Panel genetic pentru afecțiuni retiniene cu pete (flecked retina)

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile moștenite ale retinei în care la examinarea fundului de ochi se văd pete, puncte sau cristale mici (afecțiuni retiniene cu pete, „flecked retina”). Cuprinde toate cele 16 gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții cu astfel de pete pe retină, cu sau fără probleme de vedere; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 16 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• vedere slabă pe întuneric din copilărie, cu puncte albe pe retină;
• scăderea vederii centrale în copilărie sau la tinerețe, cu pete galbene în jurul zonei centrale a retinei (macula);
• cristale mici pe retină și vedere slabă pe întuneric, apărute în adolescență sau între 20 și 30 de ani;
• băiat sau bărbat cu vedere slabă pe întuneric și câmp vizual îngustat, cu rude afectate pe linia mamei;
• miopie din copilărie, vedere slabă pe întuneric și ornitină crescută în sânge;
• pete pe retină descoperite întâmplător, a căror origine merită lămurită.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică semnele; rezultatul poate confirma diagnosticul și modul de moștenire și ajută la deosebirea formelor care rămân stabile de cele care avansează. Multe dintre aceste boli sunt recesive, cu un risc de 25% la fiecare sarcină pentru părinții purtători. Coroideremia se moștenește legat de cromozomul X și afectează mai ales bărbații.
• Tratament: pentru pierderea vederii cauzată de variante în ambele copii ale genei RPE65 există o terapie genică, aprobată în Uniunea Europeană pentru persoanele care mai au suficiente celule ale retinei funcționale; pentru formele cu puncte albe nu există încă date despre acest tratament. În atrofia girată, o dietă săracă în arginină poate încetini pierderea vederii, fără să o oprească.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude o boală ereditară a retinei. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește singură pentru decizii; testarea părinților ajută la interpretarea ei.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (16)

  • ABCA4
  • CHM
  • CYP4V2
  • EFEMP1
  • ELOVL4
  • KCNJ13
  • LRAT
  • OAT
  • PLA2G5
  • PRPH2
  • RDH5
  • RHO
  • RLBP1
  • RPE65
  • TEAD1
  • VPS13B
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• RPE65: conform GeneReviews, terapia de suplimentare genică subretiniană (voretigen neparvovec) se adresează persoanelor între 12 luni și 65 de ani cu degenerescență retiniană asociată variantelor bialelice RPE65. Indicația EMA (2018): pierderea vederii prin distrofie retiniană ereditară cu variante bialelice RPE65 confirmate și celule retiniene viabile suficiente, fără restricție de fenotip; pentru formele cu aspect de fundus albipunctatus nu există publicații despre tratament.
• Fundus albipunctatus: RDH5 este cauza principală, RPE65 și RLBP1 sunt cauze rare (MedlinePlus Genetics); boala nu progresează de obicei, dar unele persoane dezvoltă degenerescență maculară.
• Coroideremia: conform GeneReviews, femeile purtătoare au semne de degenerescență corioretiniană vizibile la autofluorescența fundului de ochi.
• Atrofia girată (OAT): dieta cu restricție de arginină a încetinit pierderea vederii în studii observaționale (Kaiser-Kupfer 2004: 27 de pacienți, urmăriți în medie 14 ani); forma care răspunde la piridoxină (vitamina B6) apare la o minoritate și depinde de variantă (Balfoort 2021, fără studii randomizate).
• VPS13B cauzează sindromul Cohen, cu dizabilitate intelectuală, neutropenie și distrofie retiniană; EFEMP1, distrofia „în fagure” cu drusen (Doyne).