Panel genetic pentru distroglicanopatii și sindromul Walker-Warburg

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru bolile moștenite în care o proteină a fibrei musculare nu este prelucrată corect (distroglicanopatii), cu slăbiciune musculară și, în formele grave, cum este sindromul Walker-Warburg, cu malformații ale creierului și ale ochilor. Cuprinde toate cele 14 gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru nou-născuții, copiii și adulții cu astfel de semne și pentru părinții care au avut un copil afectat; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 14 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• nou-născut sau sugar cu tonus muscular scăzut (hipoton), cu slăbiciune musculară și malformații ale creierului sau ale ochilor; la creier, de exemplu, o suprafață neregulată, „în pietre de pavaj” (lisencefalie), sau lichid în exces (hidrocefalie);
• copil cu distrofie musculară congenitală, valori mult crescute ale creatinkinazei (CK, o enzimă eliberată de mușchi) și întârziere în dezvoltare;
• copil sau adult cu slăbiciune a mușchilor umerilor și șoldurilor și CK crescută, uneori cu afectarea inimii;
• persoană cu biopsie musculară care arată că proteina alfa-distroglican are prea puține lanțuri de zaharuri atașate (glicozilare redusă);
• părinți care au avut un copil cu o distroglicanopatie și vor să afle cauza înaintea unei noi sarcini: testarea pornește de la copil sau, dacă acesta a decedat fără test, de la ADN-ul păstrat de la el; altfel, discutăm testarea ambilor părinți.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv (două variante într-o genă): confirmă diagnosticul și modul de transmitere recesiv. Ajută la supravegherea inimii, a respirației și a ochilor și face posibilă testarea purtătorilor din familie.
• O singură variantă: de obicei înseamnă statutul de purtător și nu explică singură boala. Semnificația ei se discută la consultație.
• Negativ: în genele analizate nu s-a găsit o cauză, ceea ce nu exclude o distroglicanopatie. Conform MedlinePlus, genele principale explică doar aproximativ jumătate dintre cazurile de sindrom Walker-Warburg, iar unele cauze nu sunt încă cunoscute. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Nu se folosește pentru decizii; testarea părinților o poate lămuri.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (14)

  • B3GALNT2
  • B4GAT1
  • CRPPA
  • DAG1
  • FKRP
  • FKTN
  • GMPPB
  • LARGE1
  • POMGNT1
  • POMGNT2
  • POMK
  • POMT1
  • POMT2
  • RXYLT1
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Diagnostic diferențial al malformațiilor cerebrale, investigat separat: infecțiile congenitale și alte boli genetice ale migrării neuronale.