Panel genetic pentru RASopatii (inclusiv sindromul Noonan)

Pe scurt

RASopatiile sunt un grup de afecțiuni genetice înrudite, cauzate de variante în genele căii de semnalizare RAS/MAPK; cea mai cunoscută este sindromul Noonan. Pot afecta inima, creșterea, trăsăturile feței și dezvoltarea; panelul caută cauza genetică atunci când medicul observă semne ce sugerează una dintre ele. Testul are două opțiuni, de 26 și de 30 de gene, iar medicul genetician o alege împreună cu tine, la consultație.

Ce analizează

Calea RAS/MAPK transmite în celule semnalele care controlează creșterea și diviziunea lor. Pentru că genele ei lucrează împreună, variantele din gene diferite cauzează sindroame cu multe trăsături comune, de aceea se analizează împreună. Pe lângă sindromul Noonan, în grup intră sindromul cardio-facio-cutanat, sindromul Costello, neurofibromatoza de tip 1 și sindromul Legius.

Ambele opțiuni citesc genele prin secvențiere de nouă generație (NGS) și caută schimbările unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme), micile fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții) și fragmentele mai mari lipsă sau în plus din gene (deleții sau duplicații, CNV). Fiecare variantă găsită se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Pentru cine este

• Copil cu stenoză de valvă pulmonară, cardiomiopatie hipertrofică sau alt defect cardiac congenital, împreună cu alte semne de mai jos.
• Copil cu statură mică și semne care pot sugera sindromul Noonan, de exemplu ochi depărtați, pleoape căzute, urechi jos implantate, gât cu pliuri laterale, torace deformat sau testicule necoborâte.
• Copil cu pete café-au-lait și alte semne, la care medicul se gândește la neurofibromatoză sau la sindromul Legius.
• Părinte cu trăsături ușoare al unui copil cu o RASopatie; dacă varianta copilului este cunoscută, părintele face doar testul țintit pentru ea.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care cauzează sau probabil cauzează boala (patogenă sau probabil patogenă); ea confirmă diagnosticul acestei afecțiuni genetice, iar controalele se adaptează genei găsite. Conform GeneReviews, la copiii cu variante în PTPN11 sau KRAS se ia în considerare, până la 5 ani, un control periodic al splinei și al hemogramei, pentru leucemia mielomonocitară juvenilă.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o variantă care să explice semnele. Conform GeneReviews, până la 20% dintre persoanele care îndeplinesc criteriile clinice ale sindromului Noonan nu au o cauză genetică identificată, așa că rezultatul nu exclude diagnosticul clinic. În practica noastră, dacă suspiciunea rămâne, următorul test pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect, așa că nu se folosește pentru decizii medicale; testarea părinților ajută adesea la lămurirea ei.

Ce nu poate detecta

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt pe lista opțiunii alese și cauzele genetice încă necunoscute;
• cromozomii lipsă sau în plus și alte modificări mari ale cromozomilor (anomaliile cromozomiale), care se caută prin cariotip convențional sau molecular;
• întinderea unei porțiuni mari lipsă (deleții) care cuprinde și gene vecine, de exemplu microdeleția din jurul genei NF1;
• uneori, o porțiune mică lipsă, de un singur exon (deleție), sau o variantă prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism);
• de obicei, cât de severe vor fi semnele: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Pentru opțiunea de 26 de gene, proba este de sânge venos, recoltat într-un centru partener, iar pentru cea de 30 de gene, un frotiu bucal (din interiorul obrazului), recoltat de medic; celelalte probe acceptate și durata fiecărei opțiuni, de la primirea probei, sunt în tabelul de mai jos. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Opțiunile testului

Ambele opțiuni sunt paneluri NGS care caută aceleași tipuri de variante și au în comun 19 gene. Conform GeneReviews, diagnosticul de sindrom Noonan se stabilește prin variante în 13 gene: opțiunea de 26 de gene nu are RASA2, iar cea de 30 de gene nu are RRAS2, așa că niciuna nu le cuprinde pe toate; când contează una dintre ele, medicul genetician alege opțiunea potrivită sau un test mai larg, de exemplu secvențierea întregului genom (WGS). Pe lângă genele RASopatiilor, opțiunile cuprind și gene ale unor boli care pot semăna cu ele și intră în diagnosticul diferențial: malformații ale vaselor de sânge, creștere excesivă, un cap mult mai mare (megalencefalie), închiderea prea timpurie a oaselor craniului (craniosinostoză) sau tumori benigne ale nervilor (schwannomatoză).

Pentru medici

Panel genetic pentru sindromul Noonan și alte RASopatii, 26 de gene

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS), panel de gene, cu analiza CNV
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV); mici inserții și deleții (indeli); variații ale numărului de copii (CNV)
• Gene (26)

  • BRAF
  • CBL
  • ERF
  • HRAS
  • KRAS
  • LZTR1
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MAP4K4
  • MAPK1
  • MRAS
  • NF1
  • NRAS
  • PPP1CB
  • PTPN11
  • RAF1
  • RIT1
  • RRAS
  • RRAS2
  • RREB1
  • SHOC2
  • SOS1
  • SOS2
  • SPRED1
  • SPRED2
  • TAB2
• Probă: sânge periferic pe EDTA (cel puțin 3 ml, cel puțin 1 ml la copii), ADN (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (conform instrucțiunilor kitului)
• Durată: 32 de zile lucrătoare

Panel genetic pentru RASopatii (inclusiv sindromul Noonan), 30 de gene

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) după îmbogățirea regiunilor de interes prin hibridizare în soluție (captură țintită); vizează toți exonii codanți (transcripte MANE și/sau canonice) și 10 perechi de baze din intronii adiacenți
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV); mici inserții și deleții (indeli), de până la 30 de perechi de baze; deleții și duplicații (CNV); cele pozitive se confirmă printr-o metodă independentă
• Gene (30)

  • AKT3
  • BRAF
  • CBL
  • CCND2
  • EPHB4
  • HRAS
  • KRAS
  • LZTR1
  • MAP2K1
  • MAP2K2
  • MRAS
  • NF1
  • NF2
  • NRAS
  • PIK3CA
  • PIK3R2
  • PPP1CB
  • PTPN11
  • RAF1
  • RASA1
  • RASA2
  • RIT1
  • RRAS
  • SASH1
  • SHOC2
  • SMARCB1
  • SOS1
  • SOS2
  • SPRED1
  • STAMBP
• Probă: frotiu bucal (recoltat de medic după instrucțiunile primite)
• Durată: 10–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Conform GeneReviews, PTPN11 explică aproximativ 50% din cazurile de sindrom Noonan, SOS1 10–13%, iar LZTR1, RAF1, RIT1, SOS2 și KRAS câteva procente fiecare; toate sunt în ambele opțiuni.
• Diagnostic diferențial: la fete, sindromul Turner poate semăna cu sindromul Noonan; se confirmă prin cariotip convențional sau molecular.
• Gene din afara RASopatiilor clasice (ClinGen; GeneReviews): AKT3, PIK3R2 și CCND2 (megalencefalie, MPPH), PIK3CA (spectrul PROS, de obicei în mozaic), EPHB4 și RASA1 (malformație capilară cu malformație arteriovenoasă; RASA1 este „Disputed” pentru sindromul Noonan), NF2 (schwannomatoză), SMARCB1 (sindromul Coffin-Siris, predispoziție la tumori rabdoide), STAMBP (microcefalie cu malformații capilare), ERF (craniosinostoză tip 4), TAB2 (malformații cardiace congenitale), SASH1 (discromatoză universală ereditară), RREB1 și MAP4K4 (fenotip asemănător RASopatiilor, descris la puține familii). Niciuna nu este o genă a sindromului Noonan.
• Raportare: opțiunea de 30 de gene raportează o VUS doar când există argumente că ar putea fi patogenă și nu raportează statutul de purtător pentru bolile recesive.