Analiza delețiilor și duplicațiilor genelor BRCA1 și BRCA2 (cancer ereditar de sân și ovar)

Pe scurt

Testul caută, prin metoda MLPA, porțiuni ale genelor BRCA1 și BRCA2 care lipsesc sau sunt în plus (deleții și duplicații). BRCA1 și BRCA2 sunt cele mai cunoscute gene ale cancerului ereditar de sân și ovar (cancer de sân și ovarian familial). Testul completează secvențierea genelor, care poate rata acest tip de modificare, și se alege la consultația de genetică medicală.

Ce analizează

Uneori, cauza unei boli genetice nu este o „literă” schimbată în ADN, ci o porțiune a unei gene care lipsește (deleție) sau este în plus (duplicație): una sau mai multe dintre porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteină (exonii) ori gena întreagă. Testul măsoară câte copii are fiecare porțiune analizată: la cele mai multe gene sunt două, câte una de la fiecare părinte; un semnal la jumătate arată o deleție, iar unul mai mare, o duplicație. Cel mai des se folosește metoda MLPA; varianta MS-MLPA verifică în plus semnalul chimic care pornește sau oprește o genă (metilarea). Testul nu citește secvența genei literă cu literă.

Testul analizează două gene.

Ce raportează:

• porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații) ale genelor BRCA1 și BRCA2

Pentru cine este

O deleție sau o duplicație mare înseamnă că lipsește sau se repetă o porțiune întreagă dintr-o genă, de la un exon până la gena întreagă, pe una dintre cele două copii. Secvențierea caută litere schimbate în fragmente scurte de ADN și, de obicei, nu vede astfel de modificări. Conform GeneReviews, delețiile și duplicațiile reprezintă 11–13% dintre variantele patogene din BRCA1 și 2–3% dintre cele din BRCA2.

• Rudă a unei persoane la care s-a găsit o deleție sau o duplicație în BRCA1 sau BRCA2.
• Persoană cu cancer de sân sau ovarian, la care secvențierea BRCA1 și BRCA2 nu a găsit cauza, când analiza nu a inclus delețiile și duplicațiile.
• Familie cu cancer de sân la vârste tinere, cancer ovarian sau cancer de sân la un bărbat, în care testele făcute până acum nu au căutat aceste modificări.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o porțiune lipsă sau în plus (deleție sau duplicație) care afectează gena. În funcție de genă, rezultatul poate confirma un diagnostic, poate arăta statutul de purtător sau un risc crescut, nu o certitudine.
• Negativ: nu s-a găsit o deleție sau o duplicație în porțiunile analizate. Rezultatul nu exclude variantele mici din aceeași genă, care se caută prin secvențiere, și nici o cauză în alte gene. Dacă suspiciunea de cancer ereditar rămâne, în practica noastră discutăm la consultație secvențierea întregului genom (WGS).
• Rezultat de confirmat: o modificare văzută la o singură porțiune poate fi cauzată de o variantă mică aflată chiar în locul în care se leagă fragmentul de ADN folosit de test (sonda); de aceea, se verifică printr-o altă metodă.

Ce nu poate detecta

• Testul poate să nu dea un rezultat concludent despre variantele din genele analizate (genotip).
• Pentru unele variante găsite, nu se știe încă dacă au vreun efect (semnificație incertă).
• Unele variante legate de o boală pot rămâne neidentificate, din cauza limitelor actuale ale tehnologiilor de testare genetică și ale cunoștințelor medicale.
• Un rezultat fără variantă relevantă nu exclude o boală genetică sau o predispoziție la ea.

Ca orice analiză a fragmentelor de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații), testul nu poate arăta:

• variantele mici, de exemplu schimbarea unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) sau mici fragmente în plus sau lipsă (inserții și deleții mici);
• fragmentele de ADN care și-au schimbat locul sau orientarea, fără să lipsească sau să fie în plus (rearanjamentele echilibrate, cum sunt inversiunile sau translocațiile), pentru că numărul de copii rămâne același;
• modificările din genele sau porțiunile neanalizate;
• de obicei, o modificare prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism).

Cum se face

Proba este de sânge din venă (sânge periferic), cel puțin 3 ml (cel puțin 1 ml la copii), recoltat într-un tub cu anticoagulant (EDTA); se acceptă și ADN extras (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului) sau salivă, recoltate după instrucțiunile kitului. Rezultatul este gata în aproximativ 21 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: MLPA
• Variante raportate: deleții și duplicații ale genelor BRCA1 și BRCA2
• Gene (2)

  • BRCA1
  • BRCA2
• Probă: sânge periferic recoltat pe EDTA, cel puțin 3 ml (cel puțin 1 ml la copii); se acceptă și ADN extras (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (după instrucțiunile kitului)
• Durată: 21 de zile lucrătoare