelor afectate sunt femei.