Panel genetic pentru sindromul Kabuki

Pe scurt

Testul analizează deodată 3 gene: KMT2D și KDM6A, genele sindromului Kabuki, o afecțiune genetică rară care afectează dezvoltarea, și CHD7, gena sindromului CHARGE, care îi poate semăna. Face parte din seturile de gene pentru tulburările de dezvoltare a creierului. Este pentru copiii și adulții la care se suspectează acest sindrom; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Un panel genetic analizează deodată mai multe gene care pot cauza aceleași semne sau aceeași problemă de sănătate. Secvențierea de nouă generație (NGS) citește în paralel ADN-ul acestor gene, mai ales porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii). Testul caută variantele cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Testul analizează 3 gene.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții sau deleții)
• fragmente de ADN lipsă sau în plus, de unul sau mai mulți exoni (deleții și duplicații, CNV)
• variante cunoscute care cauzează boli, din porțiunile genelor dintre exoni (variante intronice patogene)
• variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca legate de boala căutată
• în unele cazuri, variante prezente doar într-o parte dintre celule (mozaicism)

Pentru cine este

Sindromul Kabuki are câteva trăsături ale feței după care medicul se gândește la el: deschiderea ochilor alungită (fante palpebrale lungi), cu pleoapa de jos ușor întoarsă în afară spre colțul exterior, sprâncene arcuite, vârful nasului turtit și urechi mari, proeminente. Se adaugă tonus muscular scăzut (hipotonie) în primii ani, întârziere în dezvoltare, creștere mai lentă după naștere și pernuțe cărnoase la vârful degetelor, păstrate din viața intrauterină. De cele mai multe ori, modificarea genetică apare pentru prima dată la copil.

• Copil cu hipotonie și întârziere în dezvoltare, la care medicul observă aceste trăsături, uneori împreună cu o malformație a inimii sau o despicătură a palatului.
• Copil sau adult la care medicul suspectează, după semne, un sindrom Kabuki (suspiciune clinică) sau trebuie să-l deosebească de sindromul CHARGE, care îi poate semăna.
• Persoană cu o tulburare de dezvoltare a creierului, în cadrul evaluării genetice.

Terapiile (kinetoterapie, logopedie, terapie ocupațională și pentru hrănire) încep cu sau fără un diagnostic genetic, iar căutarea cauzei merge în paralel.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit, într-una dintre genele analizate, o variantă care cauzează sau probabil cauzează boala (patogenă sau probabil patogenă). În funcție de genă, rezultatul poate confirma diagnosticul sau poate arăta un risc crescut, nu o certitudine. Poate ajuta și la alegerea controalelor și a tratamentului.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o variantă care să explice semnele. Rezultatul nu exclude o cauză genetică în alte gene sau de un tip pe care testul nu îl vede și nici o cauză negenetică. Conform ACMG, la copiii cu malformații congenitale sau întârziere în dezvoltare, exomul și genomul sunt recomandate ca teste de primă sau de a doua intenție. În practica noastră, dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale. Uneori o lămurește testarea părinților sau a altor rude, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• Uneori poate scăpa o porțiune lipsă de un singur exon (deleție): analiza fragmentelor de ADN lipsă sau în plus (CNV) are o sensibilitate de peste 92% pentru delețiile de un exon și de peste 96% pentru cele de trei sau mai mulți exoni.
• La genele incluse pentru alte afecțiuni cu semne asemănătoare (diagnostic diferențial) se raportează doar variantele patogene și probabil patogene, nu și cele de semnificație incertă.
• Dacă proba nu are calitatea necesară, analiza poate eșua.

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt incluse în panel și cauzele genetice încă necunoscute;
• modificările apărute în timpul vieții doar într-un țesut, de exemplu într-o tumoră (variante somatice);
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba recomandată este de sânge, 1–2 ml, recoltat într-un tub cu anticoagulant (EDTA); se pot folosi și ADN genomic deja extras (1–2 µg), câteva picături de sânge uscate pe un card, un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului) sau salivă. Rezultatul este gata în aproximativ 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe o îmbogățire de tip exom, care acoperă toate regiunile codante și variantele intronice și intergenice descrise ca relevante pentru boală; se analizează genele panelului
• Variante raportate: variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții; deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare; variante intronice cunoscute ca patogene; variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată; mozaicism, în unele cazuri
• Gene (3)

  • CHD7
  • KDM6A
  • KMT2D
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Criteriile de consens din 2019, preluate de GeneReviews: hipotonie în copilăria mică, întârziere în dezvoltare și/sau dizabilitate intelectuală, plus trăsături dismorfice tipice (fante palpebrale lungi cu eversia treimii laterale a pleoapei inferioare și cel puțin două dintre: sprâncene arcuite și largi, cu treimea laterală rarefiată sau întreruptă; columelă scurtă cu vârf nazal deprimat; urechi mari, proeminente sau în formă de cupă; pernuțe digitale fetale persistente) sau o variantă patogenă în KMT2D sau KDM6A.
• Conform GeneReviews, KMT2D explică aproximativ 75% din cazuri, iar KDM6A 3–5%.
• CHD7 acoperă diagnosticul diferențial cu sindromul CHARGE (despicătură de palat, malformații cardiace, colobom, restricție de creștere); pernuțele digitale orientează spre sindromul Kabuki.
• După diagnostic, GeneReviews recomandă ecocardiografie cu vizualizarea arcului aortic, glicemie bazală (pentru hipoglicemie, cu evaluare pentru hiperinsulinism dacă e prezentă), ecografie renală, evaluare audiologică și oftalmologică și, la diagnostic sau la vârsta de 1 an (oricare vine mai târziu), numărul și subseturile de limfocite T și imunoglobulinele serice.