Biopsie lichidă pan-cancer, 523 de gene

Pe scurt

Testul caută, într-o probă de sânge (biopsie lichidă), în 523 de gene, modificările genetice ale unei tumori solide avansate de orice tip (test pan-cancer) care pot orienta tratamentul. Pe lângă variantele genelor, măsoară instabilitatea microsateliților și numărul de mutații ale tumorii din sânge (bTMB). Se alege împreună cu medicul oncolog și cu medicul genetician și nu arată riscul moștenit de cancer: analizează ADN-ul eliberat de tumoră.

Ce analizează

Tumora eliberează în sânge fragmente de ADN, numite ADN tumoral circulant (ctDNA). Testul îl extrage din plasmă și citește prin secvențiere de nouă generație (NGS), în 523 de gene, porțiunile relevante care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii) și unele regiuni din afara lor (regiuni necodante). Caută:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții), în toate cele 523 de gene, cu o sensibilitate mai mare în 114 dintre ele;
• amplificări (copii în plus) ale genelor EGFR, ERBB2 (HER2), MET, MYC, MDM2, CCNE1 și CD274 (PD-L1);
• pierderea copiilor genelor BRCA1 și BRCA2;
• unirea genelor ALK, ROS1, RET, BRAF, NTRK1, NTRK2, NTRK3, FGFR1, FGFR2 și FGFR3 cu alte gene (fuziuni);
• instabilitatea microsateliților, raportată când este ridicată (MSI-H), și bTMB.

Panelul include și genele de reparare a ADN-ului urmărite în cancerul de prostată metastatic, precum BRCA1, BRCA2, ATM, PALB2 și CDK12.

Pentru cine este

• tumoră solidă avansată sau metastatică, când medicul oncolog vrea un profil genetic foarte larg;
• cancer cu biomarkeri urmăriți de ghiduri, de exemplu pulmonar, de sân, colorectal sau de prostată metastatic;
• țesut tumoral prea puțin pentru analiză sau o biopsie care ar fi riscantă;
• boală care progresează sub un tratament țintit, când se caută cauza rezistenței;
• în paralel cu analiza țesutului tumoral.

Ce poate arăta rezultatul

• Variantă cu semnificație clinică. O modificare care poate conta pentru tratament: raportul o descrie și arată tratamentele aprobate și studiile clinice potrivite.
• MSI-H sau bTMB ridicat. Pot deschide discuția despre imunoterapie. bTMB este încă un biomarker în curs de validare, iar valoarea din sânge nu este identică cu cea măsurată pe țesut; se interpretează împreună cu celelalte rezultate. Pentru MSI se recomandă confirmarea pe țesut.
• Nicio variantă cu semnificație clinică. Șansa unei ținte scade, dar nu dispare: unele tumori eliberează prea puțin ADN în sânge. Conform ESMO, după un rezultat neinformativ ar trebui luată în considerare analiza țesutului tumoral.
• Variantă cu semnificație incertă (VUS). Rolul ei nu se cunoaște încă; singură, nu schimbă tratamentul. Un panel atât de mare găsește, firesc, mai multe astfel de variante.

La consultație îți explicăm raportul; decizia de tratament rămâne la medicul oncolog.

Ce nu poate detecta

• Riscul moștenit de cancer și originea unei variante: din tumoră, moștenită sau apărută odată cu vârsta în celulele sângelui (hematopoieza clonală). Panelul conține multe gene în care apar astfel de variante, de exemplu DNMT3A, TET2 sau PPM1D.
• Pierderile de copii ale altor gene decât BRCA1 și BRCA2 și fuziunile genelor din afara listei de mai sus.
• Variantele aflate sub pragul de detecție, mai ales în genele fără sensibilitate crescută.
• Expresia PD-L1 pe țesut.
• Testul nu este gândit pentru cancerele în stadiu incipient (I–II), pentru tumorile cerebrale primare sau pentru leucemii și limfoame și nu este un test de boală minimă reziduală.

Cum se face

Se recoltează două tuburi speciale de sânge venos (circa 17 ml), care păstrează ADN-ul liber. Proba trebuie să ajungă repede la laborator, așa că ziua recoltării se stabilește împreună cu echipa noastră. Semnezi și un consimțământ informat pentru analiza probei. Medicul genetician îți cere înainte raportul histopatologic, rezultatele testelor anterioare și lista tratamentelor. Rezultatul vine, de regulă, în 14 zile lucrătoare. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) cu captură hibridă a ADN-ului liber circulant din sânge, fără probă normală pereche; acoperă exonii relevanți clinic și regiuni necodante selectate din 523 de gene (circa 1,8 Mb); 114 gene au acoperire crescută (peste 5.000x citiri unice), restul peste 1.500x
• Variante raportate: variante punctiforme (SNV) și mici inserții sau deleții (indel), în toate cele 523 de gene; în cele 114 gene cu acoperire crescută, limita de detecție pentru SNV este 0,25% fracție alelică; câștiguri ale numărului de copii în 7 gene: CCNE1, CD274 (PD-L1), EGFR, ERBB2 (HER2), MDM2, MET, MYC; pierderi ale numărului de copii în BRCA1 și BRCA2; translocații (rearanjamente) în 10 gene: ALK, BRAF, FGFR1, FGFR2, FGFR3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, ROS1; încărcătura mutațională tumorală din sânge (bTMB); instabilitatea microsateliților, raportată când este detectată MSI-H; fracția alelică mediană a variantelor (mVAF); variante potențial acționabile, biologic relevante și de semnificație incertă (VUS); variantele benigne nu se raportează; terapii și studii clinice potrivite profilului genomic
• Gene (523): caută în lista genelor
• Probă: sânge periferic, 2 tuburi speciale de câte 8,5 ml
• Durată: 14 zile lucrătoare

Context clinic

• MSI-H din plasmă se confirmă pe țesut, prin imunohistochimie.