Analiza delețiilor și duplicațiilor genei CFTR (fibroză chistică)

Pe scurt

Testul caută delețiile și duplicațiile din gena CFTR, adică porțiuni întregi ale genei (exoni) care lipsesc sau sunt în plus. Acestea sunt o cauză rară de fibroză chistică (mucoviscidoză), dar pot fi a doua piesă lipsă când secvențierea genei a găsit o singură variantă la o persoană cu semne de boală. Testul se alege la consultația de genetică medicală, după rezultatul secvențierii.

Ce analizează

Gena CFTR conține instrucțiunile pentru un canal care transportă clorul prin membrana celulelor și menține echilibrul dintre sare și apă în plămâni, pancreas, intestin și glandele sudoripare. Fibroza chistică se moștenește autozomal recesiv: apare când ambele copii ale genei au variante care cauzează boala.

Cele mai multe variante CFTR sunt mici și se găsesc prin secvențiere. Uneori însă lipsește sau este dublat un fragment mare din genă, care cuprinde unul sau mai mulți exoni. Secvențierea obișnuită nu vede astfel de modificări. Testul folosește MLPA, o metodă care numără copiile fiecărui exon și arată dacă unul lipsește sau este în plus. Conform GeneReviews, delețiile și duplicațiile reprezintă cel mult 2–3% dintre variantele patogene CFTR.

Pentru cine este

• Persoană cu semne de fibroză chistică și test al sudorii crescut, la care secvențierea genei a găsit o singură variantă sau niciuna.
• Persoană la care secvențierea a găsit aceeași variantă pe ambele copii ale genei, iar părinții nu o au amândoi.
• Rudă adultă a unei persoane la care s-a găsit o deleție sau o duplicație CFTR, care vrea să afle dacă este purtătoare.
• Partener al unui purtător, după o secvențiere fără analiza delețiilor, când familia vrea un răspuns mai complet.

Ce poate arăta rezultatul

Deleție sau duplicație găsită. Rezultatul arată ce porțiuni ale genei sunt afectate. Împreună cu varianta găsită la secvențiere, o deleție care cauzează boala poate confirma diagnosticul acestei afecțiuni genetice la o persoană cu semne sugestive. La o rudă sănătoasă, înseamnă statut de purtător.

Negativ. Nu s-a găsit nicio deleție sau duplicație. La o persoană cu o singură variantă și semne clare de boală, cauza poate fi o variantă aflată adânc într-un intron sau o altă boală cu semne asemănătoare; în practica noastră, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).

Rezultat greu de interpretat. Ca metodă, MLPA poate semnala ca deleție de un singur exon o variantă mică ce împiedică testul; o astfel de modificare trebuie verificată printr-o a doua metodă.

Ce nu poate detecta

O analiză a delețiilor și duplicațiilor din gena CFTR nu vede:

• Schimbările unei singure „litere” (variante punctiforme) și fragmentele mici lipsă sau în plus (deleții sau inserții mici), care sunt cauza celor mai multe cazuri.
• Variantele intronice, inclusiv tractul poli-T/TG din intronul 8.
• Variantele din alte gene care pot cauza semne asemănătoare.

Cum se face

Proba este de sânge, recoltată într-un centru partener; se pot folosi și ADN deja extras, un frotiu bucal sau salivă. Rezultatul vine, de obicei, în 21 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: MLPA (analiza delețiilor și duplicațiilor)
• Variante raportate: deleții și duplicații în gena CFTR
• Gene (1)

  • CFTR
• Probă: sânge periferic pe EDTA (cel puțin 3 ml, cel puțin 1 ml la copii), ADN (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (conform instrucțiunilor kitului)
• Durată: 21 de zile lucrătoare