Profil genomic tumoral pe țesut prin secvențierea exomului (WES)

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele din ADN-ul tumorii (exomul) și le compară cu ADN-ul tău normal, din salivă sau sânge. Caută modificările care pot orienta tratamentul unui cancer: ținte pentru medicamente, biomarkeri pentru imunoterapie și variante moștenite care contează și pentru familie. Se alege împreună cu medicul oncolog, la consultația de genetică medicală.

Ce analizează

Un cancer apare când în celulele unui țesut se adună modificări ale ADN-ului. Cele mai multe există doar în tumoră; altele sunt moștenite și se găsesc în toate celulele corpului. Ca să le despartă, testul analizează în paralel ADN-ul tumorii și ADN-ul normal.

Prin secvențiere de nouă generație (NGS), testul citește exomul, adică regiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine, din aproximativ 19.400 de gene. Pentru 648 de gene importante în cancer, citirea este mai profundă, ca să prindă și modificările prezente doar într-o parte dintre celulele tumorale. Testul caută:

• variante punctiforme și mici inserții sau deleții;
• creșteri ale numărului de copii ale unor gene (amplificări), de exemplu amplificarea HER2;
• încărcătura mutațională tumorală (TMB), adică numărul de mutații din tumoră, un biomarker folosit la alegerea imunoterapiei.

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată sau metastatică, pentru care medicul oncolog caută o țintă de tratament;
• cancer rar sau cu punct de plecare necunoscut;
• tratamentele standard au fost deja folosite și urmează discuția despre studiile clinice;
• tumoră la care un panel genetic nu a găsit o țintă, iar întrebarea rămasă cere o analiză mai largă.

Conform ESMO (2024), profilarea tumorii prin NGS este recomandată în mai multe cancere avansate și pentru modificările care au un tratament aprobat indiferent de organul afectat. Alegerea între exom și un panel mare se face la consultație.

Ce poate arăta rezultatul

• Modificări cu relevanță pentru tratament: variante pentru care există medicamente aprobate în tipul tău de cancer, în alte cancere sau în studii clinice. Decizia de tratament rămâne la medicul oncolog.
• TMB: o valoare ridicată poate susține discuția despre imunoterapie.
• Variante moștenite: dacă alegi asta la consimțământ, după discuția cu medicul genetician, se raportează variantele patogene, probabil patogene sau alelele de risc dintr-un set limitat de gene, legate de sindroame ereditare de cancer și de alte boli pentru care ACMG recomandă raportarea descoperirilor secundare. Ele contează și pentru rude și se confirmă printr-un test germinal dedicat.
• Variante cu semnificație incertă (VUS): exomul găsește multe; singure, nu schimbă tratamentul.
• Nicio țintă de tratament în datele analizate.

Ce nu poate detecta

• modificările dintr-o probă cu prea puține celule tumorale: testul cere ca cel puțin 40% din proba analizată să fie tumoră;
• variantele prezente în mai puțin de 10% din ADN-ul tumoral citit (limita de detecție, exprimată ca fracție alelică);
• fuziunile de gene, care se văd mai bine la analiza ARN-ului tumoral;
• modificările din regiunile care nu conțin instrucțiuni pentru proteine și o parte dintre rearanjamentele mari;
• o evaluare completă a predispoziției ereditare: variantele moștenite se caută doar într-un set limitat de gene, iar delețiile sau duplicațiile de exoni pot scăpa;
• schimbările apărute în tumoră după data biopsiei.

Cum se face

Proba principală este blocul de parafină (FFPE) dintr-o biopsie sau o operație, împreună cu buletinul histopatologic. Pentru ADN-ul normal se recoltează salivă sau sânge. Testul are nevoie de un formular de consimțământ semnat, pe care îl completăm împreună la consultație. Rezultatul vine, de obicei, în 14 zile lucrătoare de la primirea probelor. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului exom prin captură hibridă (19.433 de gene, circa 34 Mb), pe țesut tumoral FFPE comparat cu o probă normală; în regiunea îmbunătățită de 648 de gene, acoperire de 500x pe tumoră și 150x pe normal, în rest 250x pe tumoră și 150x pe normal
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV) și mici inserții sau deleții (indel), somatice și germinale descoperite incidental; câștiguri ale numărului de copii (CNG); încărcătura mutațională tumorală (TMB); variante somatice potențial acționabile, biologic relevante și de semnificație incertă (VUS); variantele benigne nu se raportează; variante germinale descoperite incidental (patogene, probabil patogene sau alele de risc), în gene asociate sindroamelor ereditare de cancer și în gene recomandate de ACMG, raportate cu acordul pacientului; prin semnarea consimțământului internațional, pacientul acceptă să primească descoperirile incidentale
• Probă: țesut tumoral fixat în formol și inclus în parafină (FFPE), cu cel puțin 40% celule tumorale după macrodisecție, plus o probă normală de sânge sau salivă
• Durată: 14 zile lucrătoare