Panel genetic pentru infertilitate masculină, analiză în etape

Pe scurt

Testul caută o cauză genetică a infertilității masculine, în etape. Întâi verifică dacă lipsesc sau sunt în plus porțiuni din regiunile AZF ale cromozomului Y, importante pentru producerea spermatozoizilor (deleții și duplicații, prin MLPA), apoi analizează deodată 240 de gene (un panel genetic). Este pentru bărbații cu infertilitate și pentru cuplurile care încearcă de mult timp să obțină o sarcină; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Un panel genetic analizează deodată mai multe gene care pot cauza aceleași semne sau aceeași problemă de sănătate. Secvențierea de nouă generație (NGS) citește în paralel ADN-ul acestor gene, mai ales porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii). Testul caută variantele cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Testul analizează 240 de gene.

Ce raportează:

• porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații) în regiunile AZF ale cromozomului Y, prin MLPA (parte standard a testului)
• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții sau deleții)
• fragmente de ADN lipsă sau în plus, de unul sau mai mulți exoni (deleții și duplicații, CNV)
• variante cunoscute care cauzează boli, din porțiunile genelor dintre exoni (variante intronice patogene)
• variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca legate de boala căutată
• în unele cazuri, variante prezente doar într-o parte dintre celule (mozaicism)

Pentru cine este

Infertilitatea masculină poate avea multe cauze genetice: un cromozom X în plus (sindromul Klinefelter), porțiuni mici lipsă de pe cromozomul Y (microdeleții AZF) sau variante în gene ale producerii spermatozoizilor, ale formei și mișcării lor, ale canalelor care îi transportă ori ale semnalelor hormonale care pornesc producția. Fiecare cauză dintr-o singură genă este rară: conform Houston și colaboratorii (2021), 120 de gene au o legătură cel puțin moderată cu forme de infertilitate masculină, de aceea a doua etapă citește deodată 240 de gene din toate aceste grupe.

• Bărbat cu infertilitate la care spermograma arată lipsa spermatozoizilor sau foarte puțini spermatozoizi.
• Bărbat cu spermatozoizi care se mișcă slab sau au formă anormală la mai multe spermograme.
• Bărbat cu infertilitate care s-a născut cu testiculele necoborâte (criptorhidie) sau cu un penis foarte mic.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit, într-una dintre genele analizate, o variantă care cauzează sau probabil cauzează boala (patogenă sau probabil patogenă). În funcție de genă, rezultatul poate confirma diagnosticul sau poate arăta un risc crescut, nu o certitudine. Poate ajuta și la alegerea controalelor și a tratamentului.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o variantă care să explice situația. Rezultatul nu exclude o cauză genetică în alte gene sau de un tip pe care testul nu îl vede și nici o cauză negenetică. Pasul următor îl stabilim împreună, la consultație.
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale. Uneori o lămurește testarea părinților sau a altor rude, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• Uneori poate scăpa o porțiune lipsă de un singur exon (deleție): analiza fragmentelor de ADN lipsă sau în plus (CNV) are o sensibilitate de peste 92% pentru delețiile de un exon și de peste 96% pentru cele de trei sau mai mulți exoni.
• La genele incluse pentru alte afecțiuni cu semne asemănătoare (diagnostic diferențial) se raportează doar variantele patogene și probabil patogene, nu și cele de semnificație incertă.
• Dacă proba nu are calitatea necesară, analiza poate eșua.
• Căutarea fragmentelor de ADN lipsă sau în plus din datele de secvențiere (analiza CNV) nu detectează schimbările de poziție ale unor fragmente de cromozom fără material genetic lipsă sau în plus (rearanjamente echilibrate, de exemplu translocațiile sau inversiunile echilibrate), moștenirea ambelor copii ale unui cromozom de la același părinte (disomie uniparentală) sau modificările prezente doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut).
• Din datele de secvențiere, modificările de pe cromozomul Y și din porțiunile de la capetele cromozomilor X și Y, care au aceeași secvență pe amândoi (regiunea pseudoautozomală), nu pot fi detectate cu precizie mare.

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt incluse în panel și cauzele genetice încă necunoscute;
• modificările apărute în timpul vieții doar într-un țesut, de exemplu într-o tumoră (variante somatice);
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba recomandată este de sânge, 1–2 ml, recoltat într-un tub cu anticoagulant (EDTA); se pot folosi și ADN genomic deja extras (1–2 µg), câteva picături de sânge uscate pe un card, un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului) sau salivă. Rezultatul este gata în aproximativ 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: analiză în două etape: etapa 1, analiza delețiilor și duplicațiilor din regiunile AZF prin MLPA; etapa 2, secvențiere de nouă generație (NGS) pe o îmbogățire de tip exom, care acoperă toate regiunile codante și variantele intronice și intergenice descrise ca relevante pentru boală; se analizează genele panelului
• Variante raportate: deleții și duplicații în regiunile AZF, prin MLPA (parte standard a testului); variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții; deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare; variante intronice cunoscute ca patogene; variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată; mozaicism, în unele cazuri
• Gene (240): caută în lista genelor
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Exemple de gene ale panelului, pe grupe, cu legătură cel puțin moderată conform Houston 2021: hipogonadism hipogonadotrop și sindrom Kallmann (ANOS1, CHD7, FGFR1, KISS1R), insensibilitate parțială la androgeni (AR), absența congenitală a canalelor deferente (CFTR, ADGRG2), azoospermie neobstructivă (M1AP, STAG3, TEX11), MMAF (DNAH1, CFAP43), globozoospermie (DPY19L2) și macrozoospermie (AURKC).
• Conform Houston 2021, dintre cele 120 de gene, 68 au transmitere autozomal recesivă, 38 autozomal dominantă, 12 legată de X și 2 legată de Y.