Panel genetic pentru miopatii congenitale și distale

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile moștenite ale mușchilor prezente de la naștere sau din primii ani (miopatii congenitale) și pentru cele în care slăbiciunea începe la mâini sau la picioare (miopatii distale). Cuprinde toate cele 84 de gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru sugarii cu tonus scăzut, copiii cu slăbiciune musculară și adulții cu slăbiciune care începe la mâini, gambe sau picioare; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 84 de gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• nou-născut sau sugar cu tonus scăzut, supt slab sau dificultăți de respirație, după ce atrofia musculară spinală și distrofia miotonică au fost verificate;
• copil care merge târziu, obosește ușor, are fața „lungă” și pleoape căzute sau o deviație a coloanei apărută devreme;
• adult cu slăbiciune care începe la mâini, gambe sau picioare și avansează lent;
• persoană cu o biopsie musculară care arată o miopatie congenitală sau miofibrilară fără o cauză genetică găsită;
• familie cu mai multe cazuri de slăbiciune musculară sau cu o reacție gravă la anestezie la o rudă.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: confirmă tipul de miopatie și modul de transmitere, orientează controalele respirației și ale inimii și arată ce rude pot fi testate. O variantă în RYR1, CACNA1S sau STAC3 poate însemna și riscul unei reacții grave la unele anestezice (hipertermie malignă); de aceea, rezultatul trebuie comunicat medicului anestezist.
• O singură variantă într-o genă recesivă: de obicei înseamnă statutul de purtător. Semnificația ei se discută la consultație.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude o miopatie genetică. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește pentru decizii; testarea părinților și biopsia musculară o pot lămuri.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (84): caută în lista genelor
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Hipertermia malignă: conform GeneReviews, susceptibilitatea ține de RYR1, CACNA1S și STAC3, iar agenții declanșatori sunt anestezicele inhalatorii volatile și succinilcolina. Îndemnul de a anunța anestezistul rămâne limitat la aceste gene.
• Conform GeneReviews, atrofia musculară spinală (SMN1), distrofia miotonică de tip 1 și sindromul Prader-Willi intră în diagnosticul diferențial al hipotoniei neonatale și au teste proprii.