Panel genetic pentru glicogenoze

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile moștenite în care organismul nu poate stoca sau folosi corect glicogenul, rezerva de zahăr din ficat și din mușchi (glicogenoze). Cuprinde toate cele 24 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și adulții cu ficat mărit și hipoglicemii, cu slăbiciune musculară sau oboseală rapidă la efort ori cu inima mărită; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 24 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• copil cu ficat mărit, zahăr scăzut în sânge (hipoglicemie) după câteva ore fără mâncare, enzimele ficatului (transaminazele) sau grăsimile din sânge (lipidele) crescute ori creștere încetinită;
• sugar cu tonus muscular scăzut (hipotonie), slăbiciune musculară și inimă mărită;
• adolescent sau adult cu oboseală rapidă, crampe sau urină închisă la culoare după efort, ori cu slăbiciune musculară care progresează lent;
• copil sau tânăr cu mușchiul inimii îngroșat (cardiomiopatie hipertrofică) și tulburări de ritm, mai ales cu slăbiciune musculară;
• copil cu vărsături și hipoglicemie după ce începe să mănânce fructe sau dulciuri;
• frate sau soră cu semne asemănătoare a unui copil cu glicogenoză.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv. Rezultatul numește tipul de glicogenoză, iar tipul orientează tratamentul: mese dese și amidon de porumb crud în formele hepatice, terapie de substituție enzimatică în boala Pompe, adaptarea efortului în formele musculare. Conform GeneReviews, la sugarii cu boala Pompe la care terapia enzimatică începe înainte de 6 luni, supraviețuirea și dezvoltarea motorie sunt mai bune.
• O singură variantă. Într-o boală recesivă arată de obicei statutul de purtător. Într-o genă de pe cromozomul X sau în PRKAG2, o singură variantă poate explica boala.
• Negativ. Nu exclude o glicogenoză sau o altă boală metabolică. Dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS). Nu se știe încă dacă modificarea cauzează boala; măsurarea activității enzimei poate lămuri situația.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (24)

  • AGL
  • ALDOA
  • ALDOB
  • ENO3
  • FBP1
  • G6PC1
  • GAA
  • GBE1
  • GYG1
  • GYS1
  • GYS2
  • LAMP2
  • LDHA
  • PFKM
  • PGAM2
  • PHKA1
  • PHKA2
  • PHKB
  • PHKG2
  • PRKAG2
  • PYGL
  • PYGM
  • SLC2A2
  • SLC37A4
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• ALDOB și FBP1 (intoleranța ereditară la fructoză și deficitul de fructozo-1,6-bisfosfatază) nu sunt glicogenoze, dar au un tablou asemănător. La suspiciunea de intoleranță la fructoză, conform GeneReviews, testul de încărcare cu fructoză nu se mai face, pentru că este periculos.