Detecția fuziunilor genice pe ARN din țesut tumoral

Pe scurt

Testul caută, în ARN-ul extras din țesutul tumoral, fuziunile de gene: lipituri între două gene care, în mod normal, sunt separate. Unele fuziuni au tratament țintit aprobat, altele confirmă tipul exact al tumorii. Se alege împreună cu medicul oncolog și cu medicul genetician, de obicei când analiza ADN-ului nu a găsit o țintă.

Ce analizează

O fuziune apare când o porțiune de cromozom se rupe și se lipește de altă genă. Noua genă „hibridă” poate produce o proteină care ține permanent pornit semnalul de creștere al celulei. Fuziunile ALK, ROS1, RET și NTRK sunt exemple cunoscute, cu medicamente care le țintesc.

Testul citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) ARN-ul tumorii, adică mesajele pe care celula le copiază după gene. O fuziune se vede direct în ARN, ca un mesaj care unește două gene, oriunde ar fi punctul de ruptură în ADN. Analiza cuprinde peste 200 de gene și găsește atât fuziuni cunoscute, cât și parteneri noi. Vede și alte modificări ale mesajului, ca saltul exonului 14 din gena MET și unele deleții ale genei EGFR (de exemplu EGFRvIII). Caută, în plus, semne de infecție în tumoră cu unele virusuri (de exemplu HPV sau EBV) și cu Helicobacter pylori.

Pentru cine este

• cancer pulmonar fără celule mici avansat, la care analiza ADN-ului nu a găsit o țintă de tratament;
• tumoră solidă avansată fără opțiuni standard, când se caută o fuziune NTRK, RET sau de alt tip, cu tratament aprobat indiferent de organul de origine;
• cancer pancreatic, colorectal sau tiroidian fără mutațiile obișnuite, când oncologul suspectează o fuziune;
• sarcom sau tumoră pediatrică, când o fuziune poate confirma diagnosticul exact;
• tumoră cerebrală, când o fuziune ajută la încadrare (de exemplu KIAA1549-BRAF).

Ce poate arăta rezultatul

• O fuziune cu tratament aprobat. De exemplu, conform EMA, există tratamente țintite pentru tumorile solide cu fuziune NTRK, local avansate sau metastatice, fără alte opțiuni satisfăcătoare, și pentru tumorile avansate cu fuziune RET, între care cele pulmonare și tiroidiene.
• O fuziune cu rol de diagnostic, care confirmă tipul tumorii, frecvent în sarcoame.
• O fuziune nouă sau rară, cu semnificație încă incertă; medicul o interpretează împreună cu restul rezultatelor.
• Saltul exonului 14 din MET sau o deleție EGFR, cu relevanță pentru tratament.
• Nicio fuziune în genele analizate.

Ce nu poate detecta

• alte tipuri de modificări decât fuziunile și modificările mesajului ARN enumerate mai sus (variante de transcript), de exemplu mutațiile punctiforme sau amplificările genelor, care se caută prin analiza ADN-ului tumorii;
• fuziunile din gene care nu sunt în lista analizată; în rest, sensibilitatea depinde de proporția de celule tumorale, de calitatea probei și de cantitatea de ARN citit;
• modificările dintr-o probă cu sub 20% celule tumorale sau cu material deteriorat la fixarea țesutului, care poate să nu fie potrivită pentru analiză;
• semnificația sigură a unor fuziuni rare: pentru unele, datele de acum nu permit confirmarea sau excluderea relevanței lor.

Cum se face

Nu e nevoie de o recoltare nouă: se folosește blocul de parafină din biopsie sau din operație, păstrat de serviciul de anatomie patologică, ori cel puțin 10 secțiuni nevopsite din el, împreună cu buletinul histopatologic. Medicul anatomopatolog verifică dacă proba are cel puțin 20% celule tumorale. Durata ți-o comunicăm la consultație. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe ARN-ul extras din țesutul tumoral, transcris în ADNc; transcripții de fuziune sunt îmbogățiți prin hibridizare în soluție, cu sonde peste punctele de ruptură cunoscute și pe secvența codantă a genelor cu puncte de ruptură necunoscute sau cu mulți parteneri posibili
• Variante raportate: fuziuni de gene (transcripți de fuziune), atât cunoscute, cât și nedescrise încă; variante de transcript din interiorul unei gene, cu relevanță pentru tratament: saltul exonului 14 din MET, deleții activatoare în EGFR (inclusiv EGFRvIII și duplicația domeniului kinazic), saltul exonului 2 din NFE2L2 și deleția exonilor 8–9 din PDGFRA; semne de infecție în tumoră cu HPV, EBV, MCV, CMV, Helicobacter pylori, HBV și HCV
• Gene (219): caută în lista genelor
• Probă: țesut tumoral fixat în formol și inclus în parafină (FFPE), cu cel puțin 20% celule tumorale (bloc de parafină, proba recomandată, sau cel puțin 10 secțiuni nevopsite de 10 µm; dacă se poate, și o lamă colorată HE cu zona tumorală marcată)
• Durată: se comunică la consultație

Context clinic

• Tratamentele țintite din indicațiile EMA: larotrectinib pentru tumorile solide cu fuziune NTRK și selpercatinib pentru tumorile avansate cu fuziune RET.
• În sarcoame, în tumorile pediatrice și în cele cerebrale, fuziunea are mai ales rol de diagnostic sau de încadrare, după clasificarea OMS a fiecărui tip de tumoră.