Panel genetic pentru atrofii musculare spinale, analiză în etape

Pe scurt

Testul caută cauza genetică a unei boli în care celulele nervoase din măduva spinării care comandă mișcarea (neuronii motori) se pierd treptat, iar mușchii slăbesc și se subțiază (atrofie musculară spinală). Analiza merge în etape: întâi porțiunile lipsă sau în plus (delețiile și duplicațiile) din genele SMN1 și SMN2, cauza cea mai frecventă, apoi 28 de gene ale formelor mai rare. Se adresează sugarilor, copiilor și adulților cu slăbiciune și subțierea mușchilor, cauzate de afectarea nervilor (atrofie musculară de tip neurogen).

Ce analizează

Neuronii motori din măduva spinării transmit comanda de mișcare către mușchi. Gena SMN1 produce o proteină de care acești neuroni au nevoie ca să supraviețuiască. Gena vecină, SMN2, produce doar puțină proteină funcțională, iar numărul ei de copii influențează severitatea bolii.

Etapa 1. Printr-o metodă care numără copiile genelor (MLPA) se verifică genele SMN1 și SMN2. Atrofia musculară spinală clasică apare când ambele copii ale SMN1 sunt afectate. Conform GeneReviews, exonul 7 al genei SMN1 lipsește pe ambele copii la aproximativ 95–98% dintre persoanele cu această boală. Numărul de copii SMN2 se raportează când se dovedește o deleție a genei SMN1. La cerere, se poate adăuga analiza repetițiilor CAG din gena AR, a căror creștere peste normal (expansiune) cauzează, la bărbați, atrofia musculară spinală și bulbară (boala Kennedy).

Etapa 2. Prin secvențiere de nouă generație (NGS) se citesc 28 de gene ale atrofiilor spinale care nu țin de SMN1 și ale neuropatiilor motorii distale, de exemplu UBA1, IGHMBP2, BICD2, DYNC1H1 și HSPB1. Se caută schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme), mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții sau deleții) și fragmente lipsă sau în plus de unul sau mai mulți exoni (deleții sau duplicații).

Pentru cine este

• sugar cu tonus scăzut, slăbiciune mai mare la coapse și umeri, reflexe absente sau tremor al limbii, mai ales dacă testul SMN1 nu a fost făcut încă;
• copil cu regres al achizițiilor motrice (nu mai stă în șezut, nu mai merge) sau cu slăbiciune progresivă de origine nervoasă (aspect neurogen) la testul electric al mușchilor (electromiografie);
• adult cu slăbiciune și atrofie lent progresivă, crampe și zvâcniri fine ale mușchilor (fasciculații), eventual cu sâni măriți și dificultăți de vorbire sau înghițire;
• persoană cu slăbiciune la mâini și picioare (distală), de tip motor, fără tulburări de sensibilitate;

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv în SMN1: confirmă atrofia musculară spinală. Conform GeneReviews, există tratamente țintite, mai eficiente când sunt începute înainte de simptome.
• Pozitiv în etapa 2: identifică o formă rară, cu evoluția și modul de transmitere specifice genei.
• Expansiune CAG în AR (dacă s-a cerut această analiză): confirmă boala Kennedy, cu transmitere legată de cromozomul X: fiicele unui bărbat afectat sunt purtătoare.
• Negativ: nu s-a găsit o cauză în etapele făcute, ceea ce nu exclude o boală a neuronului motor. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor îl stabilim împreună, la consultație; la sugari și copii, el este de obicei secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește pentru decizii; testarea părinților o poate lămuri.

Ce nu poate detecta

• variantele mici din gena SMN1, care nu este printre cele 28 de gene secvențiate; prima etapă caută doar deleții și duplicații. Conform GeneReviews, la 2–5% dintre pacienți o copie a genei lipsește, iar cealaltă are o variantă mică;
• genele din afara panelului, de exemplu multe dintre genele sclerozei laterale amiotrofice;
• bolile dobândite care pot semăna;
• modificările prezente doar într-o parte dintre celule (mozaicism), care se pot identifica doar în unele cazuri, și variantele nedescrise încă, aflate adânc în porțiunile dintre exoni (variante intronice profunde).

Cum se face

Proba este de sânge venos, recoltat la un punct de recoltare partener; se acceptă și ADN extras, picături de sânge uscate pe un card, frotiu bucal sau salivă. Rezultatul vine, de obicei, în 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei. Prețul include ambele etape, analiza genei AR când se cere, consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: analiză în etape: întâi analiza delețiilor și duplicațiilor genelor SMN1 și SMN2 prin MLPA (se poate omite dacă nu este necesară), la cerere analiza repetițiilor din gena AR, apoi secvențiere de nouă generație (NGS) pe o îmbogățire de tip exom (hibridizare în soluție), care acoperă toate regiunile codante, regiunile intronice adiacente și variantele intronice și intergenice descrise ca relevante pentru boală; se analizează cele 28 de gene ale panelului
• Variante raportate: deleții și duplicații ale genelor SMN1 și SMN2 (prima etapă, prin MLPA); rezultatul pentru SMN2 se raportează când se dovedește o deleție a genei SMN1; expansiunea repetițiilor din gena AR, dacă se cere această analiză opțională; variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții; deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare; variante intronice cunoscute ca patogene; variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată; mozaicism, în unele cazuri
• Gene (28)

  • ASAH1
  • ASCC1
  • ATP7A
  • BICD2
  • BSCL2
  • CHCHD10
  • COQ7
  • DCTN1
  • DNAJB2
  • DYNC1H1
  • EMILIN1
  • FBXO38
  • GARS1
  • HSPB1
  • HSPB8
  • IGHMBP2
  • LAS1L
  • PLEKHG5
  • REEP1
  • SLC5A7
  • SPTAN1
  • SYT2
  • TRIP4
  • TRPV4
  • UBA1
  • VAPB
  • VRK1
  • WARS1
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Conform GeneReviews, tratamentele țintite ale atrofiei musculare spinale legate de SMN1 sunt nusinersenul, risdiplamul și terapia genică cu onasemnogen abeparvovec.
• În etapa 2: UBA1 cauzează forma legată de X a sugarului, iar IGHMBP2 atrofia spinală cu detresă respiratorie.
• Diagnostic diferențial dobândit: neuropatiile inflamatorii și botulismul la sugar.