Profil genomic tumoral pe țesut

Pe scurt

Testul face un profil genetic amplu al tumorii: citește peste 700 de gene din țesutul tumoral păstrat în parafină și le compară cu ADN-ul tău normal, dintr-o probă de sânge. Se poate face pentru orice tumoră solidă, indiferent de stadiu sau de organul de origine, când se caută un tratament țintit sau o imunoterapie. Se alege împreună cu medicul oncolog și cu medicul genetician.

Ce analizează

Prin secvențiere de nouă generație (NGS), testul citește peste 700 de gene asociate cu cancerul, din ADN-ul tumorii. Caută variante punctiforme și mici inserții sau deleții, amplificări puternice și pierderi complete ale unor gene, precum și peste 30 de fuziuni de gene relevante pentru tratament. Calculează și biomarkeri folosiți la alegerea tratamentului: câte mutații are tumora (încărcătura mutațională tumorală, TMB), dacă tumora își mai corectează greșelile de copiere a ADN-ului (instabilitatea microsateliților, MSI) și dacă unul dintre mecanismele de reparare a ADN-ului e slăbit (deficiența recombinării omoloage, HRD). Caută și semne de infecție în tumoră, de exemplu cu HPV, EBV sau Helicobacter pylori.

ADN-ul normal, din sânge, se analizează în paralel. Comparația arată ce modificări aparțin doar tumorii și ce variante sunt moștenite. Variantele moștenite cu importanță medicală se raportează, în afară de cazul în care alegi să nu le primești. Din aceeași probă de sânge, raportul adaugă câteva variante farmacogenetice, care pot influența doza unor medicamente.

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată sau răspândită în alte organe (metastatică), pentru care se caută o țintă de tratament;
• tumoră rară sau cu punct de plecare necunoscut, pentru care ghidurile oferă puține opțiuni;
• tratamentele standard au fost deja folosite și urmează discuția despre studiile clinice;
• evaluare pentru imunoterapie, când oncologul are nevoie de TMB sau de MSI;
• istoric personal sau familial care ridică și întrebarea unei predispoziții moștenite.

Conform recomandărilor ESMO din 2024, secvențierea tumorii este recomandată în mai multe cancere avansate, în unele tumori rare și în cancerul cu punct de plecare necunoscut.

Ce poate arăta rezultatul

• Modificări cu relevanță pentru tratament, cu medicamentele aprobate pentru tipul tău de cancer, cele aprobate în alte cancere și studiile clinice. Decizia rămâne la medicul oncolog.
• Biomarkeri, ca un TMB ridicat sau MSI, folosiți în discuția despre imunoterapie, ori un scor HRD, care poate conta pentru un tratament țintit.
• Variante moștenite în gene de predispoziție la cancer. Ele contează și pentru rude; la consultație discutăm ce înseamnă și cum se pot testa membrii familiei.
• Variante farmacogenetice, utile la alegerea dozei unor medicamente.
• Variante cu semnificație incertă (VUS), al căror rol nu se cunoaște încă și care, singure, nu schimbă tratamentul.
• Nicio țintă de tratament în genele analizate.

Ce nu poate detecta

• modificările dintr-o probă cu sub 20% celule tumorale sau de calitate slabă: rezultatul poate fi incomplet sau analiza poate eșua;
• fuziunile și alte variante structurale din afara regiunilor selectate; pentru fuziuni se poate adăuga analiza pe ARN;
• unele modificări ale numărului de copii ale genelor, pentru că analiza lor din datele de secvențiere este mai puțin sensibilă decât o metodă de cuantificare directă;
• un statut MSI sigur: estimarea din datele de secvențiere nu înlocuiește un test MSI validat;
• un diagnostic complet al predispoziției ereditare: raportul somatic nu înlocuiește un test germinal dedicat, iar lipsa unei variante moștenite în raport nu o exclude.

Cum se face

Proba de țesut este blocul de parafină dintr-o biopsie sau dintr-o operație, cu cel puțin 20% celule tumorale. Separat se recoltează o probă mică de sânge (1–2 ml, pe EDTA), într-un centru partener, pentru ADN-ul normal; după un transplant de celule stem, în locul sângelui se trimite o probă de salivă. Medicul genetician îți cere buletinul histopatologic și lista tratamentelor primite. Durata ți-o comunicăm la consultație. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) a peste 700 de gene, după îmbogățirea prin hibridizare în soluție a regiunilor codante, a regiunilor intronice adiacente și a altor regiuni necodante relevante, cu o acoperire medie de 500–1.000x; ADN-ul tumoral este secvențiat întotdeauna împreună cu ADN-ul normal al pacientului, de obicei din sânge
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV) și mici inserții sau deleții, evaluate de la o frecvență alelică de 5% în tumoră (variantele hotspot cunoscute, de la 2%); variații ale numărului de copii (CNV), dintre care se raportează amplificările puternice (cel puțin 5 copii) și delețiile homozigote; translocații și alte variante structurale, inclusiv fuziuni, în gene selectate; încărcătura mutațională tumorală (TMB), considerată ridicată de la 10 mutații pe megabază; instabilitatea microsateliților (MSI), estimată din datele de secvențiere; scorul de deficiență a recombinării omoloage (HRD); infecții în tumoră cu HPV, EBV, MCV, CMV, Helicobacter pylori și HBV; variante moștenite (germinale) relevante clinic în gene selectate, adică cele cu relevanță pentru tratament și cele patogene sau probabil patogene, raportate dacă pacientul nu refuză explicit; variante germinale farmacogenetice selectate, necesare pentru ajustarea dozei unor medicamente; variante de hematopoieză clonală de potențial nedeterminat (CHIP), raportate ca descoperire incidentală; tipizarea HLA de clasă I și II, din ADN-ul normal
• Gene (781): caută în lista genelor
• Probă: țesut tumoral cu cel puțin 20% celule tumorale (bloc FFPE de minimum 5 × 5 × 5 mm, proba recomandată, sau cel puțin 10 secțiuni FFPE nevopsite, ADN tumoral izolat peste 200 ng ori țesut tumoral congelat) și, pentru ADN-ul normal, sânge pe EDTA 1–2 ml (proba recomandată) sau ADN genomic 1–2 µg; după un transplant de celule stem, în loc de sânge se trimite salivă
• Durată: se comunică la consultație

Context clinic

• Scorul HRD poate conta pentru indicația inhibitorilor PARP.