Secvențierea și analiza CNV a genei CFTR (fibroză chistică)

Pe scurt

Testul citește gena CFTR prin secvențiere de nouă generație (NGS) și caută, în aceeași analiză, delețiile și duplicațiile (CNV). Este analiza extinsă a genei CFTR, folosită pentru fibroza chistică (mucoviscidoza) și pentru afecțiunile înrudite, cum este absența congenitală a canalelor deferente. Se discută la persoanele cu semne de boală sau cu test al sudorii modificat și la partenerii purtătorilor.

Ce analizează

Gena CFTR conține instrucțiunile pentru un canal care transportă clorul prin membrana celulelor și menține echilibrul dintre sare și apă în plămâni, pancreas, intestin și glandele sudoripare. Fibroza chistică se moștenește autozomal recesiv: apare când ambele copii ale genei au variante care cauzează boala.

Ca metodă, secvențierea de nouă generație (NGS) citește ADN-ul și găsește schimbările unei singure „litere” (variante punctiforme) și fragmentele mici lipsă sau în plus (deleții sau inserții mici) din regiunile citite, inclusiv variantele rare. Analiza numărului de copii (CNV) arată dacă porțiuni ale genei lipsesc sau sunt în plus. Conform GeneReviews, secvențierea găsește 97–98% dintre variantele patogene CFTR, iar delețiile și duplicațiile reprezintă cel mult 2–3%.

Pentru cine este

• Copil sau adult cu test al sudorii crescut sau la limită, ori cu screening neonatal pozitiv pentru fibroză chistică.
• Persoană cu infecții respiratorii repetate, bronșiectazii, polipi nazali, insuficiență pancreatică sau pancreatită repetată fără o cauză găsită.
• Bărbat născut fără canalele care transportă spermatozoizii (absența congenitală a canalelor deferente) sau cu lipsa spermatozoizilor din cauza unui obstacol.
• Persoană la care testul țintit pentru variantele frecvente a găsit o singură variantă sau niciuna, deși semnele sugerează boala.
• Partenerul unei persoane cu fibroză chistică sau al unui purtător cunoscut, care vrea să afle riscul pentru copii.

Ce poate arăta rezultatul

Două variante care cauzează boala. La o persoană cu semne sugestive, confirmă diagnosticul acestei afecțiuni genetice. Variantele găsite contează și pentru tratament: conform GeneReviews, există tratamente țintite care se prescriu în funcție de variantele pe care le are pacientul.

Variante cu efect variabil. Unele variante, cum este 5T din intronul 8, au efect variabil și apar mai ales în formele limitate la un singur organ, de exemplu absența canalelor deferente. Dacă raportul include o astfel de variantă, interpretarea ei depinde de cealaltă variantă și de tabloul clinic.

O singură variantă. Înseamnă, de obicei, statut de purtător. La o persoană cu semne clare de boală, se discută o a doua variantă greu de detectat, de exemplu una aflată adânc într-o porțiune dintre exoni (intron).

Negativ. Nu s-a găsit nicio variantă care să cauzeze boala. La un partener, riscul de a fi purtător devine foarte mic. La o persoană cu semne de boală, cauza poate fi alta, de exemplu o boală a cililor din căile respiratorii (diskinezia ciliară primară); dacă suspiciunea de cauză genetică rămâne, în practica noastră pasul următor este, de regulă, secvențierea întregului genom (WGS).

Variantă de semnificație incertă (VUS). Nu se știe încă dacă modificarea cauzează boala. Nu stabilește și nu exclude diagnosticul și poate fi reclasificată în timp.

Ce nu poate detecta

Ca metodă, secvențierea genei nu vede:

• Variantele aflate adânc în porțiunile dintre exoni (introni), în afara regiunilor citite, dacă nu sunt căutate separat.
• Modificările prezente doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism).
• Variantele din alte gene care pot cauza semne asemănătoare.

Cum se face

Proba este de sânge, recoltată într-un centru partener; se pot folosi și ADN deja extras, un frotiu bucal sau salivă. Rezultatul vine, de obicei, în 21 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS), cu analiza variațiilor numărului de copii (CNV)
• Variante raportate: variante din secvența genei CFTR; deleții și duplicații (CNV) în gena CFTR
• Gene (1)

  • CFTR
• Probă: sânge periferic pe EDTA (cel puțin 3 ml, cel puțin 1 ml la copii), ADN (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (conform instrucțiunilor kitului)
• Durată: 21 de zile lucrătoare

Context clinic

• Tratamentele țintite sunt modulatorii CFTR, prescriși în funcție de variantele pacientului (GeneReviews).