Profil genomic tumoral complet pe țesut (ADN și ARN)

Pe scurt

Testul face un profil genetic amplu al tumorii, din același bloc de țesut: citește 648 de gene din ADN-ul tumoral, le compară cu ADN-ul tău normal, din sânge sau salivă, și analizează ARN-ul tumorii pentru fuziuni de gene. Se adresează persoanelor cu o tumoră solidă avansată, la care se caută opțiuni de tratament țintit, de imunoterapie sau studii clinice. Se alege împreună cu medicul oncolog și cu medicul genetician.

Ce analizează

Modificările care fac o tumoră să crească sunt de mai multe feluri, iar fiecare se vede cel mai bine cu altă metodă. De aceea testul are două părți.

Partea pe ADN citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) 648 de gene asociate cu cancerul. Caută variante punctiforme și mici inserții sau deleții, modificări ale numărului de copii (amplificări și pierderi) și rearanjamente în 22 de gene. Calculează și doi biomarkeri folosiți la alegerea imunoterapiei: câte mutații are tumora (încărcătura mutațională tumorală, TMB) și dacă tumora își mai corectează greșelile de copiere a ADN-ului (instabilitatea microsateliților, MSI). ADN-ul normal arată ce modificări sunt moștenite, ca să nu fie confundate cu ale tumorii.

Partea pe ARN citește întregul transcriptom, adică mesajele produse de genele tumorii. Aici se văd cel mai bine fuziunile de gene, de exemplu ALK, RET, ROS1 sau NTRK, și două modificări în felul în care se asamblează mesajul: pierderea exonului 14 din gena MET și varianta EGFRvIII.

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată sau răspândită în alte organe (metastatică), pentru care se caută o țintă de tratament;
• cancer avansat pentru care, conform ESMO, se recomandă profilarea prin NGS: pulmonar nescuamos fără celule mici, de prostată, colorectal, ovarian, de sân sau colangiocarcinom;
• tumoră rară (sarcom, GIST, cancer tiroidian) sau cancer cu punct de plecare necunoscut;
• tratamentele standard au fost deja folosite și urmează discuția despre studiile clinice.

Ce poate arăta rezultatul

• Modificări cu relevanță pentru tratament, cu medicamentele aprobate pentru tipul tău de cancer, cele aprobate în alte cancere și studiile clinice potrivite.
• Biomarkeri pentru imunoterapie: un TMB ridicat sau instabilitate a microsateliților.
• Fuziuni sau modificări de splicing găsite în ARN.
• Variante moștenite în gene de predispoziție la cancer, raportate dacă alegi asta la consimțământ, după discuția cu medicul genetician. Ele contează și pentru rude; la consultație discutăm confirmarea printr-un test germinal dedicat și testarea familiei.
• Variante cu semnificație incertă (VUS), al căror rol nu se cunoaște încă și care, singure, nu schimbă tratamentul.
• Nicio țintă de tratament în genele analizate.

Decizia de tratament rămâne la medicul oncolog.

Ce nu poate detecta

• modificările dintr-o probă cu sub 20% celule tumorale (sub 30% pentru MSI);
• variantele prezente în mai puțin de 5% din ADN-ul tumoral citit (limita de detecție, exprimată ca fracție alelică);
• genele din afara celor 648, pentru partea pe ADN;
• o evaluare completă a predispoziției ereditare: analiza germinală acoperă 65 de gene, iar delețiile sau duplicațiile de exoni pot scăpa;
• schimbările apărute în tumoră după biopsie, mai ales după tratamente;
• boala minimă reziduală: testul nu este făcut pentru urmărirea după tratament.

Cum se face

Proba de țesut este blocul de parafină (FFPE) dintr-o biopsie sau o operație, cu cel puțin 20% celule tumorale. Pentru ADN-ul normal se recoltează sânge, în două tuburi, sau salivă. Medicul genetician îți cere înainte buletinul histopatologic și lista tratamentelor primite, iar formularul de consimțământ al testului îl completăm la consultație. Dacă țesutul nu ajunge, analiza pe ADN se poate face dintr-o probă de sânge (biopsie lichidă), după ce discutăm cu tine. Rezultatul vine, de obicei, în 14 zile lucrătoare de la primirea probelor. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) cu captură hibridă pe ADN: 648 de gene (circa 3,6 Mb) din țesutul tumoral, comparat cu o probă normală de sânge sau salivă, cu acoperire de 500x pe tumoră și 150x pe normal; plus secvențierea ARN a întregului transcriptom din tumoră
• Variante raportate: pe ADN, variante punctiforme (SNV), mici inserții și deleții (indel) și variații ale numărului de copii (CNV), în toate cele 648 de gene; rearanjamente detectate pe ADN în 22 de gene: ABL1, ALK, BCR, BRAF, EGFR, ETV6, EWSR1, FGFR2, FGFR3, MYB, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX8, PDGFRA, PML, RARA, RET, ROS1, TFE3, TMPRSS2; regiunile promotoare ale genelor TERT și PMS2; instabilitatea microsateliților (MSI), din 239 de situsuri; încărcătura mutațională tumorală (TMB); pe ARN, fuziuni în peste 100 de gene țintite și fuziuni din gene neținte, plus splicing alterat MET exon 14 și EGFRvIII; variante somatice potențial acționabile, biologic relevante și de semnificație incertă (VUS); variantele benigne nu se raportează; variante germinale descoperite incidental (patogene, probabil patogene sau alele de risc) în 65 de gene asociate sindroamelor ereditare de cancer, raportate cu acordul pacientului; prin semnarea consimțământului internațional, pacientul acceptă să primească descoperirile incidentale
• Gene (648): caută în lista genelor
• Probă: țesut tumoral fixat 6–72 de ore în formol tamponat neutru 10% și inclus în parafină (FFPE), decalcifiat doar cu EDTA, cu cel puțin 20% celule tumorale, plus o probă normală de sânge periferic, în 2 tuburi de câte 8,5 ml (tub special pentru ADN liber circulant, preferat, sau EDTA), ori de salivă
• Durată: 14 zile lucrătoare

Context clinic

• Când MSI iese la limită, se recomandă confirmarea prin imunohistochimie pentru proteinele MMR.
• Variantele germinale raportate se confirmă printr-un test germinal dedicat. Conform ESMO PMWG 2023 (Kuzbari), verificarea germinală se recomandă indiferent de tipul tumorii pentru BRCA1, BRCA2, PALB2, MLH1, MSH2, MSH6 și RET.
• Față de exomul tumoral (HT-0230), care citește pe ADN circa 19.400 de gene, testul se limitează la 648 de gene, dar adaugă analiza ARN pentru fuziuni; alegerea se face la consultație.