Profil de ARN tumoral pe țesut (fuziuni și expresie genică)

Pe scurt

Testul citește ARN-ul din țesutul tumoral, adică mesajele prin care genele tumorii își transmit instrucțiunile. Așa găsește fuziunile de gene și unele modificări în felul în care se asamblează aceste mesaje, care pot fi ținte pentru tratamente țintite. Se adresează persoanelor cu o tumoră solidă la care se caută o țintă de tratament, de obicei alături de un test pe ADN, și se alege la consultația de genetică medicală.

Ce analizează

ADN-ul este manualul complet al celulei, iar ARN-ul este copia de lucru a paginilor folosite efectiv. În unele tumori, două gene se rup și se lipesc greșit, iar celula produce o proteină hibrid, numită fuziune, care stimulează creșterea în permanență. Exemple cunoscute sunt fuziunile ALK, ROS1, RET și NTRK, pentru care există medicamente țintite.

Testul secvențiază întregul transcriptom, adică ARN-ul din aproximativ 19.400 de gene, și caută:

• fuziunile din peste 100 de gene țintite, dar și fuziuni cu parteneri neașteptați;
• două modificări de asamblare a mesajului (splicing): pierderea exonului 14 din gena MET și varianta EGFRvIII.

O fuziune se vede adesea mai ușor în ARN decât în ADN. În ARN, porțiunile lungi dintre exoni (intronii) au fost deja îndepărtate, iar punctul de unire dintre cele două gene apare direct.

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată la care un test pe ADN nu a găsit o țintă de tratament;
• cancer pulmonar fără celule mici, la care se caută fuziunile ALK, ROS1, RET sau NTRK ori pierderea exonului 14 din MET;
• sarcom sau altă tumoră rară, unde o fuziune poate ajuta și la încadrarea diagnosticului;
• tumoră la care un test anterior a sugerat o fuziune care trebuie confirmată.

Ce poate arăta rezultatul

• Fuziune cu tratament țintit: de exemplu o fuziune RET sau ALK, cu medicamente aprobate în tipul tău de cancer sau în alte cancere ori cu studii clinice.
• Pierderea exonului 14 din MET sau varianta EGFRvIII: modificări care pot orienta tratamentul sau includerea într-un studiu clinic.
• Fuziune fără tratament cunoscut: poate avea totuși valoare pentru diagnostic sau pentru estimarea evoluției (prognostic).
• Nicio fuziune găsită în ARN-ul analizat.

Decizia de tratament o ia medicul oncolog, pe baza întregului tablou: tipul tumorii, stadiul, tratamentele de până acum și celelalte analize.

Ce nu poate detecta

• mutațiile punctiforme, amplificările și biomarkeri ca TMB sau MSI, care se analizează pe ADN;
• fuziunile din gene care nu sunt active în țesutul analizat;
• fuziunile dintr-o probă cu sub 20% celule tumorale sau cu ARN prea degradat; fixarea în formol poate afecta calitatea ARN-ului;
• variantele moștenite: testul nu analizează ADN-ul normal.

Cum se face

Proba este blocul de parafină (FFPE) dintr-o biopsie sau o operație, cu cel puțin 20% celule tumorale, sau secțiuni din el, împreună cu buletinul histopatologic. Nu e nevoie de o probă de sânge. Testul are nevoie de un formular de consimțământ semnat, pe care îl completăm la consultație. Rezultatul vine, de obicei, în 14 zile lucrătoare de la primirea probei. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea ARN a întregului transcriptom, cu sonde de captură pe exom (19.433 de gene, 34 Mb) și sonde suplimentare pentru regiunile țintă; cel puțin 50 de milioane de citiri unice pe proba tumorală; fuziunile se identifică din citirile care traversează punctul de fuziune și din perechile de citiri separate
• Variante raportate: fuziuni relevante clinic, apărute prin rearanjamente genice, în peste 100 de gene țintite (de exemplu ALK, RET, ROS1, NTRK1/2/3, FGFR1/2/3, NRG1, BRAF, EWSR1, ESR1-CCDC170, MYB-NFIB, PML-RARA, BCR-ABL); fuziuni exprimate din gene care nu sunt țintite specific; splicing alterat MET exon 14 și EGFRvIII; alterații potențial acționabile și biologic relevante
• Probă: țesut tumoral fixat în formol și inclus în parafină (FFPE), cu cel puțin 20% celule tumorale după macrodisecție
• Durată: 14 zile lucrătoare

Context clinic

• Conform analizei lui Hsiao și colaboratorii (J Mol Diagn 2019), secvențierea ARN prinde fuziuni NTRK2 și NTRK3 pe care testele pe ADN le pot rata, din cauza intronilor lungi.