Panel genetic pentru hemocromatoză cu debut precoce și supraîncărcare primară cu fier

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru acumularea moștenită de fier în organism care începe devreme (hemocromatoză cu debut precoce) și pentru celelalte forme moștenite de fier în exces (supraîncărcare primară cu fier). Cuprinde toate cele 8 gene cunoscute pentru aceste afecțiuni; forma legată de gena HFE nu se analizează aici. Este pentru tinerii cu fier în exces și pentru adulții la care analiza HFE nu explică supraîncărcarea; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 8 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• tânăr cu fierul de rezervă (feritina) și saturația transferinei crescute, cu semne ca boală de ficat, menstruație oprită, funcție scăzută a glandelor sexuale (hipogonadism) sau afectarea inimii;
• adult cu supraîncărcare cu fier confirmată, la care analiza genei HFE nu a arătat varianta p.C282Y pe ambele copii ale genei (forma homozigotă);
• feritină foarte mare cu saturația transferinei normală sau scăzută, fără inflamație, boală de ficat sau transfuzii care să o explice;
• anemie cu feritină mare, la care se adaugă diabet sau tulburări de mișcare;
• rudă de gradul întâi a unei persoane cu hemocromatoză care nu ține de gena HFE (non-HFE), când persoana afectată nu poate fi testată.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv. Variantele găsite explică supraîncărcarea: două variante în aceeași genă pentru formele recesive, una singură pentru cele legate de SLC40A1. Rezultatul numește boala, orientează urmărirea organelor și arată ce rude pot fi testate. Potrivit GeneReviews, în hemocromatoza juvenilă descoperită devreme, scoaterea periodică a unei cantități de sânge (flebotomiile regulate) reduce mult complicațiile.
• O singură variantă într-o genă recesivă. Arată de obicei statutul de purtător.
• Negativ. Nu exclude o hemocromatoză. Forma legată de gena HFE nu se analizează aici; dacă analiza HFE nu s-a făcut încă, o discutăm la consultație.
• Variantă de semnificație incertă (VUS). Nu se știe încă dacă modificarea cauzează boala; testarea rudelor poate ajuta la clarificare.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (8)

  • BMP6
  • CP
  • HAMP
  • HJV
  • SLC11A2
  • SLC40A1
  • TF
  • TFR2
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• EASL (2022): la persoanele de origine nord-europeană, genotiparea HFE (p.C282Y) este primul test genetic; analiza genelor non-HFE urmează la adultul cu supraîncărcare cu fier neexplicată de HFE și se poate face direct la tânărul cu manifestări de hemocromatoză.
• La persoanele de altă origine decât europeană, EASL propune secvențierea directă a genelor HFE și non-HFE. Genele interpretate aici nu includ HFE, așa că în această situație se alege la consultație un test care include și HFE.