Analiza metilării, delețiilor și duplicațiilor în 5 gene pentru sindromul Lynch

Pe scurt

Testul caută, în cele cinci gene ale sindromului Lynch (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 și EPCAM), porțiuni mari care lipsesc sau sunt în plus (deleții și duplicații) și verifică, în aceeași analiză, semnalul chimic care poate opri o genă (metilarea). Sindromul Lynch este o predispoziție moștenită pentru cancerul colorectal, endometrial și alte câteva cancere. Testul completează secvențierea genelor și se alege la consultația de genetică medicală.

Ce analizează

Genele MLH1, MSH2, MSH6 și PMS2 repară greșelile apărute când celulele își copiază ADN-ul. În sindromul Lynch, una dintre cele două copii ale unei gene nu funcționează încă de la naștere. Uneori cauza este lipsa sau dublarea unuia sau mai multor exoni, pe care secvențierea obișnuită o poate rata.

O genă poate fi oprită și fără ca textul ei să fie greșit, când mici etichete chimice (grupări metil) se așază pe zona care o pornește. Gena EPCAM se află chiar înaintea genei MSH2; când lipsește capătul ei, MSH2 se metilează și se oprește. Rar, zona care pornește gena MLH1 (promotorul) este metilată încă de la naștere, în celulele sănătoase: o numim epimutație constituțională, iar ea se comportă ca o cauză de sindrom Lynch.

Testul folosește MLPA specifică metilării (MS-MLPA), care numără copiile fiecărei porțiuni analizate și verifică, în aceeași reacție, metilarea.

Pentru cine este

• tumoră colorectală sau endometrială în care una dintre proteinele MSH2, MSH6 sau PMS2 lipsește, iar secvențierea genei nu a găsit cauza;
• tumoră în care gena MLH1 este oprită prin metilare, la vârstă tânără sau fără semnele unui cancer sporadic;
• persoană cu suspiciune de sindrom Lynch testată anterior doar prin secvențiere;
• rudă a unei persoane la care s-a găsit o deleție, o duplicație sau o epimutație în una dintre aceste gene.

Ce poate arăta rezultatul

• Deleție sau duplicație patogenă: confirmă sindromul Lynch. Supravegherea, cu colonoscopii regulate de la o vârstă care depinde de genă, se stabilește la consultație. Rudele de gradul I au o șansă de 50% să fi moștenit modificarea.
• Metilarea MLH1 în sânge: epimutație constituțională. Supravegherea se stabilește după modelul sindromului Lynch. Conform PDQ, epimutațiile apărute pentru prima dată la o persoană par să se șteargă în celulele reproducătoare și de obicei nu se transmit copiilor; rar, au fost descrise forme moștenite.
• Negativ: nu exclude variantele mici, care se văd la secvențiere, nici alte gene. Dacă suspiciunea rămâne, în practica noastră discutăm la consultație secvențierea întregului genom (WGS).
• Rezultat de confirmat: o deleție aparentă de un singur exon se verifică prin altă metodă, fiindcă o variantă mică o poate imita.

Ce nu poate detecta

• schimbările unei singure „litere” (variante punctiforme) și micile fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții), care cer secvențierea genelor;
• fragmentele de ADN care și-au schimbat locul sau orientarea fără să lipsească sau să fie în plus (rearanjamentele echilibrate, de exemplu inversiunile);
• metilarea prezentă doar în tumoră, când analiza se face pe sânge;
• un mozaic de metilare foarte slab, sub limita de detecție a metodei;
• uneori, modificările din PMS2: gena are copii aproape identice (pseudogene) care încurcă analiza.

Cum se face

Pentru o cauză moștenită, proba este de sânge venos recoltat pe EDTA (cel puțin 3 ml), într-un centru partener, sau ADN deja extras. Pe țesut tumoral, analiza arată modificările din tumoră, nu neapărat pe cele moștenite: conform GeneReviews, metilarea găsită doar în tumoră este de obicei dobândită și nu se moștenește. Proba o alege medicul genetician. Rezultatul vine, de obicei, în 21 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: MS-MLPA (MLPA specific metilării)
• Variante raportate: deleții și duplicații în genele MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 și EPCAM; metilarea, analizată în aceeași reacție (MS-MLPA)
• Gene (5)

  • EPCAM
  • MLH1
  • MSH2
  • MSH6
  • PMS2
• Probă: sânge periferic recoltat pe EDTA, cel puțin 3 ml (cel puțin 1 ml la copii), ADN extras (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), țesut proaspăt (cel puțin 1 cm²) sau țesut fixat în formol și inclus în parafină (bloc FFPE sau 4–6 secțiuni)
• Durată: 21 de zile lucrătoare

Context clinic

• Indicații pe tumoră: pierderea MSH2 și MSH6, izolată a MSH6 sau izolată a PMS2 la imunohistochimie, cu secvențierea germinală negativă; pierderea MLH1 și PMS2 cu metilarea promotorului MLH1 în tumoră, mai ales fără BRAF V600E. Conform GeneReviews, căutarea epimutației constituționale MLH1 (pe sânge sau alt țesut normal) trebuie luată în considerare la persoanele cu cancer colorectal până la 55 de ani și metilarea MLH1 în tumoră, precum și la cele cu mai multe cancere din spectrul Lynch cu metilare MLH1.
• Ponderea delețiilor și duplicațiilor în variantele germinale, după genă (GeneReviews): MLH1 10–20%, MSH2 20–40%, MSH6 până la 10%, PMS2 20–55%; în EPCAM, cauza este deleția capătului 3' (secvențierea EPCAM fără analiza delețiilor nu e potrivită pentru diagnostic).
• PDQ: epimutațiile constituționale apar mai ales în MLH1 și, mai rar, în MSH2; pot fi în mozaic. Deleția 3' EPCAM produce metilarea secundară a MSH2 și explică aproximativ 1% dintre cazurile de sindrom Lynch.
• GeneReviews recomandă ca prim test un panel care include MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 și analiza delețiilor EPCAM; analiza de față completează o secvențiere fără analiza delețiilor sau confirmă o modificare cunoscută.